genome.fa.s438.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold438
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1141244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--100	28	3.6	27	84	9	107	26	14	33	27	1.94
13--93	27	3.0	27	85	5	101	25	14	34	24	1.94
67--200	34	4.0	34	82	5	157	34	11	32	20	1.90
31--162	34	4.3	30	80	9	76	28	12	35	23	1.91
40--260	31	7.1	31	78	8	139	33	12	30	23	1.92
1241--1268	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
1543--1599	23	2.5	22	75	13	62	5	8	15	70	1.31
1605--1656	1	52.0	1	76	0	50	0	0	11	88	0.52
1605--1654	10	4.9	10	85	9	66	0	0	12	88	0.53
1605--1662	17	3.5	17	82	15	68	0	0	13	86	0.58
1611--1664	16	3.3	16	87	5	81	0	0	16	83	0.65
7181--7232	21	2.5	21	100	0	104	44	17	19	19	1.87
8227--8278	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
8316--8357	21	2.0	21	85	0	57	38	14	11	35	1.83
9149--9742	52	11.9	52	82	7	700	34	18	25	22	1.96
9161--10054	153	6.2	153	82	8	821	33	18	24	23	1.97
9463--9782	91	3.4	91	92	4	487	30	18	25	24	1.98
9512--10145	130	4.7	131	76	10	555	31	19	24	24	1.98
9310--10003	221	3.0	222	84	8	759	31	19	25	23	1.98
9508--10145	91	7.0	90	86	5	634	31	19	24	24	1.98
9472--10094	312	2.0	319	89	4	958	30	19	25	24	1.98
10216--10450	28	7.8	28	75	15	170	30	14	30	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10182--10333	60	2.5	62	84	9	186	29	14	32	23	1.94
10213--10449	90	2.6	91	82	6	273	31	13	29	24	1.94
10375--10632	30	8.5	30	78	8	245	27	16	29	25	1.97
10430--10638	61	3.4	61	84	5	271	27	17	30	24	1.97
18856--18940	32	2.7	32	84	0	116	35	15	15	34	1.89
18882--18906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20550--20603	19	2.8	20	80	2	65	27	18	18	35	1.94
23100--23124	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23080--23144	33	2.0	33	87	0	94	32	12	15	40	1.84
23113--23168	20	2.8	20	97	2	105	26	10	10	51	1.69
23206--23355	52	2.9	50	83	5	192	34	16	16	32	1.91
32956--32982	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
33033--33097	33	2.0	33	96	0	121	35	16	15	32	1.91
33068--33117	20	2.5	20	87	6	66	36	14	16	34	1.88
33106--33130	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
32972--33417	214	2.2	206	88	6	652	34	17	15	32	1.91
33249--33347	13	8.5	13	70	24	78	34	12	18	35	1.88
33234--33345	33	3.4	33	92	2	181	33	12	18	34	1.89
33267--33331	20	3.6	20	71	26	72	35	10	18	35	1.86
51172--51230	6	10.2	6	80	8	61	81	0	15	3	0.82
51265--51310	22	2.1	21	84	4	56	73	0	15	10	1.08
51275--51317	22	2.0	22	86	4	61	62	2	16	18	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52570--52700	42	3.1	42	82	3	129	19	24	18	37	1.94
52594--52737	42	3.4	42	83	0	135	16	25	17	40	1.90
52715--53025	43	7.2	43	75	8	213	18	23	17	40	1.91
52588--53025	86	5.1	86	74	6	293	18	24	17	39	1.92
52801--53039	129	1.9	129	80	8	281	16	25	17	40	1.90
52958--53064	43	2.5	44	81	6	121	17	26	20	35	1.95
53176--53275	42	2.4	43	81	8	116	22	25	17	36	1.95
53341--53423	43	1.9	43	82	2	103	18	26	15	39	1.90
53518--53611	42	2.2	42	83	3	109	23	24	14	37	1.93
53730--53928	85	2.3	83	82	5	220	18	25	17	38	1.92
53749--53879	42	3.1	42	70	7	113	16	25	18	39	1.91
53886--54021	43	3.2	40	74	12	130	18	27	15	38	1.91
53886--54045	42	3.8	41	72	14	130	19	26	16	36	1.93
54351--54448	42	2.3	40	85	13	119	18	28	13	39	1.88
54521--54612	42	2.2	42	82	3	105	18	21	17	42	1.89
54797--54913	43	2.8	41	73	7	108	14	24	17	42	1.87
