genome.fa.s424.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold424
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  897778

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156349--156425	39	2.0	39	97	0	145	28	15	22	33	1.94
159914--160154	126	1.9	124	85	3	331	30	22	18	28	1.97
161494--161896	156	2.6	156	83	3	465	38	19	18	23	1.93
162288--162319	12	2.6	13	85	14	50	12	0	0	87	0.54
162288--162320	8	4.1	8	88	11	50	12	0	0	87	0.53
163774--164488	165	4.3	164	82	5	730	48	8	11	31	1.68
166857--167247	58	6.8	58	78	6	292	26	10	15	47	1.78
166866--167149	115	2.5	115	79	4	304	26	9	15	48	1.76
167070--167159	29	3.1	27	73	16	74	26	8	13	51	1.70
167118--167198	30	2.7	30	72	14	78	27	11	12	49	1.74
167252--167378	48	2.6	49	82	6	134	23	10	17	48	1.77
173049--173082	13	2.8	12	86	8	50	29	8	35	26	1.87
177335--177364	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
179385--179450	28	2.4	28	92	0	105	28	22	28	19	1.98
179400--179965	79	7.1	77	74	11	383	32	12	26	28	1.92
179485--179546	32	1.9	32	90	0	97	33	12	24	29	1.92
179428--179897	83	5.8	81	75	8	382	32	11	26	29	1.92
179406--179966	162	3.5	161	84	3	707	32	12	27	28	1.92
179810--179869	31	1.9	31	93	0	102	28	13	31	26	1.94
182309--182416	50	2.2	50	86	5	148	40	14	17	26	1.89
186971--187279	79	3.9	78	81	4	311	29	24	11	33	1.91
187145--187416	142	1.9	140	86	3	384	27	25	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187287--187651	79	4.6	79	82	4	423	27	24	14	32	1.94
187302--187651	158	2.2	158	86	0	475	28	25	14	32	1.94
187487--187832	191	1.8	192	81	5	432	29	25	13	32	1.93
187698--187948	79	3.2	79	78	5	274	27	25	12	33	1.93
191652--191726	20	3.7	20	75	10	62	33	14	13	38	1.85
192867--192897	15	2.0	16	93	6	55	6	19	0	74	1.03
194245--194593	79	4.4	79	81	4	357	28	20	12	37	1.90
198617--198673	21	2.8	21	91	2	98	28	14	12	45	1.80
198698--198752	20	2.7	20	85	2	65	30	21	10	36	1.88
201042--201097	20	2.8	20	97	0	103	26	16	10	46	1.79
203241--203297	27	2.1	26	84	12	71	22	21	5	50	1.68
205090--205126	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
205163--205193	16	1.9	16	100	0	62	38	16	12	32	1.86
211190--211246	19	2.9	20	84	5	80	29	22	15	31	1.95
211191--211261	19	3.7	20	81	5	74	33	21	14	30	1.92
221700--222227	79	6.8	79	79	7	503	35	14	24	26	1.93
221731--222226	157	3.2	154	79	9	523	35	13	23	26	1.93
222040--222176	68	2.0	68	86	0	193	36	14	21	27	1.92
224582--224749	51	3.3	51	93	0	282	42	15	15	26	1.86
224562--224749	102	1.8	102	89	0	295	41	14	16	27	1.87
224716--224770	21	2.7	20	86	10	76	45	10	14	29	1.79
228291--228407	51	2.3	52	83	4	139	21	23	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228694--228890	97	2.0	97	90	1	306	24	25	13	36	1.92
228706--228861	31	4.9	31	69	9	98	25	26	12	35	1.91
229002--229089	33	2.7	33	87	1	133	30	29	19	20	1.97
229483--229598	52	2.2	52	77	8	128	25	21	15	37	1.92
229553--229755	61	3.3	62	84	3	241	27	24	10	37	1.88
230588--230704	52	2.2	52	89	3	173	27	16	14	41	1.87
235749--235813	32	2.0	32	84	3	85	44	15	12	27	1.82
235918--235973	23	2.6	21	78	15	60	42	10	8	37	1.71
237480--237540	22	2.8	22	87	5	61	52	24	4	18	1.65
237487--237536	22	2.3	21	90	6	82	52	26	4	18	1.63
242809--242872	32	2.0	32	81	3	74	42	14	14	29	1.84
244381--244445	24	2.9	22	84	8	69	26	4	0	69	1.08
244406--244463	3	19.7	3	91	3	91	31	1	0	67	1.01
249187--249214	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
249856--249896	20	2.0	20	100	0	82	39	9	0	51	1.35
250344--250369	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
