genome.fa.s448.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold448
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1056520

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166846--167514	98	7.0	98	95	1	1059	30	17	26	25	1.97
167509--167578	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
167583--168119	34	15.8	33	83	10	572	34	12	33	20	1.90
167563--168119	105	5.4	102	83	9	633	33	12	33	20	1.90
167693--167746	27	2.0	27	92	0	90	25	14	37	22	1.93
167587--168215	34	18.8	31	77	13	325	33	13	32	20	1.91
168068--168371	93	3.3	94	85	7	390	27	16	30	24	1.97
168131--168368	31	7.7	31	91	4	374	26	17	30	25	1.97
169312--169336	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
169378--169419	16	2.6	16	84	0	57	0	7	9	83	0.81
169912--169936	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
176626--176746	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
176626--176766	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
176755--176779	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
176845--176869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
176823--176889	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
178604--178834	115	2.0	114	92	0	381	34	13	6	44	1.71
178961--179001	12	3.2	12	83	16	55	39	0	0	60	0.96
183468--183492	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183555--183579	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
183568--183713	52	2.8	52	85	7	208	32	19	18	30	1.96
187723--187923	52	3.9	52	94	1	332	29	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187892--187957	20	3.7	20	73	26	83	39	15	18	27	1.90
187912--187969	13	4.9	13	72	23	65	37	15	17	29	1.90
187891--187969	33	2.4	33	100	0	158	39	15	17	27	1.90
188033--188057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
188115--188156	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
188842--189207	167	2.1	170	91	3	594	37	14	24	23	1.92
189054--189265	52	4.2	52	76	12	208	33	16	25	24	1.96
189161--189250	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
189254--189604	30	12.1	30	84	7	386	23	17	28	30	1.97
189255--189604	116	3.0	112	82	7	385	23	17	28	30	1.97
189254--189604	57	6.1	58	82	8	378	23	17	28	30	1.97
189257--189606	87	4.0	86	88	3	472	23	17	28	30	1.97
191041--191152	1	112.0	1	76	0	80	1	3	8	85	0.78
191041--191150	17	6.9	15	79	13	114	1	3	9	85	0.79
191041--191150	30	3.4	32	80	18	122	1	3	9	85	0.79
191039--191152	45	2.6	45	80	9	126	1	5	8	84	0.84
191041--191151	16	6.9	16	75	11	102	1	3	9	85	0.78
200845--200871	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
211066--211090	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
211078--211130	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
217396--217434	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
219883--219907	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219895--219947	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
221851--221963	51	2.2	52	90	1	174	42	15	12	29	1.84
223359--223389	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
223337--223405	33	2.1	33	86	5	95	37	20	10	31	1.86
223433--223486	19	2.8	20	82	2	65	38	18	11	31	1.86
226010--226048	20	1.9	21	94	5	71	30	20	12	35	1.90
231488--232712	624	2.0	624	93	0	2103	33	18	14	33	1.91
232772--232821	19	2.6	19	90	3	73	40	18	12	30	1.86
232772--232840	20	3.5	20	84	7	79	39	17	14	28	1.89
240304--240332	13	2.1	14	93	6	51	20	6	17	55	1.65
240525--240549	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
242494--242562	20	3.8	20	69	25	71	28	14	13	43	1.83