54773--54974	85	2.4	85	78	3	183	15	27	17	39	1.90
55036--55508	43	11.1	43	70	11	188	19	27	15	38	1.91
55036--55508	85	5.5	84	72	11	273	19	27	15	38	1.91
55789--56007	42	5.2	42	73	11	160	20	28	15	35	1.93
55799--57586	43	41.9	43	67	13	354	19	26	15	38	1.92
57119--57503	85	4.5	86	71	8	264	18	27	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57367--57600	42	5.5	42	71	5	130	18	25	17	37	1.93
57365--57586	85	2.6	84	75	4	230	18	25	16	38	1.92
58539--59029	79	6.2	79	82	0	516	32	13	25	28	1.93
58539--59046	158	3.2	158	81	1	599	32	13	24	28	1.93
58547--59029	237	2.0	238	85	1	637	33	13	24	28	1.93
60145--60422	137	2.0	138	97	0	531	44	10	20	23	1.83
61488--61544	20	2.8	20	89	0	87	42	17	14	26	1.87
61931--63429	86	17.5	86	69	10	426	19	26	16	37	1.93
62094--63651	85	18.3	84	71	8	425	18	26	17	37	1.93
62094--63694	43	37.5	43	72	5	685	18	26	17	37	1.93
61931--63671	342	5.1	342	96	0	3115	18	26	17	37	1.93
63760--63928	85	2.0	86	79	6	182	18	26	14	40	1.90
63045--65021	43	46.3	43	69	11	394	18	26	16	38	1.92
63957--64066	42	2.6	40	74	7	103	16	29	19	35	1.93
64403--64636	128	1.8	128	80	8	278	19	26	15	38	1.91
70052--70113	20	3.0	20	90	2	88	30	16	11	41	1.83
70075--70125	20	2.5	20	90	3	75	33	17	7	41	1.79
70605--70912	155	2.0	156	80	3	352	29	13	16	40	1.86
78847--81530	486	5.5	484	87	2	3654	29	10	19	39	1.86
78847--81530	971	2.8	969	86	2	3752	29	10	19	39	1.86
81222--81851	321	2.0	323	90	1	996	30	11	20	37	1.88
81545--84716	485	6.6	486	86	2	4332	30	10	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85010--85034	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85023--85074	20	2.6	20	100	0	104	26	15	15	42	1.87
85005--85106	53	1.9	52	94	2	177	29	15	14	40	1.87
85063--85119	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
85043--85138	32	3.0	32	95	1	165	32	15	13	38	1.87
85104--85160	19	3.0	20	79	7	64	35	14	15	35	1.88
85190--85242	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
91163--91212	22	2.2	21	82	13	55	8	2	22	68	1.26
91512--91558	22	2.2	20	82	14	51	31	23	0	44	1.54
93281--93336	22	2.6	21	82	5	67	41	1	35	21	1.64
93885--93934	20	2.6	19	80	3	55	32	16	18	34	1.92
94743--102457	486	15.9	487	87	2	10533	29	10	20	39	1.85
94743--122172	972	27.9	970	77	9	23003	29	10	20	39	1.85
102453--122172	486	40.6	485	86	2	25983	29	10	20	39	1.85
107098--107128	16	1.9	16	93	0	53	6	0	16	77	0.97
122176--128750	487	13.6	486	86	2	8647	30	10	20	39	1.85
122176--128750	972	6.8	971	86	2	8616	30	10	20	39	1.85
130118--130243	67	1.9	65	88	6	191	26	25	4	43	1.74
131795--131823	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
135086--135125	21	1.9	21	84	0	53	25	12	5	57	1.55
135723--135778	20	2.8	20	97	0	103	35	10	10	42	1.74
135765--135790	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135829--135882	20	2.7	20	91	5	83	25	16	14	42	1.87
138166--138344	51	3.5	51	86	2	236	27	25	11	35	1.91
138359--138474	51	2.3	51	86	3	162	31	24	12	32	1.91
138226--138498	130	2.1	130	88	0	420	27	26	13	32	1.93
138458--138512	28	2.0	28	89	7	85	23	25	18	32	1.97
138538--138635	51	1.9	51	85	4	135	30	22	11	35	1.89
138486--138813	129	2.5	129	74	5	313	28	22	13	34	1.92
144948--145076	52	2.5	52	96	0	240	27	17	17	37	1.92
153364--153439	5	15.6	5	75	21	56	82	15	0	1	0.73
153367--153426	6	9.8	6	76	16	61	83	16	0	0	0.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7