250424--250462	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
252404--252437	16	2.2	16	89	5	52	64	0	8	26	1.22
257433--257477	15	3.1	15	80	6	56	66	4	2	26	1.22
257433--257467	14	2.4	15	90	4	54	71	2	0	25	1.00
257728--257761	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
257917--257978	29	2.1	29	82	5	72	50	0	3	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258464--258502	17	2.3	17	86	0	51	28	0	0	71	0.86
259025--259069	22	2.0	22	95	0	81	55	2	8	33	1.43
259115--259157	21	2.0	23	86	9	63	65	6	2	25	1.30
265184--265302	42	2.8	42	84	5	159	8	46	2	42	1.47
265225--265283	21	2.8	22	74	10	59	11	45	1	40	1.51
268217--268267	26	2.0	24	82	17	59	56	3	1	37	1.29
269372--269556	31	5.8	31	73	14	137	58	1	1	38	1.15
269454--269480	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
269396--269506	38	3.0	38	83	11	133	60	1	0	36	1.14
269426--269747	91	3.5	91	69	18	257	59	3	2	35	1.27
269488--269571	31	2.5	34	77	16	93	60	2	0	36	1.10
269533--269581	26	1.9	25	87	4	71	65	0	0	34	0.93
269598--269693	35	2.9	35	77	14	87	58	2	2	37	1.22
269657--269714	24	2.4	23	75	16	55	60	3	0	36	1.14
269689--269749	31	1.9	32	83	9	81	57	4	0	37	1.20
269705--269751	16	3.0	15	77	17	51	59	4	0	36	1.17
270420--270643	65	3.4	65	78	2	209	32	16	12	37	1.87
270477--270575	32	3.0	32	78	8	101	33	19	12	35	1.88
270535--270643	33	3.3	33	69	12	89	33	20	11	34	1.89
270487--270689	65	3.1	65	77	2	203	33	18	11	36	1.87
272479--272521	23	1.9	22	90	0	59	62	4	4	27	1.35
273905--273945	14	2.9	15	85	7	59	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274460--274566	11	10.1	11	68	22	59	59	0	0	38	1.10
274461--274571	8	13.0	8	69	19	64	59	0	0	38	1.10
274456--274586	42	3.1	42	72	13	126	61	0	0	37	1.07
275211--275245	17	2.0	18	94	5	63	42	0	5	51	1.25
280291--280332	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
282358--282384	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
286319--286375	25	2.3	25	82	8	73	22	5	10	61	1.48
287381--287412	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
299240--299415	81	2.2	78	80	8	185	33	11	16	38	1.85
301576--301643	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
301597--301621	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
301578--301640	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
301683--301708	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
304060--304180	51	2.3	53	84	2	156	30	23	11	34	1.90
304166--304240	28	2.7	28	85	6	91	24	36	17	22	1.95
304196--304397	79	2.6	79	81	4	221	24	30	16	28	1.96
316774--316823	14	3.7	13	76	23	50	84	8	8	0	0.79
316776--316813	11	3.3	12	82	10	53	86	5	7	0	0.69
316775--316838	15	4.2	14	78	11	56	82	4	12	0	0.81
316775--316838	27	2.4	26	82	12	76	82	4	12	0	0.81
316778--316823	17	2.8	17	80	6	51	84	6	8	0	0.77
317353--317406	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317498--317523	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
317480--317543	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
319528--319577	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
323482--323519	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
323631--323676	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
326065--326090	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
326047--326110	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
327606--328355	55	12.9	55	83	10	733	25	29	20	24	1.99
327582--328355	116	6.7	115	84	7	933	25	29	20	24	1.99
329033--329109	21	3.7	21	83	10	95	37	11	15	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6