genome.fa.s385.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold385
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1395621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731872--731929	19	3.0	20	73	9	59	37	1	3	56	1.26
731894--731944	22	2.4	21	78	15	59	37	0	1	60	1.08
732014--732050	10	3.8	10	80	20	51	62	0	0	37	0.96
732829--732867	18	2.2	17	86	13	53	25	5	0	69	1.09
733062--733110	18	2.7	19	84	9	66	63	0	0	36	0.95
733081--733116	18	2.0	18	88	0	54	72	0	0	27	0.85
733191--733238	21	2.3	22	89	7	73	56	2	0	41	1.11
733191--733236	22	2.1	21	84	11	58	56	2	0	41	1.11
733586--733638	16	3.3	16	82	10	56	45	0	0	54	0.99
733620--733658	20	2.0	19	90	5	60	46	0	0	53	1.00
733615--733676	17	3.5	17	76	18	56	45	0	0	54	0.99
733649--733684	17	2.2	16	90	5	54	52	0	0	47	1.00
735171--735234	15	4.3	15	70	4	58	43	0	0	56	0.99
736763--736851	38	2.3	40	84	3	119	42	0	1	56	1.06
736763--736851	39	2.3	39	82	9	110	42	0	1	56	1.06
736808--736866	29	2.0	29	83	6	75	54	0	0	45	0.99
741908--742096	95	2.0	94	90	1	297	39	24	11	24	1.88
745596--745633	20	1.9	20	88	0	58	63	0	2	34	1.09
751532--751569	18	2.1	18	90	0	58	57	0	0	42	0.98
751714--752110	192	2.1	192	98	0	767	41	5	5	47	1.51
751791--752085	95	3.1	97	61	13	228	38	6	7	46	1.59
751817--752110	97	3.1	97	61	15	228	39	7	7	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757724--757769	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
758041--758114	4	18.5	4	91	0	67	40	0	10	48	1.38
758041--758114	18	4.1	18	83	0	67	40	0	10	48	1.38
758052--758114	26	2.4	26	89	0	99	38	0	12	49	1.41
759364--759416	16	3.1	16	76	15	52	54	0	0	45	0.99
759619--759711	27	3.7	26	72	15	72	38	1	1	59	1.12
759685--759727	17	2.5	18	85	11	63	32	2	0	65	1.06
759697--759745	24	2.1	25	85	11	68	28	6	0	65	1.16
759831--759884	23	2.3	24	75	15	60	48	0	0	51	1.00
759853--759881	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
761643--761683	2	20.5	2	94	0	73	2	48	0	48	1.14
762787--762819	15	2.3	15	94	5	59	54	0	0	45	0.99
762786--762820	14	2.5	14	86	13	54	51	0	0	48	1.00
762832--762899	26	2.8	24	80	14	68	47	2	0	50	1.16
762832--762879	23	2.1	22	85	14	62	47	0	0	52	1.00
762966--763084	10	12.1	10	66	12	50	36	1	2	59	1.21
762971--763085	30	3.9	30	76	12	105	37	1	2	58	1.22
762977--763080	27	3.7	28	75	16	81	37	1	2	57	1.25
763032--763111	41	1.9	42	85	12	112	38	5	0	56	1.21
763032--763085	20	2.6	21	74	14	58	38	1	0	59	1.08
767476--767949	237	2.0	237	94	0	831	26	14	22	37	1.92
769421--769506	32	2.5	36	75	19	94	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769508--769538	13	2.4	13	88	0	53	54	0	3	41	1.16
773156--773201	22	2.1	22	91	0	74	39	8	8	43	1.66
774049--774095	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
775136--775204	35	1.9	34	85	8	93	60	4	2	31	1.31
775375--775434	30	2.0	31	87	9	88	45	0	0	55	0.99
775859--775901	16	2.7	16	88	0	59	39	0	4	55	1.20
775813--775969	83	1.9	83	93	0	269	42	3	5	48	1.45
777759--777863	14	7.1	14	68	16	52	60	0	0	39	0.97
777753--777866	20	5.6	20	72	14	72	60	0	0	39	0.97
777764--777873	8	13.5	8	66	23	52	60	0	0	40	0.97
778372--778436	19	3.4	19	80	8	60	61	0	1	36	1.05
783028--783064	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
784507--784557	15	3.6	15	75	20	56	47	0	0	52	1.00
784550--784596	22	2.2	20	82	10	58	59	0	2	38	1.09
788890--789000	10	10.2	10	69	15	51	46	0	0	52	1.06
788980--789030	17	3.0	18	78	18	56	56	0	0	43	0.99
