genome.fa.s385.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold385
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1395621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1109 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99811--99863	16	3.4	16	82	10	65	30	1	0	67	1.01
99803--99877	19	4.1	18	75	13	64	32	1	0	66	1.00
99815--99879	24	2.7	24	83	7	69	32	3	0	64	1.09
101531--101567	19	1.9	19	88	0	56	45	0	0	54	1.00
105043--105075	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
109564--109604	17	2.3	18	91	8	66	56	0	0	43	0.99
109559--109610	18	2.7	19	80	14	63	59	0	0	40	0.97
109605--109640	18	2.1	17	89	5	54	52	2	0	44	1.15
111344--111368	13	1.9	13	100	0	50	92	8	0	0	0.40
116431--116479	15	3.2	15	79	2	53	48	4	0	46	1.20
116674--116735	18	3.4	18	79	16	65	41	0	0	58	0.98
117529--117581	27	1.9	28	88	3	81	49	1	3	45	1.31
117641--117673	16	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
125005--125038	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
125119--125161	22	1.9	23	85	4	61	62	2	0	34	1.08
125136--125173	15	2.4	16	82	4	51	60	0	0	39	0.97
126944--126985	2	21.0	2	90	0	66	45	0	2	52	1.13
133982--134025	16	2.8	16	82	3	63	43	0	0	56	0.99
134170--134218	24	2.0	24	92	0	80	34	20	18	26	1.95
134342--134377	17	2.1	18	94	5	65	55	0	0	44	0.99
136079--136138	20	3.1	19	76	7	66	26	0	5	68	1.10
141752--141809	28	2.1	28	96	0	107	10	18	44	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142195--142265	18	4.1	18	70	21	53	38	0	0	61	0.96
142179--142280	24	4.1	24	74	15	82	39	0	0	59	1.04
142211--142270	9	6.7	9	77	9	52	35	0	0	65	0.93
148830--148869	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
157326--157366	16	2.6	16	80	0	55	58	2	0	39	1.11
158591--158673	33	2.4	35	76	15	84	44	0	1	54	1.08
158613--158666	16	3.4	16	75	25	60	48	0	0	51	1.00
158615--158666	17	3.4	14	75	25	52	48	0	0	51	1.00
158612--158667	18	3.3	18	76	23	68	46	0	0	53	1.00
158662--158695	17	2.1	17	94	5	61	26	0	0	73	0.83
158668--158706	19	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
158827--158887	18	3.0	22	75	18	69	50	3	0	45	1.17
158817--158907	40	2.3	41	76	5	105	43	2	0	53	1.12
159158--159237	28	2.9	28	72	12	67	36	0	0	63	0.94
159596--159655	27	2.1	30	84	9	81	43	0	1	55	1.10
159687--159730	17	2.6	17	82	7	54	56	0	0	43	0.99
160788--160819	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
163631--163669	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
165327--165402	20	3.8	20	70	25	63	50	0	0	50	1.00
165463--165503	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
166612--166701	20	4.7	19	69	29	66	60	0	1	38	1.04
166558--166704	28	5.2	28	71	21	94	59	0	2	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166557--166692	43	3.1	43	73	13	109	59	0	1	38	1.12
166557--166704	56	2.6	54	79	17	135	59	0	2	37	1.14
167834--167865	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
172867--172896	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
175924--175965	16	2.5	17	84	7	50	38	4	0	57	1.20
178102--178134	14	2.3	15	89	5	50	48	0	0	51	1.00
178140--178189	15	3.3	15	78	13	50	34	0	2	64	1.05
179539--179582	19	2.3	19	88	7	63	45	0	0	54	0.99
180343--180380	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
180667--180803	20	6.8	20	70	22	65	57	0	0	42	0.98
180676--180726	12	4.2	12	85	9	68	66	0	0	33	0.92
180731--180807	29	2.7	29	76	10	77	54	0	0	45	0.99
180730--180806	37	2.1	37	81	13	88	53	0	0	46	1.00
