genome.fa.s424.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold424
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  897778

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 637 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681269--681327	26	2.3	26	88	11	86	84	13	1	0	0.69
682757--682813	30	1.9	30	85	0	78	24	35	17	22	1.95
682787--683190	34	11.8	34	87	3	535	18	32	11	37	1.87
682787--683190	69	5.9	69	85	4	541	18	32	11	37	1.87
682791--683190	135	2.9	135	90	3	595	18	32	11	37	1.87
683158--683213	27	2.1	27	86	6	78	25	37	14	23	1.92
683195--683259	29	2.3	29	82	15	82	35	32	15	16	1.91
683402--683663	49	5.7	47	70	14	163	25	25	20	29	1.99
683307--683701	88	4.5	86	78	7	369	26	24	20	28	1.99
684554--684650	19	5.8	18	69	27	79	35	12	14	38	1.84
684556--684663	32	3.4	32	97	0	198	36	12	14	36	1.85
684575--684668	13	6.3	13	69	25	62	37	12	13	36	1.84
684749--684877	52	2.5	52	94	0	240	35	18	17	27	1.94
690559--690631	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
690660--690728	33	2.1	32	81	10	77	30	15	17	36	1.91
692275--692310	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
694435--694497	32	1.9	33	93	3	110	25	15	14	44	1.84
694563--694625	13	5.3	13	73	21	66	36	14	15	33	1.88
694548--694645	33	3.0	33	95	3	171	34	13	18	33	1.89
694581--694646	20	3.7	20	73	26	83	34	12	18	34	1.88
696933--696958	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
701992--702018	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704438--704602	83	2.0	83	86	0	231	32	18	15	33	1.92
704575--704627	20	2.7	20	100	0	106	35	26	15	22	1.93
704616--704687	20	3.7	19	87	7	83	27	15	18	38	1.90
708373--708419	20	2.3	20	100	0	94	38	19	0	42	1.51
710167--710199	16	2.0	17	88	5	50	36	0	24	39	1.56
710784--710840	20	2.9	19	84	5	69	33	12	15	38	1.85
710868--710921	20	2.7	19	83	11	65	33	14	16	35	1.90
710956--710993	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
714675--714705	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
714653--714721	33	2.1	33	86	5	95	36	18	13	31	1.89
714749--714806	19	3.1	18	83	11	71	32	13	17	36	1.89
714771--714832	33	1.9	32	87	9	90	37	11	17	33	1.86
715410--715493	28	3.3	28	65	25	85	26	27	10	35	1.89
715404--715504	48	2.1	48	100	0	202	34	23	9	31	1.88
721845--721878	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
723485--723515	13	2.4	13	94	0	53	38	16	16	29	1.90
723463--723531	33	2.1	33	86	5	95	37	21	13	27	1.90
723559--723612	19	2.8	19	89	10	83	33	18	14	33	1.92
724265--724308	20	2.2	20	84	8	54	18	13	4	63	1.46
725110--725157	10	4.6	10	85	10	69	83	0	16	0	0.65
725122--725154	12	2.8	12	95	0	57	81	0	18	0	0.68
725122--725152	14	2.3	13	94	5	53	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731029--731054	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
731104--731154	20	2.5	21	83	3	68	27	15	15	41	1.88
731157--731208	20	2.6	20	87	0	68	36	13	15	34	1.87
731724--731776	21	2.5	21	93	0	88	24	39	1	33	1.66
731809--731863	25	2.2	26	83	9	69	27	23	1	47	1.62
731764--731913	75	2.0	75	98	0	291	30	26	2	41	1.67
733231--733280	20	2.3	21	80	13	57	6	28	48	18	1.71
739950--740002	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
739990--740018	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
740004--740054	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
741123--741149	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
741133--741189	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
741234--741264	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
741218--741286	33	2.1	33	86	5	95	28	11	20	39	1.87