795255--795279	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
797068--797108	19	2.0	21	86	9	59	39	12	9	39	1.76
806387--806486	40	2.5	40	79	12	116	46	0	1	53	1.07
806396--806494	42	2.4	42	81	10	123	45	0	1	53	1.07
806497--806527	7	4.4	7	100	0	62	74	0	0	25	0.82
806608--806654	19	2.4	20	82	7	60	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807725--807749	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
807723--807767	15	3.4	14	82	14	51	53	0	0	46	1.00
807706--807786	35	2.3	36	82	6	103	58	1	0	40	1.06
813018--813064	24	2.0	24	87	8	69	55	0	0	44	0.99
813026--813056	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
814317--814374	31	1.9	30	86	6	82	25	8	3	62	1.40
815318--815397	30	2.7	29	84	7	81	58	0	2	38	1.11
815356--815397	15	2.8	15	79	10	50	59	0	2	38	1.10
815337--815399	16	4.1	15	74	13	56	60	0	1	38	1.07
820905--820952	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
821109--821144	18	1.9	19	88	5	56	36	5	0	58	1.22
822110--822180	27	2.7	27	82	4	83	46	21	5	26	1.73
826643--826711	27	2.6	27	88	0	102	49	17	7	26	1.72
826643--826719	27	2.8	26	86	7	100	49	16	7	25	1.73
826938--826974	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
827749--827839	42	2.2	41	83	11	107	51	0	0	48	1.00
827926--827966	18	2.3	19	83	12	59	53	0	0	46	1.00
827937--827976	18	2.2	18	86	4	53	57	0	2	40	1.12
831233--831348	57	2.0	57	91	0	187	54	1	1	42	1.21
833353--833399	25	1.9	25	86	4	69	61	4	0	34	1.15
833535--833628	19	4.9	20	71	21	60	38	3	0	58	1.14
836980--837019	20	1.9	22	90	10	66	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837132--837198	11	5.7	11	72	19	55	37	0	0	62	0.95
837102--837198	29	3.1	31	72	15	83	39	2	0	58	1.10
837135--837198	22	2.6	25	80	16	89	37	0	0	62	0.95
837497--837528	13	2.5	13	94	0	55	50	0	0	50	1.00
838651--838694	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
855219--855250	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
855254--855283	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
855846--855874	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
861122--861157	5	7.2	5	87	0	54	44	2	0	52	1.15
861450--861494	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
861621--861659	12	3.3	12	89	3	53	25	0	2	71	0.98
861715--861776	20	3.0	20	75	9	61	43	1	1	53	1.20
867719--867759	18	2.3	18	87	4	57	65	0	0	34	0.93
868429--868464	16	2.2	16	90	0	54	27	11	13	47	1.77
870455--870493	19	2.1	19	90	0	60	53	0	5	41	1.23
870472--870520	25	1.9	26	84	12	66	59	0	6	34	1.22
870516--870562	22	2.0	24	88	8	71	51	0	0	48	1.00
870533--870586	18	3.1	18	82	15	60	55	0	0	44	0.99
870538--870582	10	4.7	10	78	18	51	55	0	0	44	0.99
871578--871612	13	2.6	13	90	4	52	48	8	5	37	1.58
873039--873082	22	2.0	21	86	4	61	63	2	0	34	1.07
873144--873182	19	2.1	18	85	4	51	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873153--873188	18	1.9	19	88	5	56	58	0	0	41	0.98
873327--873370	22	1.9	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
873332--873412	18	4.4	18	73	16	53	50	0	1	48	1.08
873704--873766	33	2.0	29	82	11	72	49	0	0	50	1.00
873857--873896	16	2.5	15	88	8	53	30	7	10	52	1.62
874488--874532	22	2.0	22	87	8	65	62	0	0	37	0.96
874752--874805	26	2.1	26	85	0	72	33	18	7	40	1.78
874958--874999	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
877745--877812	22	3.0	23	87	8	86	58	4	1	35	1.27
878140--878179	21	1.9	21	85	10	55	62	7	0	30	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10