180718--180809	28	3.2	27	74	10	76	55	0	0	44	0.99
180719--180815	20	4.9	20	67	22	55	54	0	1	44	1.06
184420--184584	71	2.3	70	96	1	303	45	11	9	33	1.73
184840--184912	25	2.8	27	82	12	82	35	1	2	60	1.20
184840--184902	13	5.0	12	83	9	72	33	1	1	63	1.13
184833--184901	26	2.8	26	80	10	74	33	1	1	63	1.12
188533--188594	25	2.5	27	75	17	71	53	0	0	46	1.00
189611--189675	27	2.4	27	80	10	71	58	0	0	41	0.98
189636--189682	17	2.9	17	81	9	53	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190077--190141	29	2.2	30	78	13	73	49	0	0	50	1.00
190159--190197	15	2.5	16	83	4	53	66	0	0	33	0.92
190154--190203	21	2.3	21	86	13	75	66	0	0	34	0.92
190386--190418	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
190552--190605	23	2.3	24	78	9	67	35	0	0	64	0.94
191491--191539	3	16.3	3	91	0	80	63	0	34	2	1.06
194965--195003	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
198156--198207	26	2.0	25	85	3	68	57	0	3	38	1.17
198167--198217	19	2.8	18	85	8	68	66	1	0	31	1.03
198450--198491	4	10.5	4	86	0	57	26	4	0	69	1.08
198598--198680	2	41.0	2	78	7	69	45	3	3	46	1.37
203692--203825	28	5.4	26	73	15	88	41	0	0	58	1.03
203694--203787	28	3.2	30	79	8	104	37	0	0	62	0.95
205102--205196	15	6.5	15	67	23	51	41	1	2	55	1.18
205135--205180	25	2.0	25	83	12	62	39	2	2	56	1.24
205211--205252	15	2.7	16	82	14	52	33	0	0	66	0.92
207160--207223	33	1.9	33	93	0	110	26	21	23	28	1.99
207382--207419	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
207623--207662	19	2.1	19	86	9	55	60	0	0	40	0.97
208371--208410	16	2.6	16	81	18	57	50	0	0	50	1.00
209994--210041	24	2.1	21	85	11	60	62	0	0	37	0.95
217286--217325	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218002--218027	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
218246--218282	19	1.9	19	88	0	56	67	2	18	10	1.32
218272--218307	6	6.0	6	100	0	72	66	16	0	16	1.25
223057--223115	24	2.5	24	80	5	75	28	22	32	16	1.96
223199--223347	24	6.2	24	83	1	192	26	24	35	12	1.92
223199--223346	72	2.1	72	88	5	219	27	25	35	12	1.92
223393--223451	24	2.5	24	78	10	75	30	20	30	18	1.96
223533--223709	24	7.5	24	80	8	195	22	22	39	15	1.91
223540--223709	48	3.6	48	82	10	233	21	22	40	15	1.91
223015--223641	336	1.9	336	90	1	1006	28	24	30	16	1.97
223537--223709	69	2.5	70	86	2	240	21	21	40	15	1.91
226087--226141	21	2.7	20	83	8	67	41	0	0	58	0.98
226087--226141	20	3.0	20	73	21	57	41	0	0	58	0.98
228696--228739	11	3.8	12	82	8	56	34	0	0	65	0.93
228722--228760	17	2.1	19	86	13	55	43	0	0	56	0.99
229641--229678	20	1.9	20	88	0	58	50	0	0	50	1.00
231965--232211	124	2.0	126	81	10	292	34	8	7	49	1.61
232007--232222	62	3.5	62	77	6	217	35	6	8	49	1.60
234314--234348	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
237025--237057	15	2.1	17	88	11	52	60	6	0	33	1.21
237087--237120	14	2.5	13	90	4	50	55	0	0	44	0.99
237095--237146	22	2.5	22	82	14	67	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237512--237565	26	2.1	25	83	10	65	37	0	1	61	1.07
237608--237645	19	2.0	20	89	5	60	52	0	0	47	1.00
237678--237724	22	2.2	22	84	3	60	59	2	0	38	1.09
238202--238258	23	2.5	23	80	5	62	42	0	0	57	0.98
238214--238305	11	8.5	11	78	13	66	43	0	0	56	0.99
238213--238332	25	4.8	25	73	14	97	45	0	0	54	0.99
238217--238367	58	2.7	56	80	13	150	42	0	0	56	1.04
240218--240242	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
240438--240516	24	3.7	21	72	18	65	37	0	1	60	1.05
240468--240532	24	2.7	25	78	4	71	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10