genome.fa.s376.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold376
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  900718

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 628 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695293--695318	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
696835--696859	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
696815--696882	32	2.1	33	94	2	120	33	11	17	36	1.86
696922--696946	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
696955--697084	52	2.5	52	92	1	188	36	16	17	29	1.92
699218--699266	27	1.9	27	84	12	68	26	38	16	18	1.91
704729--704769	21	2.0	20	90	4	64	51	17	12	19	1.76
706461--706974	155	3.3	156	79	7	544	25	18	18	38	1.93
706937--707360	149	2.9	148	79	5	430	25	17	18	38	1.92
707554--707583	11	2.8	11	95	5	53	16	23	0	60	1.36
712045--712078	11	3.2	11	91	4	52	70	2	0	26	1.01
713351--713380	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
714144--714180	2	18.5	2	88	0	56	45	2	0	51	1.15
721843--721869	13	2.1	13	100	0	54	62	7	14	14	1.51
724769--724818	26	1.9	26	88	8	75	0	20	4	76	0.95
727450--727507	30	1.9	30	92	0	98	53	13	12	20	1.72
728569--728795	80	2.8	81	88	2	332	31	10	28	29	1.90
728569--728821	81	3.1	81	88	2	357	30	10	30	29	1.90
731193--731254	20	3.1	20	80	0	70	32	14	14	38	1.86
732800--733233	165	2.6	164	76	9	418	50	8	11	30	1.68
734701--734753	20	2.6	21	76	8	56	30	16	15	37	1.90
734741--734765	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735317--735361	23	2.0	23	86	4	65	37	28	0	33	1.58
743462--743514	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
743502--743526	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
746142--746186	23	2.0	23	100	0	90	28	13	22	35	1.92
754741--755073	51	6.7	51	69	9	170	47	17	9	24	1.78
754789--755073	102	2.8	97	76	11	245	47	17	10	24	1.78
754943--755112	47	3.5	47	74	9	137	45	18	8	27	1.77
754934--755114	94	1.9	97	81	6	226	45	18	8	27	1.78
758148--758282	51	2.6	51	83	3	155	42	11	15	31	1.82
758340--758389	20	2.5	20	93	3	82	32	18	10	40	1.83
759178--759298	60	2.0	60	91	0	197	33	17	20	28	1.95
759262--759935	52	12.9	52	78	3	597	35	16	22	25	1.94
760887--761017	65	2.0	65	86	2	183	33	7	26	32	1.85
767005--767371	48	7.8	48	76	8	315	27	25	17	29	1.98
767020--767499	96	5.2	96	73	13	411	25	24	18	31	1.98
767064--767313	135	1.9	135	83	3	333	26	24	18	30	1.98
766961--767425	183	2.5	184	91	0	734	27	24	17	30	1.98
768560--769011	48	9.8	48	72	10	332	26	25	18	30	1.98
768674--769011	87	3.8	87	75	7	343	26	24	18	30	1.98
768517--769059	183	3.0	183	89	0	809	26	24	17	31	1.97
768608--768877	135	2.0	135	81	2	319	27	24	18	30	1.98
770123--771126	48	21.8	48	73	13	765	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770171--771123	135	7.0	137	73	13	604	25	25	18	30	1.98
770080--771175	183	6.0	182	91	1	1674	25	24	18	30	1.98
770082--771142	367	2.9	366	92	1	1712	25	25	18	30	1.98
770080--771175	550	2.0	551	93	0	1890	25	24	18	30	1.98
772231--772768	48	11.5	48	73	12	395	25	24	18	31	1.98
772279--772548	135	2.0	135	84	2	355	26	24	19	30	1.98
772342--772685	87	3.8	87	76	11	370	25	24	19	30	1.98
772187--772733	183	3.0	183	90	1	837	26	23	19	30	1.98
772609--772829	48	4.5	49	74	9	173	22	23	19	33	1.97
772646--772839	101	1.9	100	80	6	221	24	24	17	34	1.96
773794--774429	48	13.8	48	72	11	463	25	24	19	30	1.98
773859--774103	135	1.8	135	85	5	352	25	24	18	31	1.97
773751--774475	183	4.0	183	90	1	1094	25	24	18	31	1.98
775320--775365	13	3.5	13	88	11	76	34	15	17	32	1.91
775410--775437	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
781407--781679	79	3.5	79	74	10	251	39	9	20	29	1.84
