genome.fa.s424.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold424
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  897778

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054--2101	21	2.3	21	82	10	64	43	2	20	33	1.64
6695--6723	15	1.9	15	100	0	58	24	27	0	48	1.51
8277--8331	20	2.8	20	91	0	83	34	18	10	36	1.86
8317--8341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8391--8452	33	1.9	33	90	3	99	37	14	14	33	1.87
9207--9233	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
9218--9272	20	2.8	21	78	10	62	30	12	12	43	1.80
9584--9626	20	2.1	21	83	12	54	34	34	4	25	1.77
15319--15374	24	2.3	24	78	6	60	7	21	0	71	1.09
16244--16317	20	3.7	20	80	7	78	43	12	16	28	1.83
16935--17200	48	5.6	48	82	4	288	36	15	25	22	1.93
17290--18521	28	43.8	28	84	5	686	25	16	31	26	1.96
17621--18592	28	35.1	27	86	3	958	27	15	31	25	1.96
19667--19758	22	4.2	21	76	16	73	9	11	6	71	1.30
26672--26817	50	2.9	50	91	5	222	45	11	17	25	1.81
32026--32164	68	2.0	68	97	0	260	31	13	9	45	1.75
33727--33791	33	2.0	33	87	0	94	38	15	13	32	1.87
33883--33925	22	2.0	21	86	9	59	41	9	4	44	1.57
34432--34474	12	3.3	12	82	17	59	58	0	0	41	0.98
34433--34475	13	3.2	13	75	18	52	55	0	0	44	0.99
37166--37191	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
37899--37942	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37916--38037	61	2.0	61	100	0	244	32	19	3	44	1.67
41552--41582	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
43386--43430	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
46812--46838	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
46812--46956	33	4.5	33	66	25	94	32	16	16	34	1.92
46904--46934	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
47444--47500	19	3.3	18	72	27	61	35	12	17	35	1.87
47457--47481	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
47444--47508	32	2.0	32	93	0	112	32	12	20	35	1.89
47586--47714	52	2.5	52	94	0	231	35	17	17	28	1.93
56754--56780	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
59275--59336	20	3.2	20	84	11	83	37	14	14	33	1.87
59381--59410	13	2.3	13	94	0	51	33	20	13	33	1.91
59364--59432	33	2.1	33	83	5	86	31	13	17	37	1.88
60208--60300	36	2.7	36	82	8	106	30	25	12	31	1.93
63149--63244	48	2.0	48	100	0	192	39	14	12	33	1.84
63755--64054	150	2.0	150	96	0	555	38	20	13	28	1.90
71197--71222	10	2.6	10	100	0	52	30	0	0	69	0.89
71158--71263	25	4.3	23	69	20	56	31	0	3	65	1.11
71193--71263	16	4.2	16	73	18	63	33	0	1	64	1.02
71518--71560	11	3.8	11	81	3	50	23	0	4	72	1.04
72437--72486	16	3.2	16	80	8	59	62	2	2	34	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72445--72492	22	2.1	23	88	11	73	62	2	2	33	1.18
73102--73147	19	2.4	19	89	7	67	43	0	2	54	1.12
76840--77271	78	5.5	79	77	7	371	36	10	23	29	1.88
76839--77270	79	5.5	79	75	10	305	37	10	23	29	1.88
78306--78346	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
78386--78456	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
78426--78562	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
78586--78616	10	3.1	10	95	0	53	25	29	3	41	1.71
78604--78658	21	2.5	22	94	5	103	27	25	10	36	1.89
78627--78720	45	2.0	46	86	8	129	31	23	8	36	1.85
80721--81409	61	11.0	67	77	10	390	29	16	26	26	1.97
80835--81409	61	9.4	61	79	5	590	29	16	26	27	1.97
80840--81374	120	4.4	119	85	4	624	28	16	26	28	1.97
95421--95759	158	2.1	157	80	8	359	37	10	21	30	1.87
95421--95781	79	4.6	79	75	7	284	37	11	21	30	1.88
95712--95809	51	1.9	51	85	4	135	35	10	23	30	1.88
