genome.fa.s438.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold438
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1141244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739962--740030	28	2.5	28	83	4	77	27	31	15	24	1.96
739907--740113	108	1.9	108	83	4	265	27	27	13	32	1.93
741893--742440	166	3.3	165	83	4	640	48	8	11	30	1.70
743782--743845	26	2.5	26	80	14	71	73	3	17	6	1.17
743875--743912	20	1.9	20	88	0	58	10	18	2	68	1.30
749543--749592	21	2.4	20	83	9	64	72	0	26	2	0.96
749915--749967	18	2.9	17	74	20	54	77	5	15	1	1.04
753935--754010	20	3.7	20	75	13	82	36	18	14	30	1.91
753937--754023	42	2.1	42	93	0	147	36	16	17	29	1.91
757417--757458	22	2.0	21	86	13	59	50	7	9	33	1.62
757573--757623	20	2.6	20	84	3	68	35	13	15	35	1.87
757540--757603	32	2.0	33	90	3	103	32	15	12	39	1.85
765275--765309	12	2.9	12	86	0	52	28	8	31	31	1.87
765551--765584	18	1.9	18	88	5	52	55	5	32	5	1.48
766211--766253	22	2.0	22	90	9	70	46	6	9	37	1.63
769253--769306	20	2.7	20	79	2	54	40	11	12	35	1.79
770157--770205	20	2.5	20	82	0	62	36	10	20	32	1.86
776830--776875	24	1.9	24	86	0	65	54	13	13	19	1.71
776970--777011	22	1.9	22	85	9	59	71	21	2	4	1.16
779773--779821	22	2.2	22	96	0	89	34	10	24	30	1.89
779829--779869	21	1.9	22	90	5	66	41	4	19	34	1.73
780440--780489	19	2.6	19	83	3	64	30	18	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780543--780567	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
780523--780587	33	2.0	33	85	11	89	35	15	16	32	1.91
782198--782268	36	2.0	36	88	2	108	26	29	12	30	1.93
782694--782767	33	2.2	33	92	0	121	35	21	10	32	1.88
782846--782872	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
782828--782891	33	2.0	33	84	3	85	42	15	14	28	1.86
782981--783022	22	1.9	22	90	0	66	35	9	9	45	1.69
784958--785008	19	2.6	20	84	3	68	41	15	15	27	1.88
788254--788308	19	2.8	19	77	2	65	36	10	18	34	1.86
794366--794443	39	2.0	39	100	0	156	23	17	15	43	1.87
800461--800523	33	1.9	33	86	0	90	33	15	14	36	1.88
801146--801213	36	1.9	35	84	3	91	30	26	7	35	1.84
801668--801733	32	2.1	32	88	0	96	43	13	16	25	1.85
805412--805450	10	3.9	10	86	0	51	2	10	25	61	1.41
805639--805693	21	2.7	20	88	8	76	38	14	14	32	1.87
805740--805790	19	2.6	20	87	3	68	37	15	15	31	1.89
810358--810390	16	1.9	17	88	11	50	84	9	0	6	0.76
811597--811822	48	4.7	48	87	2	274	20	19	19	40	1.91
812556--812621	33	2.0	33	88	11	100	33	15	12	39	1.84
812584--812641	20	2.9	20	92	0	98	37	17	10	34	1.84
812671--812743	20	3.7	19	82	10	67	35	19	17	27	1.94
813237--813297	22	2.8	22	94	0	104	34	11	11	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813238--813305	22	3.1	22	91	4	102	32	10	10	47	1.71
815267--815291	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
819342--819461	52	2.3	52	94	0	204	29	17	17	35	1.93
819470--819494	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
819557--819581	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
819535--819601	33	2.0	33	85	0	89	41	13	10	34	1.79
825154--825209	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
825510--825707	48	4.1	48	80	5	213	18	21	16	43	1.87
825768--826204	42	10.4	42	68	10	169	18	26	15	40	1.89
826009--826203	84	2.3	84	85	4	250	17	26	15	40	1.90
827126--827191	26	2.5	28	76	16	77	59	15	15	10	1.62
827176--827295	56	2.1	56	93	0	204	59	7	17	15	1.59
827329--827384	24	2.2	24	87	6	76	50	8	19	21	1.75
827347--827400	24	2.2	24	83	0	63	50	12	18	18	1.78
827401--827449	25	1.9	26	83	4	64	53	16	26	4	1.61
