genome.fa.s438.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold438
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1141244

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 809 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153364--153447	30	3.0	28	77	14	84	83	14	1	1	0.77
153365--153444	36	2.2	36	84	10	101	82	15	1	1	0.80
153379--153447	8	8.6	8	73	23	56	84	13	1	1	0.77
154450--154706	55	4.5	55	78	12	243	26	28	20	25	1.99
154478--154709	60	3.9	60	81	9	255	25	28	20	25	1.99
154350--154982	270	2.3	273	85	6	845	25	27	19	27	1.99
154505--154921	215	1.9	215	86	3	599	25	28	19	26	1.99
154754--155043	61	4.8	61	86	3	372	24	25	22	27	2.00
158226--158404	51	3.6	49	82	8	200	26	26	11	35	1.91
158290--158562	130	2.1	130	85	6	374	28	24	12	34	1.91
158430--158527	51	1.9	51	85	4	135	32	23	10	33	1.88
158521--158586	28	2.3	30	80	17	79	24	22	21	31	1.98
161732--161762	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
162162--165896	487	7.7	486	85	3	4912	30	10	20	39	1.86
165645--166146	250	2.0	250	89	2	776	28	10	21	40	1.86
167810--168138	58	5.7	57	87	5	362	31	33	16	18	1.93
167803--168127	89	3.7	88	86	6	428	30	33	16	19	1.93
167805--168138	147	2.3	143	90	4	526	31	33	16	18	1.93
167803--168138	31	11.6	28	79	12	340	31	33	16	18	1.93
168155--168434	49	5.8	49	76	6	277	25	26	18	30	1.98
168147--168443	98	3.1	96	84	6	370	24	26	17	30	1.97
169143--169199	13	3.9	13	74	24	51	36	12	15	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169125--169218	19	5.6	18	67	28	64	36	11	15	36	1.85
169123--169223	32	3.1	32	92	1	166	35	10	16	36	1.84
169294--169422	52	2.5	52	93	0	213	35	17	17	29	1.93
172509--172659	53	3.1	52	73	19	169	22	25	20	31	1.98
172492--172666	96	1.8	96	92	2	298	23	27	19	29	1.98
172494--172686	96	2.0	96	87	4	282	23	27	19	29	1.98
173235--173287	19	2.7	20	85	2	81	32	9	16	41	1.81
173330--173355	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
173343--173471	52	2.5	52	96	0	240	35	19	17	27	1.94
180584--199158	971	19.0	970	81	6	19366	29	10	19	39	1.85
194124--194344	113	2.0	113	92	0	370	33	7	19	39	1.80
194228--199158	486	10.1	486	85	2	6440	29	10	20	39	1.86
180584--194231	485	28.2	486	85	2	17688	30	10	19	39	1.85
199540--199565	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
202787--206817	486	8.3	486	85	2	5232	29	10	20	39	1.86
202787--206817	971	4.2	974	87	2	5568	29	10	20	39	1.86
206407--207232	415	2.0	415	86	4	1148	31	9	20	38	1.85
206822--212861	485	12.5	484	85	3	7786	29	10	20	39	1.86
206822--212861	971	6.2	972	86	3	8143	29	10	20	39	1.86
212766--212974	113	1.8	113	91	0	346	32	7	18	41	1.78
213357--213759	220	1.8	220	87	3	598	29	9	19	41	1.83
212863--214235	694	2.0	692	83	5	1759	29	9	20	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213541--228636	485	30.9	485	72	12	6585	29	10	20	39	1.86
213541--228602	962	15.4	968	71	13	7970	29	10	20	39	1.86
216948--217167	113	1.9	113	88	0	332	32	9	18	40	1.82
217072--218172	475	2.3	481	85	3	1477	30	9	20	38	1.85
221540--221935	198	2.0	198	86	2	553	28	11	21	38	1.88
221738--228602	485	14.2	485	84	3	8754	29	10	20	39	1.85
221738--228636	972	7.2	970	84	3	8783	29	10	20	39	1.85
229040--229065	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
229022--229085	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
233132--233162	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
235233--235270	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
236871--236913	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
237811--237836	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
237793--237856	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