784788--784838	20	2.5	21	90	3	77	29	17	11	41	1.85
784765--784838	21	3.6	20	81	3	76	29	17	12	40	1.86
786878--787068	100	1.9	96	81	8	224	36	11	22	29	1.89
788541--788591	20	2.5	20	90	3	75	41	11	19	27	1.86
788553--788612	20	3.0	20	90	2	84	38	10	20	31	1.85
788649--788784	51	2.7	50	85	3	175	30	15	11	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801652--801723	29	2.5	28	82	11	74	79	2	9	8	1.04
801642--801723	30	2.8	27	78	14	74	79	3	8	8	1.05
802613--802638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
802677--802751	21	3.7	21	83	7	109	26	16	13	44	1.84
802677--802769	40	2.3	41	90	1	143	27	17	13	40	1.88
803325--803420	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
805261--805299	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
805285--805363	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
807378--807408	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
809210--809255	21	2.2	21	84	7	58	23	19	4	52	1.64
811380--811418	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
811469--811494	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
811533--811607	21	3.7	21	83	7	109	26	16	13	44	1.84
811533--811625	40	2.3	41	90	1	143	27	17	13	40	1.88
812915--812949	13	2.7	13	90	0	52	42	20	5	31	1.75
813016--813040	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
813132--813172	20	2.0	21	90	9	66	41	4	7	46	1.53
816171--816196	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
822663--822707	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
824926--824951	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
827234--827294	21	2.9	21	79	13	72	19	27	1	50	1.57
828914--828994	32	2.4	33	86	12	103	33	22	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829327--829376	23	2.2	23	100	0	100	10	18	24	48	1.78
829530--829593	33	2.0	32	87	3	92	39	15	15	29	1.89
829669--829712	22	2.1	21	91	8	72	38	13	4	43	1.65
830584--830647	33	2.0	32	84	9	85	34	10	15	39	1.83
833226--833288	13	4.8	13	94	0	108	34	19	15	30	1.93
833226--833288	26	2.4	26	100	0	126	34	19	15	30	1.93
840425--840458	14	2.5	13	90	9	59	29	32	5	32	1.81
841116--841237	31	3.9	31	76	14	117	27	24	18	29	1.98
841287--842297	52	19.4	52	72	8	568	26	24	15	33	1.95
841303--841685	102	3.7	102	79	5	308	26	26	14	31	1.95
841295--842274	154	6.3	153	75	9	623	26	25	15	33	1.95
841640--842263	317	2.0	317	80	2	716	25	24	15	33	1.95
842081--842275	102	1.9	104	84	4	261	24	25	18	31	1.97
842083--842297	102	2.1	104	81	3	256	25	25	18	31	1.97
843357--843413	20	2.9	19	89	5	78	38	14	15	31	1.87
843461--843486	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
843443--843507	32	2.0	34	90	6	107	44	15	12	27	1.82
845671--845720	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
847518--847548	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
849629--849666	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
852059--852114	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
852184--852209	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852166--852230	32	2.0	34	87	6	98	44	13	12	29	1.81
857454--857508	20	2.8	20	88	5	76	38	5	18	38	1.74
857493--857612	52	2.3	51	85	1	159	43	13	15	28	1.84
861114--861172	29	2.0	29	93	0	100	28	11	18	40	1.86
862818--863447	44	14.3	44	75	7	339	20	23	15	40	1.91
862842--863407	88	6.4	89	80	4	538	19	22	15	41	1.90
862801--863446	132	4.9	133	77	6	512	21	23	15	40	1.91
862844--863447	176	3.4	176	79	4	628	20	22	15	40	1.90
863563--863709	43	3.5	42	70	9	138	21	23	9	45	1.81
863562--863759	85	2.3	84	84	2	254	20	21	10	46	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6