genome.fa.s376.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold376
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  900718

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1650--1739	13	6.0	13	71	26	63	33	15	14	36	1.88
1664--1780	19	6.7	19	72	24	114	34	15	11	38	1.84
1651--1760	32	3.4	32	98	0	211	33	15	13	37	1.87
4236--4312	21	3.7	21	76	10	59	42	11	7	37	1.70
7302--7350	11	4.5	11	84	5	64	4	16	0	79	0.88
7649--7685	5	7.2	5	87	6	56	72	0	2	24	0.97
7964--8417	163	2.8	161	79	6	482	54	8	9	27	1.60
15773--15811	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
17664--17719	19	3.2	18	82	10	71	35	1	33	28	1.68
18237--18289	19	2.7	20	91	2	81	24	18	18	37	1.94
18355--18385	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
19607--19631	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
19720--19854	51	2.6	52	91	5	218	27	17	18	36	1.94
19824--19894	20	3.5	20	79	11	83	30	14	15	39	1.87
19934--19974	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
20609--20667	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
20948--20973	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22780--22822	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
23263--23300	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
25381--25411	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
27214--27258	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
30636--30669	17	2.0	17	88	0	50	47	8	0	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31046--31118	21	3.5	20	81	3	74	35	10	19	34	1.87
31046--31118	20	3.5	21	81	7	78	35	10	19	34	1.87
31169--31243	20	3.7	19	81	10	78	30	18	14	36	1.91
35978--36106	52	2.5	52	94	0	231	29	17	17	35	1.93
35978--36126	52	2.9	51	88	4	219	30	16	18	34	1.93
36115--36139	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36126--36184	21	2.8	21	97	0	109	35	10	15	38	1.81
36201--36267	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
36223--36247	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
37056--37299	52	4.9	52	79	9	274	31	19	26	21	1.97
37113--37296	95	1.9	95	85	6	257	29	20	27	22	1.98
37323--37410	28	3.1	28	78	16	83	22	17	26	34	1.96
37405--37479	35	2.2	35	85	2	107	34	9	33	22	1.86
37474--37885	57	7.2	58	76	9	364	22	17	30	29	1.97
37474--37891	86	4.9	86	93	1	660	22	16	31	28	1.96
37474--37885	115	3.6	115	77	8	349	22	17	30	29	1.97
39343--39380	11	3.5	11	85	10	51	2	7	5	84	0.86
39343--39387	20	2.2	20	88	0	63	4	6	4	84	0.87
53174--53302	52	2.5	52	93	0	222	30	17	17	35	1.92
53174--53322	52	2.9	51	87	4	210	31	16	17	34	1.93
53311--53335	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53376--53442	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56220--56254	13	2.7	13	86	0	52	37	17	11	34	1.85
56324--56376	19	2.7	19	88	2	70	26	11	16	45	1.82
56342--56383	20	2.1	20	90	0	66	21	11	21	45	1.84
58425--58479	20	2.7	21	77	8	60	41	16	14	27	1.87
58520--58573	21	2.7	21	86	13	78	37	16	14	31	1.89
60147--60177	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
64891--64946	26	2.2	25	87	9	87	44	17	3	33	1.66
64899--64951	26	2.0	26	100	0	106	43	15	3	37	1.64
65190--65234	20	2.1	22	88	8	67	17	48	26	6	1.72
66703--66803	52	1.9	52	93	0	175	43	13	20	21	1.87
67385--67442	21	2.8	21	86	7	82	36	17	13	32	1.89
67478--67545	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
67499--67523	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67480--67542	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
67565--67631	20	3.7	20	74	25	85	23	14	14	46	1.83
67585--67611	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
67565--67664	33	3.0	33	92	0	155	24	15	17	44	1.86
70001--70341	52	6.5	53	69	15	206	29	26	12	31	1.93
70115--70189	27	2.8	26	86	10	98	22	33	21	22	1.97
70006--70342	104	3.2	103	71	12	308	29	26	12	31	1.93
70065--70416	108	3.3	107	71	13	294	28	28	13	30	1.94
70001--70450	211	2.1	210	86	3	609	28	27	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80104--80156	14	3.8	14	80	7	54	81	7	11	0	0.88
81132--82444	176	7.4	176	88	4	1869	25	30	19	24	1.98
81145--82445	297	4.4	294	87	6	1855	25	30	19	24	1.98
81146--82444	236	5.5	237	86	7	1654	25	30	19	24	1.98
83226--83280	20	2.7	21	83	8	69	40	16	16	27	1.89
83194--83258	33	2.0	33	84	6	87	38	18	15	27	1.91
84761--85084	75	4.2	76	75	9	282	29	20	11	37	1.89
84768--85066	76	3.9	73	76	9	208	31	20	10	38	1.86
87113--87142	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
93599--94291	122	5.3	123	76	12	511	25	24	17	32	1.97
93568--94146	61	9.0	64	80	9	583	26	24	17	31	1.97
93568--94215	61	10.0	64	77	12	560	26	23	17	32	1.97
94080--94272	69	2.7	69	83	7	208	25	24	16	33	1.95
94111--94272	69	2.3	70	87	4	229	24	24	16	35	1.95
95492--95524	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
96967--97015	26	1.9	26	91	4	82	24	24	20	30	1.98
97020--97149	53	2.4	53	83	8	158	28	26	9	36	1.87
97084--97457	79	4.7	78	73	5	243	30	23	9	36	1.86
97156--97503	79	4.4	80	77	4	285	29	22	10	37	1.87
97451--97526	28	2.7	28	87	0	98	22	21	21	35	1.96
99737--99766	15	2.0	15	93	0	51	66	10	6	16	1.41
102579--103618	51	20.5	51	73	7	461	26	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102579--104126	102	15.4	102	73	7	791	26	19	18	35	1.95
102579--104125	153	10.3	151	72	9	543	26	19	18	35	1.95
102723--103096	202	1.9	201	80	8	438	28	21	16	33	1.95
102624--103205	304	1.9	304	81	5	712	27	21	16	34	1.95
103485--103913	194	2.2	194	89	2	639	26	16	18	38	1.92
103666--103813	51	2.9	51	74	10	151	25	16	20	37	1.93
103572--103994	93	4.4	95	74	12	351	26	17	18	37	1.93
103871--104102	51	4.6	51	85	0	268	25	20	18	36	1.95
103485--103994	195	2.6	194	85	3	580	26	17	18	38	1.92
105470--105494	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105447--105514	33	2.1	33	88	2	102	32	16	16	35	1.91
105546--105598	20	2.6	21	90	3	81	26	16	15	41	1.88
105586--105614	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
105600--105650	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
106166--106209	21	2.0	21	86	4	61	31	31	2	34	1.70
106226--106259	17	2.0	17	100	0	68	23	35	0	41	1.55
107568--107593	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107632--107707	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
107653--107725	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
107632--107725	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
108346--108439	33	2.9	32	95	4	172	45	25	3	25	1.68
112323--112353	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116415--116440	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116479--116554	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
116500--116572	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
116479--116572	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
118122--118146	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
124360--124414	20	2.7	21	86	11	78	29	16	14	40	1.88
132600--132726	67	1.9	68	83	1	166	39	11	24	24	1.89
132676--132996	43	6.6	52	79	12	251	34	17	23	23	1.96
132729--133011	43	6.0	49	82	12	358	33	17	24	24	1.96
132739--133011	92	2.9	91	95	2	465	32	18	24	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6