genome.fa.s385.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold385
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1395621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1109 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590--2623	16	2.1	16	100	0	68	29	17	32	20	1.96
2763--2810	24	2.1	23	85	11	64	60	2	0	37	1.09
2733--2795	31	2.0	32	81	9	76	63	0	1	34	1.04
4020--4051	15	2.0	17	88	11	50	50	12	0	37	1.41
5715--5747	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
8361--8402	21	1.9	23	90	9	70	52	0	2	45	1.13
8390--8435	22	2.1	22	84	8	58	28	0	4	67	1.10
10890--10918	7	4.3	7	91	8	51	0	27	0	72	0.85
10890--10918	13	2.1	14	93	6	51	0	27	0	72	0.85
12000--12051	28	1.9	27	88	7	79	50	0	0	50	1.00
11999--12055	26	2.2	25	82	14	71	52	0	0	47	1.00
12691--12775	45	1.9	43	83	11	109	54	8	2	35	1.43
13373--13413	20	2.0	20	86	9	57	63	0	2	34	1.08
13621--13717	25	3.8	26	68	18	69	53	3	1	42	1.23
14588--14643	29	1.9	29	85	7	78	53	0	0	46	1.00
16533--16563	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
16534--16576	12	3.3	12	83	9	50	44	0	0	55	0.99
16537--16604	14	4.9	14	75	8	50	47	0	0	52	1.00
16575--16615	22	1.9	21	90	5	64	51	0	0	48	1.00
16892--16937	23	2.2	22	85	14	62	65	2	0	32	1.05
18413--18452	15	2.7	15	85	11	55	52	0	2	45	1.14
18410--18454	15	2.9	16	81	15	51	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18414--18471	30	1.9	30	82	6	73	53	1	1	43	1.21
25298--25340	21	2.0	21	91	8	70	53	0	0	46	1.00
25762--25833	11	6.4	11	73	12	65	59	0	2	37	1.12
26620--26652	17	1.9	17	100	0	66	36	0	3	60	1.12
26754--26859	18	5.7	18	71	21	60	33	0	2	64	1.08
26754--26824	20	3.7	20	80	10	69	32	0	1	66	1.01
26751--26859	40	2.7	41	76	15	127	32	0	2	65	1.07
27226--27269	15	2.9	15	82	3	52	43	0	4	52	1.22
27324--27375	16	3.2	16	78	10	52	30	1	9	57	1.42
27412--27468	22	2.7	21	74	15	64	43	1	0	54	1.10
27885--28080	67	2.9	67	87	4	290	34	7	6	52	1.55
28000--28024	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
28910--28978	34	2.1	33	83	8	86	53	4	4	37	1.41
29768--29793	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29835--29897	2	31.5	2	90	0	99	44	0	4	50	1.23
31303--31342	14	2.8	14	85	14	55	42	0	0	57	0.98
32869--32910	22	2.0	21	86	13	59	45	0	4	50	1.23
32930--33007	41	1.9	40	82	12	97	47	0	0	52	1.00
33489--33540	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
34050--34092	21	2.0	21	90	0	68	58	2	0	39	1.11
34554--34596	2	22.0	2	90	4	70	46	0	2	51	1.13
35337--35384	21	2.4	21	80	16	57	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35358--35456	26	3.8	25	71	19	78	49	0	0	50	1.00
35358--35456	27	3.8	26	72	15	80	49	0	0	50	1.00
38192--38238	24	1.9	25	91	4	78	44	2	0	53	1.12
40609--40644	18	2.0	18	100	0	72	50	27	5	16	1.68
41249--41285	17	2.2	17	95	0	65	0	24	2	72	0.97
41568--41625	12	5.1	11	77	12	55	46	0	0	53	1.00
41800--41875	34	2.2	35	83	6	93	52	2	0	44	1.14
41816--41878	33	1.9	33	83	6	83	57	1	0	41	1.08
41911--41957	20	2.4	19	89	6	76	53	2	0	44	1.12
41897--41959	30	2.1	31	85	5	85	53	1	0	44	1.10
42024--42058	15	2.4	14	86	13	52	45	0	0	54	0.99
45721--45771	18	2.9	18	75	13	52	58	1	0	39	1.09
53632--53680	11	4.4	11	82	10	55	34	0	2	63	1.06
53662--53807	74	2.0	73	85	6	197	40	4	2	53	1.32
