genome.fa.s369.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold369
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1106593

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673720--673794	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
673720--673797	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
677637--677681	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
679484--679514	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
681585--681610	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
681731--681776	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
684041--684094	20	2.7	20	88	5	74	42	16	14	25	1.87
684130--684167	19	2.0	19	89	0	58	36	21	13	28	1.91
684155--684180	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
684933--690789	476	12.4	475	85	3	7370	35	14	18	31	1.91
684933--690789	951	6.2	951	90	2	8103	35	14	18	31	1.91
685155--688787	159	22.9	158	65	15	556	34	15	19	31	1.92
690207--691440	620	2.0	619	90	1	1952	36	14	18	31	1.91
690817--692620	475	3.8	473	83	5	2155	35	14	18	31	1.90
692908--692972	20	3.6	20	73	26	81	27	13	13	44	1.82
692923--692954	13	2.5	13	94	0	55	28	12	15	43	1.83
695375--695455	28	2.9	29	87	5	121	24	34	16	24	1.95
695408--695578	79	2.2	79	82	6	195	26	26	14	32	1.94
695336--695533	107	1.9	107	89	2	308	27	26	12	33	1.92
695518--695684	51	3.3	51	85	3	203	30	25	11	32	1.91
695778--695851	28	2.6	28	85	4	96	20	29	22	27	1.98
695620--695908	107	2.7	107	78	6	289	25	25	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695807--695973	79	2.1	78	86	6	230	26	22	15	35	1.94
702687--703284	298	2.0	298	99	0	1169	30	17	28	23	1.97
708681--708748	13	4.9	14	82	13	70	86	10	1	1	0.69
708681--708755	30	2.5	30	81	14	91	86	9	2	1	0.72
708680--708755	35	2.2	35	88	6	118	86	9	2	1	0.71
708680--708755	1	76.0	1	73	0	62	86	9	2	1	0.71
709924--709961	20	1.9	20	88	0	58	34	10	15	39	1.82
710003--710053	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
712386--712432	22	2.3	21	79	20	55	46	4	17	31	1.67
712556--712592	13	2.8	13	84	15	58	32	16	18	32	1.93
718734--718784	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
719665--719952	60	4.9	60	81	7	347	26	30	19	23	1.98
719668--719953	115	2.4	115	84	5	360	26	30	19	23	1.98
719822--720206	154	2.5	155	88	1	560	25	30	18	24	1.98
720127--720431	55	5.5	55	74	6	247	28	27	18	24	1.98
720123--720415	109	2.6	109	82	3	316	29	28	17	25	1.97
720367--720482	61	1.9	60	80	5	135	23	28	19	28	1.98
723531--723610	28	2.8	29	79	5	83	26	28	18	26	1.98
723481--723688	107	1.9	107	85	5	287	28	26	13	31	1.94
723564--723738	79	2.2	79	83	8	214	28	27	12	32	1.93
723693--723836	51	2.8	51	79	8	150	30	22	9	37	1.85
723828--723899	29	2.5	29	82	6	85	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723935--724008	28	2.6	28	87	8	98	21	32	21	24	1.98
723964--724139	79	2.2	78	84	5	230	24	26	17	31	1.97
723776--724087	107	2.9	107	80	7	337	25	25	16	31	1.96
725117--732788	476	16.2	475	84	3	8766	35	14	18	31	1.91
725485--726151	159	4.2	159	67	13	388	33	15	18	32	1.92
725117--732788	475	16.2	474	84	3	8684	35	14	18	31	1.91
725117--732788	951	8.1	950	83	3	8756	35	14	18	31	1.91
735849--735997	52	2.9	51	85	4	217	31	16	18	33	1.93
735986--736010	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
736051--736117	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
736073--736097	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
736884--737170	49	5.9	49	87	6	370	32	17	25	25	1.97
736937--737170	92	2.5	92	85	4	306	31	17	25	26	1.97
736888--737170	141	2.0	143	91	2	462	31	17	25	26	1.97
737163--737425	32	8.2	32	91	5	410	17	19	35	27	1.94
