genome.fa.s438.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold438
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1141244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903114--903159	22	2.2	21	88	7	67	73	15	4	6	1.19
906338--906411	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
906356--906431	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
906338--906431	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
906470--906495	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
906954--907020	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
908534--908694	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
910145--910169	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
911164--911355	96	2.0	96	100	0	384	38	5	29	27	1.78
911202--911354	49	3.2	49	63	17	129	37	5	31	26	1.78
911963--912036	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
911981--912056	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
911963--912056	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
912095--912120	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
912579--912645	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
913913--913952	3	13.3	3	94	0	71	37	0	32	30	1.58
917483--917570	44	2.0	44	95	0	158	29	27	15	27	1.96
918973--918999	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
921619--921644	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
923863--923907	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
925711--925741	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
927755--927833	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927820--927858	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
929653--929718	32	2.1	32	97	0	123	31	3	27	37	1.72
930444--930469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
935037--935098	30	2.1	30	90	6	99	19	1	24	54	1.53
935162--935228	20	3.7	20	74	25	85	37	14	17	29	1.91
935183--935243	13	5.2	13	77	18	71	32	14	18	34	1.91
935163--935241	33	2.4	33	100	0	158	35	15	17	31	1.91
936033--936190	78	2.0	78	93	0	271	30	24	20	24	1.99
937881--937929	13	4.2	13	73	24	54	32	10	18	38	1.84
941618--941643	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
941596--941663	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
941965--942026	22	2.8	22	95	0	106	22	8	9	59	1.55
950384--950409	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
950362--950429	33	2.1	32	89	8	102	33	16	14	35	1.89
950479--950528	19	2.5	20	83	3	66	28	16	22	34	1.95
958764--958817	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
960238--960352	42	2.7	43	89	5	169	36	0	30	33	1.58
961128--961228	43	2.3	43	96	0	184	35	20	13	29	1.92
965481--965609	52	2.5	52	96	0	231	28	17	17	35	1.93
965618--965642	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
969428--969676	39	5.9	39	70	15	129	28	19	25	26	1.99
969468--969712	48	5.5	48	71	16	202	30	20	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969429--969740	87	3.6	87	91	0	498	28	19	25	27	1.99
969771--970162	34	11.8	34	76	8	335	36	13	31	19	1.90
969824--970377	67	8.5	66	75	11	342	36	13	29	20	1.91
969768--970034	101	2.6	101	84	5	308	36	12	31	19	1.89
969763--970377	128	4.8	128	77	10	479	36	13	29	20	1.91
969968--970350	61	6.1	60	76	11	261	35	13	28	21	1.92
970164--970442	30	8.6	34	76	13	202	34	15	27	22	1.94
970192--970534	30	10.9	30	78	8	249	31	15	29	23	1.95
970128--970538	63	6.6	61	75	11	284	33	15	28	22	1.94
970350--970542	31	6.3	31	81	9	191	30	16	30	23	1.96
970168--970470	160	1.9	160	84	7	409	33	15	27	22	1.95
971534--971570	20	1.9	20	88	5	58	0	10	5	83	0.79
