genome.fa.s438.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold438
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1141244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
576478--576935	105	4.5	102	78	14	422	51	3	1	43	1.27
576478--576935	202	2.3	197	82	12	538	51	3	1	43	1.27
576554--576919	149	2.4	148	81	14	388	53	3	1	42	1.26
576712--576815	44	2.4	42	80	12	111	52	1	2	42	1.27
576754--576935	54	3.4	53	84	8	219	54	2	1	40	1.24
576703--576935	49	4.6	47	77	13	132	54	2	1	40	1.24
576796--576860	18	3.7	17	75	4	58	58	3	0	38	1.14
576979--577031	22	2.4	22	80	0	70	35	9	9	45	1.69
577091--577131	20	2.0	22	85	9	59	41	2	14	41	1.59
577571--577615	22	2.0	22	83	8	56	37	6	8	46	1.61
577829--577980	54	2.8	55	84	5	202	39	1	5	53	1.32
580419--580471	19	2.6	21	85	5	74	39	13	15	32	1.85
580534--580608	20	3.8	19	85	7	96	29	16	12	42	1.83
582929--583097	51	3.4	51	76	8	166	28	26	14	30	1.95
583216--583333	51	2.3	51	85	5	159	31	25	11	32	1.90
583189--583458	129	2.1	128	80	8	298	28	26	12	32	1.93
595503--595569	1	67.0	1	81	0	71	89	5	4	0	0.59
595502--595568	16	4.0	16	83	12	82	88	7	4	0	0.64
595503--595566	24	2.7	23	90	4	92	89	6	4	0	0.61
596559--597126	55	10.1	54	85	6	704	27	29	19	23	1.98
596599--596675	26	2.8	26	68	14	66	29	29	22	18	1.97
597097--597178	42	2.0	41	88	7	121	21	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597211--597310	40	2.4	40	83	8	112	18	27	11	44	1.83
598046--598071	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
598110--598183	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
601223--601502	139	2.0	138	94	0	488	35	18	20	25	1.95
601932--602335	150	2.6	154	84	6	505	41	11	13	34	1.79
602401--602459	29	2.1	28	81	9	66	38	20	3	37	1.69
603120--603180	23	2.6	23	82	7	61	8	21	1	68	1.24
604009--604063	22	2.4	23	76	14	60	50	0	3	45	1.19
603664--604554	164	5.5	163	85	7	1061	52	9	9	29	1.64
603664--604554	322	2.7	322	86	6	1158	52	9	9	29	1.64
603664--604554	323	2.7	320	86	6	1154	52	9	9	29	1.64
607975--608103	52	2.5	52	93	0	222	31	17	16	35	1.92
607975--608123	52	2.9	51	87	4	210	32	16	16	34	1.92
608112--608136	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
608181--608205	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
609169--609235	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
609693--609718	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
609757--609832	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
609777--609850	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
609757--609850	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
610467--610510	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
611502--611526	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
612081--612127	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
614691--614757	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
615215--615240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
615279--615354	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
615299--615372	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
615279--615372	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
615924--616581	43	15.4	43	75	4	424	35	17	28	18	1.94
617428--617480	20	2.7	20	93	0	97	37	15	13	33	1.86
617540--617569	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
617519--617586	33	2.1	33	86	10	95	36	19	14	29	1.91
618252--618294	20	2.2	20	83	8	52	44	16	4	34	1.68
619999--620072	21	3.6	20	71	22	55	47	0	18	33	1.49
620006--620047	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
620387--620451	33	2.0	32	85	8	87	30	15	12	41	1.84
620450--620518	34	2.0	34	100	0	138	42	11	17	28	1.84
620484--620632	63	2.4	63	92	3	239	32	18	18	30	1.95
620597--620650	20	2.7	20	88	5	74	29	12	20	37	1.90
622231--622266	18	2.0	18	88	0	54	38	0	30	30	1.58
624872--624934	32	1.9	32	87	3	90	38	19	12	30	1.89
626650--626680	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
631204--631241	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
633653--633677	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634995--635020	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
637249--637298	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
639090--639120	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
641191--641255	13	5.0	13	94	0	112	30	15	12	41	1.84
641194--641255	26	2.4	26	100	0	124	32	16	11	40	1.83
643673--643725	20	2.7	20	100	0	106	30	15	20	33	1.93
646688--646712	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
649268--649332	33	2.0	32	87	3	94	30	12	15	41	1.84
649293--649354	20	3.2	20	81	11	83	35	12	17	33	1.88
649382--649450	33	2.1	33	86	5	95	30	13	18	37	1.89
656408--656452	12	4.1	12	72	21	53	35	17	13	33	1.89
669847--670152	163	1.9	157	82	6	373	40	11	11	36	1.77
671036--671085	12	4.2	12	84	5	66	0	24	0	76	0.80
671024--671074	21	2.3	22	83	10	59	3	25	0	70	1.04
671572--672283	159	4.4	159	80	9	728	51	9	9	29	1.66
671494--672283	325	2.4	318	82	6	910	51	10	9	28	1.67
673144--673169	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
673124--673190	33	2.0	33	85	0	89	26	14	14	43	1.85
675636--675710	27	2.7	28	85	2	98	24	33	20	22	1.97
675530--675915	52	7.4	51	73	10	260	30	25	11	32	1.91
675905--675974	28	2.5	28	88	0	95	22	35	17	24	1.95
675525--676025	263	1.9	263	89	1	772	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676008--676062	28	1.9	29	88	3	85	20	23	20	36	1.95
675928--676132	79	2.6	79	81	3	225	23	29	17	29	1.97
689360--689444	29	3.0	28	65	22	70	25	34	20	20	1.96
689360--690165	55	14.0	54	80	11	757	25	29	20	24	1.99
689361--690165	116	7.0	115	83	8	832	25	29	20	24	1.99
689361--690165	176	4.6	174	82	10	879	25	29	20	24	1.99
691000--691067	19	3.9	19	76	21	76	35	11	16	36	1.85
691021--691045	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
691002--691064	32	2.0	32	93	0	108	34	12	17	34	1.88
698975--699049	27	2.7	28	85	2	98	24	33	20	22	1.97
699033--699150	51	2.3	52	83	1	139	28	27	12	31	1.93
699071--699233	52	3.1	52	79	7	163	29	23	10	36	1.88
699244--699311	28	2.4	28	85	0	82	23	33	16	26	1.95
700515--700582	33	2.1	33	86	8	95	32	16	16	35	1.91
700651--700675	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
701873--702078	78	2.6	79	82	0	234	28	17	29	24	1.97
702030--702101	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
701951--702186	108	2.2	110	84	3	302	28	16	28	25	1.97
702079--702237	82	2.0	80	91	2	255	30	13	27	28	1.94
702174--702292	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
704651--704676	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
704630--704696	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713304--713355	20	2.7	20	91	8	81	28	15	17	38	1.90
713425--713449	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
713761--733904	810	24.9	810	99	0	39026	43	10	12	33	1.77
734298--734349	20	2.6	20	81	6	52	44	13	7	34	1.72
735927--736326	139	2.9	138	88	3	570	44	10	10	34	1.73
736336--736374	17	2.3	18	82	13	55	20	0	0	79	0.73
736336--736374	12	3.0	14	89	10	57	20	0	0	79	0.73
736336--736375	8	4.8	8	84	9	53	20	0	0	80	0.72
737358--737405	20	2.3	21	85	3	62	43	14	16	25	1.86
737489--737531	22	2.0	22	90	0	68	20	9	20	48	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7