827618--827661	22	2.0	22	86	0	61	43	40	9	6	1.63
833047--833088	15	3.0	14	86	6	50	80	0	9	9	0.89
833066--833095	13	2.3	13	94	0	51	83	0	16	0	0.65
835283--835734	48	9.4	48	83	1	487	18	22	17	42	1.89
835715--835948	44	5.4	43	71	11	165	20	22	13	43	1.87
835827--836054	123	1.9	122	83	2	296	21	23	14	39	1.91
835948--836094	44	3.4	43	73	15	131	21	20	15	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836100--836232	44	3.0	44	70	8	119	20	24	15	39	1.91
835959--836503	88	6.2	88	76	5	364	20	23	14	40	1.90
836182--836404	89	2.5	88	79	10	231	21	26	12	39	1.89
836700--836972	42	6.5	42	77	4	180	19	25	14	41	1.89
836579--836806	84	2.7	84	81	4	260	17	25	16	39	1.90
836700--837091	126	3.1	126	80	5	341	18	26	14	41	1.88
836734--837133	42	9.6	42	77	4	276	18	26	14	40	1.89
837981--838014	13	2.7	13	95	4	61	20	23	14	41	1.89
838148--838266	56	2.1	57	86	6	170	62	5	13	18	1.51
838164--838286	56	2.2	58	83	2	160	60	8	13	17	1.56
838362--838418	25	2.2	25	78	6	69	56	10	28	5	1.55
838554--838606	22	2.5	20	75	6	52	39	35	15	9	1.79
843010--843034	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
843104--843184	32	2.5	32	91	0	126	28	23	9	38	1.87
843158--843200	22	2.0	22	85	0	59	30	18	11	39	1.86
843628--843720	36	2.8	33	82	12	118	30	13	26	29	1.95
844557--844587	13	2.4	13	94	0	53	32	12	12	41	1.81
844541--844611	33	2.2	33	84	0	88	36	9	16	36	1.82
847418--847449	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
852950--852974	8	3.1	8	100	0	50	60	0	12	28	1.32
854735--854788	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
855449--855575	33	4.1	32	81	13	165	32	22	7	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855453--855578	60	2.1	60	91	2	200	34	22	7	34	1.83
863423--863510	20	4.8	20	77	21	102	36	18	12	32	1.88
863421--863493	33	2.2	33	100	0	146	36	17	12	32	1.87
863421--863493	13	6.5	13	66	33	62	36	17	12	32	1.87
874312--875552	153	8.1	154	79	3	1079	23	18	20	37	1.94
873959--875529	306	5.2	304	81	4	1353	23	17	20	37	1.94
874312--875440	461	2.5	459	80	5	1204	23	18	21	37	1.94
879001--879044	18	2.3	18	85	14	54	84	2	11	2	0.81
879001--879038	9	4.2	9	83	10	51	86	2	7	2	0.74
879001--879044	19	2.3	18	84	7	52	84	2	11	2	0.81
880631--881051	89	4.7	89	91	0	653	29	31	13	25	1.93
881286--881383	35	2.8	35	82	1	115	23	27	11	37	1.89
881351--881413	32	2.0	31	84	3	81	20	23	12	42	1.86
881400--881579	48	3.8	48	79	5	195	18	18	18	44	1.87
881611--881986	44	8.7	43	68	10	194	22	23	14	38	1.91
881611--881988	88	4.3	88	80	6	421	22	24	14	38	1.92
881611--881988	172	2.2	174	81	6	419	22	24	14	38	1.92
881879--882003	44	2.8	44	72	4	117	20	28	13	37	1.90
882087--882224	42	3.3	42	74	12	138	18	28	18	34	1.95
883918--883983	35	1.9	35	90	3	107	28	21	15	34	1.93
884514--884579	20	3.7	20	73	26	83	37	12	15	34	1.84
884535--884592	13	3.9	13	73	26	53	37	13	15	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884515--884594	33	2.4	33	100	0	160	38	12	15	33	1.84
884657--884681	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
888224--888287	33	2.0	32	87	3	92	39	14	15	31	1.87
891379--891412	18	1.9	17	94	5	59	5	0	23	70	1.09
892256--893102	154	5.5	154	81	4	687	24	17	19	38	1.92
892312--893218	308	3.0	306	79	5	963	24	17	19	38	1.93
892371--893218	154	5.5	154	81	3	834	24	17	19	38	1.93
896768--896945	47	3.7	47	77	13	182	29	17	8	43	1.79
896767--896951	98	1.9	98	90	0	298	29	19	8	42	1.81
902665--902697	17	1.9	17	93	0	57	12	0	6	81	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7