978863--978916	21	2.7	20	83	8	74	29	16	12	40	1.86
981606--981643	17	2.2	17	95	0	67	86	10	0	2	0.66
982636--982718	32	2.7	31	88	5	123	24	22	13	39	1.90
982767--983193	62	7.0	62	86	2	531	25	22	19	32	1.97
982768--983193	123	3.5	122	85	2	552	25	22	19	32	1.97
982765--983177	185	2.3	182	85	2	558	25	23	18	32	1.97
983160--983228	35	1.9	36	91	2	113	24	20	17	37	1.93
983047--983335	155	1.9	157	88	1	447	24	22	20	32	1.97
983196--984431	60	20.5	60	77	9	819	26	22	18	33	1.97
983196--984429	181	6.8	182	78	5	1173	26	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983200--984430	243	5.1	241	79	4	1239	26	22	18	33	1.97
984410--984627	42	5.1	42	80	5	240	21	24	12	41	1.87
984410--984670	85	3.0	85	81	5	276	20	22	13	43	1.87
985486--985537	20	2.5	21	84	9	70	28	13	7	50	1.69
986065--986174	54	2.1	52	91	6	177	20	33	8	37	1.83
987549--988086	79	6.8	79	78	4	460	27	25	13	33	1.93
987548--987984	156	2.8	157	81	3	502	27	25	13	33	1.93
987549--988087	235	2.3	237	81	4	606	27	25	13	33	1.93
989410--989534	20	5.7	20	66	18	70	31	17	11	40	1.85
1003429--1003472	7	5.9	7	80	15	52	86	0	2	11	0.66
1003428--1003473	8	5.9	8	84	5	67	86	0	2	10	0.64
1003429--1003497	29	2.4	27	81	13	75	84	4	2	8	0.86
1004716--1006182	28	50.9	28	79	5	1318	27	29	19	23	1.98
1004716--1006182	57	25.5	57	78	6	1343	27	29	19	23	1.98
1004716--1006184	317	4.6	315	85	4	1574	27	28	19	24	1.98
1006875--1006949	20	3.8	20	81	0	96	30	17	13	38	1.88
1009208--1009484	139	2.0	139	96	0	509	26	25	11	36	1.90
1013007--1013040	14	2.5	13	86	9	50	85	2	11	0	0.71
1014529--1014617	20	4.3	20	80	8	88	28	17	11	42	1.84
1015689--1015877	48	4.0	47	83	1	225	19	19	21	40	1.92
1015686--1015889	96	2.1	96	84	3	259	20	19	19	40	1.92
1015686--1015907	48	4.6	48	79	3	198	19	20	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1015902--1016443	44	12.4	44	71	8	316	20	22	16	40	1.90
1015896--1016234	88	3.9	87	81	1	374	20	20	15	42	1.88
1015906--1016370	132	3.5	132	78	4	431	21	22	15	41	1.90
1015893--1016443	88	6.3	89	77	6	351	20	22	15	41	1.90
1015893--1016443	132	4.2	133	74	7	401	20	22	15	41	1.90
1016822--1016876	20	2.6	22	86	11	71	32	21	7	38	1.81
1018462--1018516	22	2.6	21	78	13	60	43	1	1	52	1.22
1019179--1019763	79	7.4	78	87	3	742	28	23	11	35	1.91
1019179--1020093	158	5.7	157	79	9	828	28	23	12	36	1.90
1019179--1020002	238	3.4	237	79	9	817	27	23	12	35	1.92
1019674--1019859	96	1.9	96	86	8	263	28	23	12	36	1.91
1019769--1020002	78	3.0	79	83	6	255	26	24	14	35	1.93
1021065--1021441	44	8.6	44	73	9	243	20	24	15	40	1.91
1021047--1021441	88	4.5	88	83	1	454	20	24	14	39	1.91
1021047--1021441	176	2.2	176	85	1	506	20	24	14	39	1.91
1021521--1021738	42	5.2	42	76	6	181	18	23	16	40	1.91
1022373--1022733	165	2.2	164	79	5	381	31	9	8	50	1.66
1028765--1030930	61	35.1	61	80	4	1872	26	24	18	31	1.97
1028766--1030930	491	4.4	486	82	4	2017	26	24	18	31	1.97
1032370--1032636	149	1.8	146	83	5	358	37	17	19	25	1.94
1032650--1033168	144	3.6	144	87	2	740	33	17	21	26	1.96
1032647--1033168	287	1.8	288	87	2	782	34	17	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034277--1034308	15	2.1	15	100	0	64	40	0	12	46	1.42
1036516--1036574	20	3.0	20	97	0	109	23	18	10	47	1.79
1038185--1038285	52	1.9	52	87	0	148	35	13	24	25	1.93
1038188--1038302	52	2.2	52	82	0	131	37	13	24	24	1.92
1038644--1038728	43	2.0	44	85	2	118	36	14	29	20	1.91
1038740--1039145	36	10.6	36	71	13	204	37	14	26	21	1.92
1038756--1038847	44	2.1	44	87	2	132	45	13	23	17	1.83
1038797--1039146	37	9.2	37	72	11	224	38	14	26	20	1.91
1038749--1039145	117	3.4	117	84	2	505	38	14	26	21	1.91
1038986--1039077	44	2.1	44	84	8	116	47	11	22	17	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7