genome.fa.s376.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold376
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  900718

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133018--133244	33	6.9	33	84	2	296	21	17	32	29	1.96
133255--133429	27	6.1	27	79	13	172	30	15	33	20	1.94
133306--133504	56	3.5	55	82	8	202	29	14	34	22	1.93
133312--133504	83	2.2	85	86	7	264	26	14	35	22	1.93
133416--133486	36	2.0	36	91	0	115	32	11	35	21	1.89
133515--133606	34	2.8	33	87	7	127	35	11	31	20	1.89
133519--133740	31	7.1	31	78	8	164	32	13	30	24	1.93
139542--139602	18	3.3	18	78	17	63	80	8	8	3	1.01
140636--140718	37	2.2	37	91	0	130	26	16	14	42	1.87
141078--141218	28	5.0	28	88	5	212	34	29	17	19	1.95
141078--141250	57	3.0	56	88	4	247	32	28	17	21	1.96
141111--141300	28	6.4	30	81	6	113	31	28	16	23	1.96
141210--141308	31	3.2	30	83	7	119	24	28	18	29	1.98
141291--141439	61	2.4	61	89	1	217	20	29	15	34	1.93
141325--141466	27	5.0	27	80	11	158	22	30	14	33	1.93
141290--141412	34	3.8	34	78	14	143	20	29	14	35	1.92
141327--141501	88	2.0	89	87	3	255	20	32	13	33	1.91
141346--141533	34	5.9	33	75	15	143	20	31	12	35	1.90
141530--142223	49	14.8	49	75	12	462	25	25	17	31	1.97
141524--142179	91	7.1	91	82	8	659	26	25	17	30	1.97
141691--141759	21	3.2	20	67	25	52	26	27	17	28	1.97
141897--142216	101	3.2	98	80	4	331	24	25	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141897--142223	150	2.2	147	83	5	390	24	24	17	33	1.97
142963--142987	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
143013--143067	20	2.8	20	86	5	67	30	14	14	40	1.86
146007--146066	30	2.0	30	86	0	84	28	8	35	28	1.86
147075--147217	71	2.0	71	87	2	207	32	14	26	26	1.95
159017--159056	21	1.9	21	94	0	71	30	20	25	25	1.99
166501--166564	30	2.2	30	82	2	76	37	15	1	45	1.56
167375--167428	20	2.7	20	84	15	76	0	16	0	83	0.65
167383--167426	18	2.6	16	80	13	52	0	18	0	81	0.68
168422--168870	167	2.7	166	83	9	519	52	7	11	29	1.63
170015--170204	84	2.3	83	80	3	204	40	15	25	19	1.90
170462--170804	48	7.1	48	79	2	294	39	18	20	20	1.92
170462--170803	96	3.5	96	84	3	427	39	18	21	20	1.92
170484--170804	144	2.2	145	82	2	376	39	18	20	20	1.92
176282--176335	20	2.7	20	85	8	65	38	12	18	29	1.88
185747--185865	51	2.3	51	86	0	166	29	15	28	26	1.96
185850--185924	28	2.7	28	91	4	116	26	20	30	22	1.98
185908--186074	51	3.3	50	87	3	235	36	12	21	29	1.90
185713--186021	158	2.0	156	82	5	372	33	13	25	26	1.94
188484--188617	50	2.7	50	89	3	191	39	16	16	27	1.90
189670--189720	20	2.5	21	84	9	70	27	17	13	41	1.87
190344--190406	29	2.2	29	100	0	126	26	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190335--190402	29	2.6	25	78	17	82	29	26	0	44	1.55
191916--191956	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
196650--196689	3	13.3	3	89	0	62	27	35	0	37	1.57
198168--198192	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
198145--198212	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
198245--198295	20	2.5	20	90	0	75	31	15	13	39	1.87
198283--198307	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
199122--199250	42	3.0	43	76	11	136	40	14	24	20	1.90
199278--199462	60	3.1	60	86	2	255	28	16	28	26	1.97
199284--199489	60	3.5	55	81	9	164	26	17	28	27	1.98
199493--200083	55	10.1	60	82	8	557	27	20	26	25	1.99
199350--199640	155	1.9	153	82	7	365	23	19	30	26	1.98
199506--200109	116	5.2	114	77	11	611	26	20	26	26	1.99
201192--201272	1	81.0	1	75	0	72	1	3	7	87	0.70
201178--201265	15	5.6	16	82	10	65	1	7	6	84	0.84
201178--201272	8	12.1	8	80	11	72	1	7	6	85	0.79
201192--201272	21	3.9	20	76	12	83	1	3	7	87	0.70