95639--95916	130	2.1	131	80	9	309	35	11	23	28	1.90
95766--96131	79	4.6	79	84	4	393	37	11	23	27	1.89
95554--95991	209	2.1	209	81	6	514	36	11	23	28	1.90
95502--96046	288	1.9	289	83	7	714	37	11	22	29	1.88
99133--99162	15	2.0	15	100	0	60	26	6	6	60	1.47
101676--101720	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105635--105660	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108208--108233	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
112050--112087	19	2.0	19	85	10	51	2	2	21	73	1.07
113520--113565	22	2.1	22	95	0	83	26	4	30	39	1.75
114172--114243	27	2.7	28	91	8	107	20	33	23	22	1.97
116348--116391	14	3.1	14	100	0	88	36	20	34	9	1.84
121505--121547	13	3.3	13	83	0	59	37	16	9	37	1.81
123593--123663	28	2.6	26	84	15	90	23	29	18	28	1.98
123651--123763	51	2.2	51	87	0	154	29	26	13	30	1.94
123720--123919	79	2.5	78	80	7	208	29	22	13	35	1.92
124681--124706	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124662--124726	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
130897--130935	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
132211--132287	38	2.0	38	100	0	154	28	31	16	23	1.96
133527--133552	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
133508--133572	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
143014--143149	60	2.2	61	88	5	204	37	10	27	24	1.88
143088--143524	202	2.2	203	83	6	543	32	16	26	24	1.96
143086--143495	52	8.0	51	80	5	391	33	15	26	24	1.95
143454--143738	39	7.0	40	78	12	303	27	20	25	27	1.99
143454--143741	82	3.5	82	99	0	558	28	19	25	26	1.99
143702--143833	51	2.6	52	81	3	160	34	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143903--144099	34	6.1	33	75	13	151	35	11	30	22	1.89
143972--144098	66	1.9	67	90	1	202	33	12	32	22	1.91
145383--145427	6	6.7	7	78	17	51	0	0	13	86	0.57
145375--145415	19	2.2	19	86	0	55	2	2	12	82	0.86
145391--145441	12	4.1	12	85	7	66	1	1	11	84	0.79
145392--145441	19	2.6	19	79	17	59	2	2	12	84	0.80
145391--145441	25	2.1	23	85	7	66	1	1	11	84	0.79
148101--148137	13	2.8	13	91	0	56	32	13	16	37	1.87
150055--150113	19	3.0	20	76	14	68	49	1	22	27	1.59
150089--150136	23	2.1	23	88	7	71	37	2	20	39	1.65
150094--150149	23	2.4	23	80	16	71	41	1	26	30	1.66
150851--150904	20	2.7	20	88	0	72	37	12	16	33	1.87
152694--152837	42	3.5	41	82	5	121	20	26	12	40	1.88
152729--152847	42	2.9	41	80	9	143	17	25	15	42	1.88
153106--153304	87	2.3	87	92	1	328	30	22	23	23	1.99
153191--153421	118	2.0	118	90	0	363	29	25	22	21	1.99
153106--153540	205	2.1	205	92	0	717	29	24	23	22	1.99
153309--153509	87	2.3	87	89	0	312	29	23	23	23	1.99
153482--153571	31	2.9	31	89	0	144	27	34	25	12	1.92
153544--153745	87	2.3	87	93	0	350	30	22	22	24	1.99
153279--153893	236	2.6	235	89	2	901	29	25	22	21	1.99
153718--153807	31	2.9	31	89	0	135	27	33	23	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153632--154040	149	2.8	148	87	4	608	28	25	23	22	1.99
153867--153958	31	3.0	30	85	4	130	26	31	26	16	1.96
153931--154129	87	2.3	86	90	0	326	27	23	24	24	2.00
153782--154274	235	2.1	236	86	1	704	27	23	24	23	2.00
153396--154484	384	2.8	384	90	1	1700	28	24	23	23	2.00
154102--154191	31	2.9	31	77	0	99	26	28	26	17	1.98
154032--154426	148	2.7	148	86	1	540	27	23	25	24	2.00
154254--154341	30	2.9	29	76	8	95	26	28	27	18	1.98
154017--154426	149	2.8	149	85	1	563	27	23	25	23	2.00
154979--155028	20	2.4	21	80	3	57	38	8	20	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6