242511--242586	13	6.3	13	76	17	83	32	15	11	39	1.84
242494--242571	33	2.4	33	97	0	147	32	15	11	41	1.83
242573--242644	29	2.5	29	97	0	135	26	18	19	36	1.94
245100--245171	28	2.6	28	82	8	76	22	29	19	29	1.98
244997--245341	108	3.2	106	84	4	413	24	24	15	35	1.94
245236--245562	79	4.2	79	85	0	440	28	23	14	33	1.94
258902--259006	39	2.7	39	95	1	183	27	35	12	24	1.91
258986--259287	55	5.4	54	83	7	327	29	28	20	21	1.98
259006--259292	110	2.5	113	85	6	384	27	28	19	23	1.99
259301--259579	61	4.6	62	82	6	297	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260232--260366	49	2.7	50	91	4	211	26	17	16	40	1.90
262695--263072	110	3.5	108	83	6	442	25	23	13	37	1.92
262934--263272	79	4.3	78	85	5	432	28	23	13	34	1.93
262934--263272	158	2.1	158	87	3	486	28	23	13	34	1.93
266152--266195	17	2.5	18	88	3	63	81	2	15	0	0.78
276091--276195	52	2.0	51	82	8	124	30	24	13	31	1.93
276920--276955	10	3.5	10	92	3	54	27	8	0	63	1.23
290345--290409	28	2.3	29	79	12	73	38	26	6	29	1.80
290477--290581	33	3.3	31	76	6	95	24	27	16	31	1.96
290617--290688	32	2.3	31	82	4	81	34	34	15	15	1.89
290710--291019	32	9.8	31	88	4	399	30	31	18	19	1.96
290710--291019	157	2.0	157	85	5	414	30	31	18	19	1.96
291101--291871	52	14.5	52	71	9	430	24	23	15	36	1.94
291159--291400	111	2.2	111	93	0	421	24	23	16	35	1.94
291308--291880	156	3.7	156	80	4	474	24	23	16	36	1.94
293173--293235	33	1.9	33	90	0	99	39	23	7	28	1.83
293265--293310	20	2.3	20	88	3	67	34	17	15	32	1.91
298322--298375	24	2.3	23	84	9	65	31	3	5	59	1.38
298351--298720	81	4.6	80	80	7	312	30	22	11	36	1.89
298400--298690	161	1.8	160	81	3	370	30	21	10	36	1.88
298706--298931	79	2.9	79	88	2	339	26	25	14	34	1.94
298573--298823	133	1.9	134	88	4	382	29	23	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305573--305637	29	2.2	29	84	15	82	36	7	1	53	1.39
305717--305758	20	2.2	19	83	12	50	33	7	2	57	1.39
307754--307791	17	2.1	18	85	9	51	36	13	18	31	1.89
307754--307817	32	2.0	33	87	3	94	42	14	15	28	1.86
311813--311843	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
313857--313933	20	3.6	20	74	16	73	27	15	14	42	1.85
314056--314098	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
316395--316449	20	2.7	21	85	2	76	38	12	18	30	1.88
316479--316542	19	3.7	17	74	25	55	43	14	14	28	1.83
316479--316540	32	1.9	33	90	3	99	43	12	14	29	1.83
317632--318037	130	3.1	130	79	6	356	38	10	21	29	1.87
317863--317965	53	2.0	53	86	1	145	40	10	17	31	1.84
317939--317992	25	2.1	24	80	16	56	35	16	25	22	1.95
317776--318041	131	2.0	132	85	6	362	39	11	18	30	1.87
317907--318083	78	2.2	79	82	4	196	40	12	19	28	1.87
317894--318262	80	4.6	80	74	11	247	35	11	23	29	1.90
320505--320574	32	2.2	32	87	2	106	37	15	20	27	1.93
324701--324790	13	6.0	13	69	26	54	32	15	15	36	1.89
324715--324809	19	5.7	18	68	27	75	33	16	13	35	1.88
324702--324809	32	3.4	32	92	0	180	33	16	14	35	1.90
325901--326369	92	4.9	92	84	6	553	31	17	26	24	1.97
325933--326317	141	2.7	138	82	6	472	31	16	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325490--326363	49	17.8	49	83	5	876	32	16	26	24	1.96
326360--327156	34	25.8	33	77	13	415	32	14	31	21	1.93
326459--326735	62	4.5	62	79	8	271	32	15	29	22	1.95
326458--326735	30	9.0	31	80	8	282	32	15	29	22	1.95
326709--327088	27	13.0	27	70	19	207	30	14	32	22	1.94
326829--327130	89	3.4	89	92	0	505	31	13	32	22	1.93
326709--327130	178	2.4	173	85	9	534	31	14	32	21	1.93
328136--328165	15	2.0	15	93	0	51	0	30	0	70	0.88
335219--335273	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
335297--335359	32	2.0	32	93	0	108	36	15	9	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7