741844--743488	824	2.0	823	88	1	2413	33	21	18	26	1.96
750781--750807	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
750792--750847	19	2.8	21	86	10	82	30	14	16	39	1.88
750884--750929	20	2.3	20	88	7	67	41	15	10	32	1.82
751893--751934	21	2.0	22	86	13	61	38	16	4	40	1.70
757883--757914	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
758202--758334	50	2.7	49	88	5	189	27	19	12	40	1.88
760748--760864	51	2.3	51	83	5	139	30	26	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760798--761194	79	5.0	77	79	5	375	26	23	14	35	1.93
760797--761201	159	2.6	157	82	5	485	26	23	14	35	1.93
761084--761140	29	1.9	30	82	10	73	22	19	15	42	1.89
762582--762650	32	2.1	33	89	2	104	34	8	17	39	1.80
762688--762712	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
762721--762849	52	2.5	52	97	0	249	34	19	17	27	1.95
776719--776810	6	14.5	6	76	18	73	83	14	1	1	0.76
776706--776789	8	10.5	8	79	13	93	84	13	1	1	0.74
776704--776801	15	6.9	14	79	10	92	83	13	1	2	0.78
776719--776810	13	6.8	13	77	16	75	83	14	1	1	0.76
776703--776810	28	4.0	28	78	14	72	82	14	0	1	0.81
776704--776795	1	92.0	1	72	0	58	84	11	1	2	0.76
778255--778738	57	8.6	55	88	6	627	34	33	13	18	1.90
778713--778828	34	3.4	34	80	8	110	22	30	10	37	1.87
778843--778921	29	2.7	29	78	9	81	31	31	20	16	1.95
779912--779968	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
779892--779992	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
779890--779987	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
780030--780054	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
780063--780191	52	2.5	52	96	0	231	37	17	16	28	1.92
784445--784493	15	3.3	15	78	21	50	81	8	0	10	0.87
785783--787002	41	30.5	41	70	10	517	18	18	13	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785881--786244	165	2.2	161	80	3	390	18	17	12	51	1.75
786063--786360	124	2.4	123	80	2	303	17	18	12	51	1.76
785943--786296	165	2.2	163	77	6	358	18	18	11	51	1.75
786329--786594	72	3.6	72	73	12	230	17	21	14	46	1.83
786253--786590	154	2.2	154	80	4	369	17	20	13	48	1.81
786314--786676	154	2.4	154	78	3	390	18	19	13	48	1.81
786769--786836	35	1.9	35	84	0	91	17	17	13	51	1.76
787058--787097	21	2.0	21	90	5	64	15	12	12	60	1.60
787086--787420	41	8.2	41	76	5	194	17	17	14	49	1.80
787119--787420	123	2.5	123	76	3	304	18	17	14	48	1.81
787285--787475	82	2.3	82	79	5	197	17	16	14	51	1.77
791353--791486	61	2.2	61	80	0	151	39	11	25	23	1.89
791546--791953	52	7.5	52	70	14	218	35	15	25	22	1.94
791432--791953	165	3.2	164	81	4	593	35	15	25	23	1.94
791375--791642	113	2.4	113	86	0	401	35	13	25	26	1.93
792034--792132	31	3.2	30	90	4	153	23	19	28	29	1.98
792155--792227	29	2.4	30	82	8	87	28	17	35	17	1.93
792118--792258	32	4.4	32	77	12	130	31	14	33	20	1.93
802123--802147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
803388--803451	21	2.9	22	75	17	60	4	12	10	71	1.27
806857--806992	29	4.7	29	79	7	132	16	13	16	53	1.73
806862--806995	59	2.3	58	79	5	144	16	13	16	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808025--808613	42	13.7	42	76	9	349	40	16	26	16	1.90
808208--808275	27	2.6	27	95	2	120	50	10	23	16	1.75
808724--808958	44	5.3	43	77	11	201	37	14	25	22	1.92
808770--808958	89	2.1	87	86	5	256	38	14	24	21	1.92
809000--809068	36	1.9	35	88	2	102	47	13	23	15	1.80
811552--811581	9	3.4	9	90	9	53	0	16	0	83	0.65
811552--811584	17	1.9	17	100	0	66	0	15	0	84	0.61
824871--824923	8	6.6	8	91	6	63	0	16	0	83	0.66
824880--824925	8	5.6	8	94	5	83	0	13	0	86	0.56
828472--828549	39	2.0	39	87	0	111	24	10	26	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6