genome.fa.s369.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold369
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1106593

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1217--8836	476	16.1	476	82	5	8503	31	18	14	36	1.90
3597--3636	22	1.9	22	90	10	66	25	20	20	35	1.96
8611--9091	255	1.9	255	88	3	727	29	17	14	38	1.90
8119--9564	731	2.0	720	90	4	2266	30	17	13	37	1.89
8909--9585	159	4.3	158	69	11	400	31	17	14	37	1.89
17651--17719	33	2.1	34	86	8	97	21	24	13	40	1.89
17622--18024	30	13.2	30	76	6	283	23	27	14	34	1.94
17618--18024	92	4.4	92	78	6	335	23	27	14	34	1.93
17618--18009	123	3.2	122	80	5	414	24	27	13	34	1.93
17992--18961	34	29.8	33	75	11	699	20	30	12	36	1.89
18059--18113	27	2.0	27	96	0	101	21	32	14	30	1.93
18363--18829	27	15.0	27	70	20	169	21	30	12	34	1.91
17992--18965	101	10.0	98	80	10	796	20	30	12	36	1.89
18238--18964	128	5.7	125	76	12	456	20	31	12	35	1.90
18046--18829	412	1.9	414	86	5	1134	20	30	12	36	1.90
18962--19353	49	7.9	49	78	3	352	27	24	15	32	1.95
18962--19349	101	3.9	98	76	9	309	27	24	15	32	1.95
18962--19353	150	2.6	149	88	0	550	27	24	15	32	1.95
19397--19460	33	1.9	33	90	0	101	25	18	17	39	1.92
20396--20450	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
23578--27501	476	8.3	475	83	4	4875	30	18	14	35	1.92
23591--27501	938	4.1	941	91	1	5686	30	18	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27506--29691	159	13.8	158	66	14	776	31	18	14	35	1.91
27507--29729	476	4.7	474	86	3	2905	31	18	14	35	1.91
29330--30124	395	2.0	396	90	1	1236	30	19	14	35	1.92
29807--32372	158	16.2	158	65	13	589	30	18	14	35	1.92
29726--32374	475	5.6	476	86	2	3476	30	18	14	35	1.92
29859--31993	158	13.5	155	67	11	732	30	19	14	35	1.92
31653--35042	722	4.7	721	68	14	2124	30	18	14	36	1.91
32371--34519	475	4.5	476	85	2	2750	30	18	14	36	1.91
32369--34519	948	2.3	945	85	3	2803	30	18	14	36	1.91
34273--34766	247	2.0	247	87	2	715	30	18	14	37	1.90
35203--43960	159	55.2	159	65	14	1648	30	19	14	35	1.92
35044--87501	475	109.9	475	79	8	22008	30	18	14	35	1.91
34624--44079	158	59.6	154	65	13	1973	30	19	14	35	1.92
44376--44560	97	1.9	98	85	1	255	36	22	11	28	1.90
44648--53064	159	53.1	156	65	14	1464	30	18	15	35	1.92
52814--53597	400	2.0	399	90	2	1243	30	17	14	38	1.89
53271--54889	158	10.2	157	65	15	566	30	18	15	35	1.92
55160--67606	158	78.8	157	67	12	3838	29	19	15	35	1.92
67545--67668	62	2.0	62	93	0	212	33	20	18	27	1.96
67607--69405	476	3.8	477	85	2	2352	31	18	14	36	1.90
69512--70306	398	2.0	398	86	1	1103	30	17	15	37	1.90
69909--74986	476	10.7	475	84	2	6375	31	17	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69909--74986	953	5.3	947	86	2	6608	31	17	14	36	1.90
74629--75313	375	1.8	369	86	3	996	31	17	16	34	1.92
74983--87501	476	26.5	476	85	3	15640	31	18	14	36	1.90
77965--87501	159	60.4	157	66	13	2019	31	18	14	36	1.91
88270--88344	32	2.4	32	97	2	143	37	8	26	28	1.84
88311--88365	21	2.5	22	94	5	94	38	9	23	29	1.85
88408--88444	19	2.0	19	94	5	67	27	10	16	45	1.80
88408--88544	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
88514--88584	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
89890--96754	159	43.3	156	66	12	1845	30	17	14	36	1.90
89514--97086	476	15.9	475	86	1	10247	31	17	14	36	1.90
94095--95683	158	10.0	157	67	12	413	30	16	14	38	1.89
97087--100538	159	21.9	159	65	13	562	30	17	15	36	1.91
97087--100972	476	8.2	475	85	3	5083	30	17	15	36	1.91
105777--105895	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
105810--105885	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
105801--105886	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