737436--737884	33	13.7	32	76	11	355	32	12	34	21	1.90
737436--737889	130	3.5	129	79	10	442	32	12	33	21	1.90
737468--737851	95	4.0	97	81	12	368	32	11	34	21	1.90
737436--737889	35	13.8	33	77	13	404	32	12	33	21	1.90
737891--738063	31	5.7	31	77	6	158	28	16	28	26	1.97
737891--738063	61	2.9	62	82	6	205	28	16	28	26	1.97
739301--739350	13	3.8	13	79	12	57	4	10	4	82	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745319--753903	475	18.2	476	84	3	9889	35	14	18	31	1.91
749226--749936	158	4.5	159	68	13	401	33	15	18	32	1.92
755004--755265	124	2.1	124	94	1	452	32	15	19	32	1.93
755311--755621	153	2.0	154	82	5	380	39	11	18	30	1.86
755464--756921	476	3.1	474	84	3	1890	35	15	18	30	1.92
757199--757273	20	3.8	20	92	0	132	28	14	13	44	1.83
760335--760464	52	2.5	51	91	3	199	31	16	19	33	1.94
760335--760484	52	2.9	50	83	12	171	32	16	19	32	1.93
760473--760497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
760560--760584	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
764992--765112	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
764992--765132	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
765121--765145	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
765211--765235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
765189--765255	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
766773--767127	189	1.9	191	92	2	606	30	18	25	24	1.98
766773--767145	92	4.0	92	85	6	514	30	17	26	24	1.97
766773--767127	49	7.4	49	82	9	457	30	18	25	24	1.98
767161--767889	34	21.8	33	76	17	620	34	12	32	20	1.90
767178--767859	62	10.3	67	90	5	858	34	12	31	21	1.90
767161--768219	191	5.3	192	83	11	1011	34	11	32	21	1.90
767742--768029	158	1.8	158	93	1	506	33	12	32	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767898--768219	33	9.4	33	83	9	405	35	11	31	21	1.89
767812--767985	88	2.0	89	90	2	280	32	13	33	20	1.92
767898--768219	71	4.7	66	87	8	398	35	11	31	21	1.89
767898--768219	104	3.1	104	91	4	487	35	11	31	21	1.89
768209--768291	31	2.7	31	96	0	148	22	19	30	27	1.98
776495--776624	52	2.5	51	91	3	199	31	16	19	33	1.94
776495--776644	52	2.9	50	83	12	171	32	16	19	32	1.93
776633--776657	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
776720--776744	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
779396--779915	78	6.6	78	80	3	508	29	25	12	33	1.93
779396--779917	157	3.3	158	81	2	550	29	24	12	33	1.93
780872--781861	49	20.8	49	74	11	674	32	17	25	25	1.97
780872--781813	131	6.6	146	78	10	564	31	17	25	24	1.97
781026--781716	223	3.0	223	83	5	738	30	18	25	25	1.98
781183--781808	315	2.0	319	88	1	945	30	18	25	25	1.98
781026--781866	92	9.0	92	80	11	739	31	17	25	25	1.97
781861--781923	33	1.9	33	96	0	117	15	19	36	28	1.92
781931--782027	32	3.0	33	80	8	101	29	12	37	20	1.89
781957--782033	34	2.4	32	81	12	95	29	11	38	19	1.87
782037--782100	33	1.9	33	93	0	110	31	14	32	21	1.93
782108--782255	32	4.7	31	87	8	201	30	16	29	22	1.96
783497--783542	6	8.2	6	76	13	53	2	0	15	82	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783495--783540	20	2.2	21	88	11	69	2	0	13	84	0.71
783480--783537	16	3.4	16	79	9	62	3	0	17	79	0.87
787233--788360	476	2.4	476	84	2	1424	35	14	18	31	1.91
788923--793447	476	9.6	476	80	4	4522	35	14	18	31	1.91
793121--793224	35	3.0	35	94	0	181	37	14	18	29	1.90
793185--793742	305	1.8	306	85	1	798	35	13	17	33	1.89
793472--797737	473	9.0	474	80	4	4350	35	14	18	31	1.91
793472--797733	948	4.5	945	81	4	4445	35	14	18	31	1.91
798489--798514	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
798899--801845	476	6.2	474	84	3	3554	35	14	18	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6