215057--215087	8	3.9	8	91	0	53	77	9	0	12	0.99
217237--217353	51	2.3	51	83	0	135	31	14	26	27	1.95
217359--217413	28	2.0	28	96	0	101	30	14	29	25	1.95
217396--217563	51	3.3	51	88	1	248	33	13	23	29	1.92
217208--217511	158	1.9	158	83	1	394	32	14	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219973--220106	50	2.7	50	89	3	191	39	15	17	27	1.90
222706--222756	20	2.5	20	87	0	66	35	15	15	33	1.90
222742--222770	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
222758--222810	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
227612--227667	19	2.9	19	89	2	76	35	17	17	28	1.93
228587--228649	33	1.9	33	83	0	81	31	15	25	26	1.96
237654--237704	19	2.6	20	90	3	77	29	19	13	37	1.90
242871--242923	20	2.7	20	85	5	72	39	11	15	33	1.83
243775--244093	49	6.7	49	70	13	168	32	18	23	25	1.97
243921--244141	48	5.0	43	72	17	168	30	19	23	26	1.98
244162--244318	29	5.5	29	85	5	205	19	16	30	33	1.94
244162--244314	57	2.7	57	91	2	236	18	16	30	33	1.94
245565--245603	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
245639--245664	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
245639--245699	32	1.9	31	86	3	86	32	14	19	32	1.92
245711--245748	20	1.9	20	94	0	67	39	15	13	31	1.86
245735--245760	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
254068--254505	31	13.6	31	74	13	187	23	30	13	32	1.93
254073--254248	62	2.9	61	84	7	214	26	30	15	26	1.96
254135--254519	34	11.8	34	75	12	242	23	30	12	32	1.92
254166--254537	62	5.8	65	73	14	226	23	30	13	31	1.93
254396--254537	34	4.7	29	78	19	107	23	34	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254612--255480	49	17.8	49	81	9	861	23	24	18	32	1.97
254849--254927	39	2.0	39	90	0	122	29	25	20	25	1.99
254888--255480	101	5.9	101	91	1	890	23	25	18	32	1.97
256066--256106	21	2.0	21	95	4	75	34	14	12	39	1.84
256201--256238	20	1.9	20	100	0	76	39	10	15	34	1.82
259522--259586	1	65.0	1	76	0	58	3	3	6	87	0.72
259513--259586	12	6.2	12	80	7	80	2	2	8	86	0.76
259527--259564	20	1.9	20	94	0	67	5	0	10	84	0.77
259514--259576	32	1.9	33	84	9	85	3	3	9	84	0.85
272084--272219	67	2.0	67	92	0	227	30	16	26	26	1.97
278306--278372	27	2.5	27	90	4	100	19	13	43	23	1.86
280656--280681	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
288186--288292	50	2.1	50	91	1	169	43	18	5	31	1.73
289440--289464	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
296905--296930	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
296885--296948	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
298726--298750	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
300735--300776	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
302396--302421	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
302377--302439	32	2.0	32	90	6	101	28	14	15	41	1.87
303484--303602	51	2.3	52	86	1	159	42	13	15	28	1.84
304234--304943	66	10.9	65	85	4	773	34	16	22	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304955--305041	31	2.8	31	82	0	111	34	5	29	29	1.81
305689--305724	18	2.0	18	94	0	63	36	16	25	22	1.94
309019--309139	52	2.3	52	95	0	215	28	19	18	34	1.95
309019--309159	52	2.7	51	85	6	194	29	18	18	33	1.95
309148--309172	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
309238--309262	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
309216--309282	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
314921--315401	80	6.1	80	78	5	464	36	10	22	30	1.88
314915--315383	158	3.0	159	86	3	608	37	10	21	30	1.88
314921--315435	79	6.5	79	77	6	438	37	10	22	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6