105792--105862	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
106636--106679	22	1.9	24	90	9	74	4	11	4	79	1.02
107505--140313	476	69.1	476	84	3	39859	30	17	14	36	1.90
112636--114250	159	10.2	158	65	14	403	31	18	13	36	1.90
115814--118337	159	15.9	156	66	12	497	31	17	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118587--118630	22	2.0	22	100	0	88	36	13	18	31	1.90
119543--139335	159	125.4	157	64	14	721	30	17	14	36	1.90
124421--139327	159	94.3	154	64	13	1199	30	17	14	36	1.90
136833--139955	159	19.8	158	66	12	1024	30	18	14	36	1.90
140061--140111	23	2.2	23	100	0	102	39	23	7	29	1.83
141949--142067	42	2.8	42	89	0	175	44	2	44	8	1.47
141958--142043	24	3.8	24	69	17	76	43	2	44	10	1.51
142024--142073	18	2.7	19	79	11	52	46	4	44	6	1.47
145678--145715	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
145704--145780	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
149630--149674	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
151892--151917	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
152427--155364	476	6.2	476	86	1	3939	30	18	14	36	1.91
152427--155364	951	3.1	950	87	3	4074	30	18	14	36	1.91
155280--155465	85	2.2	84	83	5	252	31	18	15	34	1.93
155719--166552	159	68.1	155	66	13	2318	30	18	14	36	1.91
156025--164029	158	50.4	156	65	14	927	31	18	14	35	1.91
155365--157058	476	3.5	475	88	1	2401	31	18	14	35	1.91
156345--159610	634	5.1	635	71	11	1812	31	18	14	35	1.91
156981--164643	476	16.1	475	87	3	10323	30	18	14	36	1.91
164637--166580	476	4.1	475	87	2	2663	30	18	14	36	1.91
166590--174200	475	16.1	474	86	3	9848	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166944--183301	159	103.7	155	65	15	1635	31	18	14	36	1.90
166624--174109	159	47.5	158	66	14	2373	30	18	14	36	1.91
166587--174200	942	8.1	941	89	2	10417	30	18	14	36	1.91
174207--187906	475	29.0	471	80	7	5058	31	17	14	36	1.90
174207--183263	159	57.2	160	66	12	2952	31	17	14	36	1.90
177564--183300	476	12.0	476	86	2	7468	31	17	14	36	1.90
184070--187896	159	24.2	158	65	14	1037	30	17	14	37	1.90
184068--187906	479	8.1	476	88	2	4987	30	17	14	37	1.90
188317--188342	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
188299--188363	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
194329--194406	20	3.7	20	73	18	68	28	12	15	43	1.83
194513--194563	21	2.6	19	77	17	59	31	19	3	45	1.69
196168--196224	21	2.8	21	81	2	71	36	12	19	31	1.89
196270--196295	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
196252--196316	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
198857--203122	475	9.0	475	88	2	5589	30	17	14	36	1.90
199041--201123	159	13.2	156	66	12	588	30	18	15	36	1.91
201895--202601	159	4.4	160	67	12	372	31	17	14	36	1.90
203313--210286	158	44.1	157	66	12	1522	30	17	14	36	1.91
203313--212184	475	18.8	476	86	3	11421	30	17	14	36	1.91
203522--211337	159	49.5	158	66	13	1266	30	17	14	36	1.91
210759--211397	157	4.0	158	68	12	394	32	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212188--217053	475	10.0	475	75	10	3930	31	18	14	36	1.91
215379--217048	159	10.5	157	67	14	566	31	17	14	36	1.90
215244--217053	476	3.8	474	87	1	2639	31	17	14	36	1.90
220144--220268	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
220144--220288	52	2.8	51	88	4	202	30	17	17	34	1.93
220342--220408	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
221342--221948	49	12.7	49	82	7	732	29	18	25	26	1.98
221941--222045	33	3.3	31	89	6	158	16	18	36	29	1.92
221948--222059	33	3.4	32	86	6	154	20	18	34	25	1.96
222035--222511	33	15.2	32	75	13	363	30	13	34	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6