238603--243962	486	11.1	485	84	3	6787	29	10	20	39	1.85
243702--244224	261	2.0	264	87	1	748	30	11	19	38	1.87
243965--247617	485	7.5	485	85	2	4785	30	10	20	38	1.86
247984--290472	486	87.5	486	84	3	49258	29	10	20	39	1.86
255862--255904	21	2.0	21	86	8	61	39	11	9	39	1.74
255982--256116	53	2.6	53	94	3	229	37	18	17	27	1.93
256124--290474	971	35.4	969	89	1	44063	29	10	20	39	1.86
274290--274331	15	2.9	15	79	13	52	23	2	28	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277767--277802	17	2.1	17	94	0	63	16	11	25	47	1.79
291395--291783	79	4.9	80	82	5	443	31	12	27	28	1.93
291426--291797	158	2.4	158	85	2	498	30	13	28	27	1.94
294279--294364	19	4.7	19	71	20	67	37	15	12	34	1.85
294272--294343	32	2.2	32	95	0	126	36	15	12	36	1.85
294298--294322	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
295168--295254	28	3.1	28	63	26	67	24	21	28	25	1.99
295194--295281	26	3.3	26	65	20	72	23	20	29	26	1.99
295147--296323	55	21.0	55	86	7	1446	23	20	28	27	1.99
295152--296317	171	6.9	166	90	4	1679	23	20	28	28	1.99
296180--296321	28	5.1	28	61	16	80	26	20	26	27	1.99
308216--311221	486	6.2	485	86	1	4058	30	10	20	39	1.86
308216--311221	971	3.1	969	88	1	4415	30	10	20	39	1.86
310413--312112	874	1.9	874	87	2	2450	29	10	20	39	1.86
311295--313277	486	4.1	484	75	10	1765	30	10	19	39	1.85
313337--316132	486	5.8	485	87	2	3812	29	10	20	39	1.86
313337--316990	970	3.8	969	86	3	4746	29	10	20	39	1.85
317050--321945	486	10.1	486	86	1	6515	29	10	20	39	1.86
317050--321945	969	5.0	968	87	2	6507	29	10	20	39	1.86
321046--322828	899	2.0	900	86	1	2502	30	9	19	39	1.85
321946--324299	485	4.9	486	85	1	3150	30	10	19	39	1.85
323491--325190	874	1.9	874	87	2	2441	29	10	20	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324373--326355	486	4.1	484	84	5	2472	30	10	19	39	1.85
326415--330178	486	7.8	485	87	2	5103	29	10	20	39	1.86
326415--331037	968	4.8	968	87	2	6051	29	10	20	39	1.86
330613--331476	439	2.0	439	86	1	1203	29	11	19	39	1.86
331052--334630	486	7.4	485	86	1	4807	30	10	20	38	1.86
331052--334630	969	3.7	969	88	1	5041	30	10	20	38	1.86
333731--335487	900	2.0	900	86	2	2465	30	10	19	39	1.85
334631--335865	486	2.5	483	85	3	1649	30	9	20	40	1.84
335525--336255	391	1.9	390	87	2	1083	28	9	20	40	1.84
335009--336742	878	2.0	876	85	3	2391	29	9	19	40	1.84
335878--342054	487	12.8	486	85	3	7861	30	10	19	39	1.85
335886--342054	973	6.4	972	86	3	7959	30	10	19	39	1.85
339043--342054	486	6.2	486	86	2	3899	30	10	19	39	1.85
341688--342444	390	1.9	391	88	2	1128	29	9	20	40	1.84
342067--349211	486	14.8	486	85	2	9177	30	10	20	39	1.85
342067--349211	973	7.4	970	85	2	9246	30	10	20	39	1.85
348403--350049	838	2.0	842	85	3	2289	29	10	19	40	1.85
349220--352432	957	3.4	947	84	6	3929	29	10	20	39	1.85
349219--352435	485	6.7	479	83	5	3568	29	10	20	39	1.85
352454--353927	487	3.0	485	85	3	1996	29	9	20	39	1.85
353578--354268	353	2.0	351	88	3	1039	31	9	20	38	1.85
353926--363851	487	20.5	486	86	2	13446	30	10	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
356462--404735	953	49.5	971	78	9	36388	29	10	20	39	1.86
363482--364240	390	1.9	390	87	1	1092	29	10	20	40	1.85
363870--367604	478	7.8	486	86	3	5088	30	10	20	39	1.86
367269--367993	390	1.9	382	89	4	1123	29	9	20	41	1.83
367622--399343	486	65.7	484	83	6	34128	29	10	20	39	1.86
367622--404735	486	76.5	484	80	8	31739	29	10	20	39	1.86
399148--399540	197	2.0	198	94	1	698	32	10	21	35	1.88
400906--404735	485	7.9	486	87	3	5218	30	10	19	39	1.85
399344--404735	970	5.6	970	85	4	7182	30	10	19	39	1.86
405964--406355	197	2.0	199	95	1	707	33	10	21	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7