55433--55482	24	2.0	24	85	11	66	50	0	0	50	1.00
56324--56373	19	2.6	19	78	6	57	56	0	0	44	0.99
56283--56368	29	2.8	32	72	22	87	56	0	0	43	0.99
56283--56366	28	2.9	28	70	28	68	58	0	0	41	0.98
56320--56377	20	3.0	19	73	16	57	58	0	0	41	0.98
56323--56381	25	2.4	25	77	8	68	57	0	0	42	0.98
57715--57740	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58000--58031	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58469--58511	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
59970--60010	13	3.5	12	78	15	50	48	2	0	48	1.14
60517--60554	11	3.5	11	85	7	51	55	0	0	44	0.99
60523--60552	10	2.9	10	95	5	51	60	0	0	40	0.97
61841--61871	2	15.5	2	93	0	53	0	0	45	54	0.99
62586--62744	35	4.7	35	68	20	120	51	0	4	44	1.21
62646--62698	27	2.0	27	96	0	97	54	0	1	43	1.11
62685--62880	29	7.1	26	70	20	98	53	0	3	42	1.22
62717--62806	47	1.9	46	82	10	112	50	0	5	44	1.25
62806--62881	21	3.0	26	70	25	72	53	1	2	42	1.23
62834--62913	39	2.0	42	82	9	103	51	1	3	43	1.27
62831--62920	39	2.2	39	80	9	99	52	2	3	42	1.30
67155--67200	15	3.1	16	82	17	55	76	0	13	10	1.03
68963--69014	22	2.4	22	78	12	61	38	0	0	61	0.96
69815--69840	4	6.5	4	100	0	52	0	23	26	50	1.50
70061--70147	23	4.2	19	69	25	52	57	0	1	41	1.06
70085--70136	18	2.8	18	85	11	61	55	0	0	44	0.99
70082--70148	20	3.4	20	76	19	70	58	0	0	41	0.98
70096--70165	31	2.3	31	80	11	81	60	0	0	40	0.97
71804--72110	147	2.0	153	84	5	412	35	11	10	42	1.75
78204--78234	15	2.1	15	93	0	53	35	6	0	58	1.24
78262--78391	69	1.9	69	98	0	251	41	9	7	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78895--78952	25	2.3	25	82	8	64	58	0	0	41	0.98
79044--79083	19	2.1	19	95	0	71	52	17	2	27	1.57
84610--84815	19	11.0	19	68	21	87	37	0	0	60	1.07
84620--84775	11	14.6	11	65	18	53	37	0	0	61	1.01
84620--84790	28	6.0	27	73	20	111	36	0	0	62	1.00
84655--84747	32	2.8	33	83	8	109	40	0	0	59	0.98
84610--84815	56	3.5	55	77	13	173	37	0	0	60	1.07
84620--84799	9	18.6	11	66	27	67	37	0	0	62	1.00
84657--84799	27	5.5	27	72	19	92	37	0	0	62	0.95
84627--84812	98	1.9	97	81	8	225	38	0	0	60	1.05
84912--84951	19	2.2	19	95	4	73	32	5	5	57	1.42
84987--85043	22	2.5	24	80	8	75	50	0	0	49	1.00
88553--88591	14	2.6	14	88	8	51	53	0	0	46	1.00
90359--90403	15	3.0	15	96	0	81	26	6	15	51	1.68
92156--92219	21	3.3	21	83	10	75	51	3	12	32	1.55
92160--92194	18	2.0	17	88	5	52	51	0	14	34	1.42
93216--93249	13	2.6	13	85	0	50	55	2	5	35	1.39
93453--93484	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
96544--96594	13	4.1	13	72	10	52	52	1	0	45	1.12
96755--96798	2	22.0	2	85	0	61	43	0	6	50	1.29
97750--97783	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
98025--98063	20	2.0	20	85	10	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98049--98123	31	2.4	30	81	16	89	46	1	0	52	1.09
98033--98129	16	5.7	18	63	18	55	46	1	0	52	1.07
98309--98350	9	4.7	9	85	8	59	52	0	0	47	1.00
98310--98348	19	2.1	18	90	4	60	56	0	0	43	0.99
98398--98425	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
98754--98796	22	1.9	23	85	4	61	44	0	4	51	1.22
98939--98993	22	2.5	23	80	16	64	38	0	3	58	1.16
99043--99084	22	1.9	22	85	0	57	66	0	2	30	1.04
99712--99850	17	7.9	19	69	17	61	36	0	1	61	1.05
99792--99840	22	2.2	22	85	7	64	28	0	2	69	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10