genome.fa.s448.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold448
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1056520

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807460--808985	28	51.6	28	84	8	779	22	17	32	27	1.96
810205--810266	11	5.5	11	76	14	54	1	4	9	83	0.85
810223--810266	12	3.6	12	84	6	61	0	2	11	86	0.66
810224--810266	17	2.6	17	85	10	54	0	2	11	86	0.67
823243--823317	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
823240--823317	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
830850--830892	19	2.3	19	84	11	54	83	6	9	0	0.80
831738--831781	19	2.4	19	84	3	54	84	6	9	0	0.79
832790--833314	176	3.0	174	88	5	747	25	28	20	25	1.99
832769--833314	61	9.3	59	86	6	664	25	28	20	25	1.99
834020--834119	42	2.4	43	86	5	150	35	12	17	36	1.86
834022--834100	21	3.8	21	98	0	149	32	10	18	37	1.85
834155--834222	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
834157--834219	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
834176--834200	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
836654--837043	52	7.4	50	72	17	166	31	25	12	31	1.92
836763--836837	27	2.7	28	89	2	107	24	34	20	21	1.96
836860--837044	52	3.5	51	82	9	196	30	24	10	33	1.90
837027--837101	28	2.7	28	85	4	89	24	34	18	22	1.96
836652--837151	264	1.9	263	89	3	781	29	26	13	30	1.93
841425--841475	23	2.2	22	83	10	66	27	3	17	50	1.63
841433--841496	23	2.8	23	86	6	78	28	3	20	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842075--842116	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
842142--842191	16	3.2	16	72	16	50	54	0	0	46	1.00
842384--842411	6	4.7	6	100	0	56	0	50	32	17	1.47
842763--842803	19	2.2	19	86	8	57	51	0	4	43	1.23
844097--844131	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
844374--844423	26	1.9	26	84	8	66	10	6	4	80	1.02
850013--850089	2	39.0	2	76	12	61	44	3	5	46	1.44
850922--850959	17	2.4	16	84	16	53	76	0	2	21	0.91
850919--850957	20	2.0	20	89	0	60	76	0	2	20	0.90
853106--853150	20	2.2	20	84	7	56	15	13	4	66	1.39
853358--853801	166	2.7	164	85	2	586	29	10	6	53	1.59
852707--853801	329	3.4	321	82	8	1250	29	11	6	52	1.62
855226--855663	171	2.6	169	80	7	505	35	12	12	39	1.80
855916--856298	156	2.5	155	81	4	414	23	15	20	40	1.90
857942--857983	21	2.0	22	85	4	59	38	4	2	54	1.34
861624--861681	13	4.0	13	74	23	53	32	15	15	36	1.89
861638--861700	19	3.7	18	76	24	73	34	17	12	34	1.88
861625--861702	32	2.4	32	95	0	138	33	16	14	35	1.89
861884--861912	15	1.9	15	100	0	58	48	13	13	24	1.79
861988--862056	20	3.5	20	93	0	120	36	13	10	40	1.78
865626--865758	49	2.7	48	81	6	160	27	9	13	50	1.71
867574--867616	17	2.5	17	82	14	61	55	4	0	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872922--872978	30	1.9	30	88	0	87	21	45	19	14	1.85
874544--874582	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
875129--875158	12	2.6	12	94	5	53	60	6	6	26	1.47
875309--875355	16	2.9	16	78	12	51	44	0	0	55	0.99
875725--875771	25	2.0	24	84	12	62	63	0	0	36	0.94
876761--876791	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
879566--879598	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
880853--880904	21	2.5	21	81	12	70	63	3	1	30	1.23
881492--881549	29	2.0	29	82	0	71	34	1	1	62	1.16
884117--884144	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
886692--886759	32	2.1	32	86	0	91	27	44	2	25	1.68
892871--892937	28	2.4	28	87	0	89	25	19	31	23	1.98
892781--892990	107	2.0	107	84	7	275	30	13	28	27	1.94
893208--893308	52	1.9	52	89	2	157	33	9	25	30	1.89
892925--893307	51	7.4	51	70	12	260	32	11	26	30	1.91
896425--896524	42	2.4	42	85	8	125	44	10	28	18	1.81
896614--896926	55	5.4	60	80	9	295	25	21	26	26	1.99
896678--896899	122	1.9	116	85	9	304	26	19	27	27	1.99
899051--899076	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
899136--899208	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
899115--899208	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
899115--899190	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901731--901769	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
901755--901833	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
903848--903878	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
907943--907968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
908028--908100	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
908007--908100	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
908007--908082	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
912792--913368	190	3.0	189	82	3	694	31	23	14	30	1.95
915487--915698	99	2.2	97	81	6	232	30	17	9	42	1.81
917632--917777	79	1.8	79	82	2	186	29	11	14	44	1.80
922665--922766	47	2.2	47	94	0	177	37	15	16	30	1.90
922747--922831	20	3.7	20	71	28	71	43	10	16	29	1.81
924881--927551	296	9.0	296	94	1	4602	25	22	11	41	1.86
924881--927551	591	4.5	592	94	0	4657	25	22	11	41	1.86
924881--927525	887	3.0	887	96	0	4817	25	22	11	41	1.86
932926--932991	21	3.2	21	77	10	64	39	1	21	37	1.63
936966--937009	18	2.5	17	78	7	52	43	6	0	50	1.29
947033--947063	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
948002--948099	31	3.2	31	89	2	144	27	17	35	19	1.94
948767--948811	19	2.3	20	84	3	56	22	2	0	75	0.91
949317--950191	42	20.6	42	72	11	368	35	17	28	18	1.94
949317--950107	84	9.3	83	77	8	431	35	18	28	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949342--950101	126	5.9	125	70	10	437	35	18	28	17	1.94
949290--950064	168	4.6	169	76	8	543	35	18	28	18	1.94
949823--950204	212	1.8	211	84	2	534	34	18	27	19	1.95
949917--950191	128	2.2	126	87	2	381	34	19	28	17	1.94
949949--950204	85	3.0	85	77	5	225	33	18	28	18	1.95
955494--955559	33	2.0	33	82	5	80	40	13	16	28	1.87
962225--962269	22	2.0	23	82	4	56	44	2	20	33	1.63
966666--966709	16	3.0	15	84	12	56	20	0	2	77	0.88
967617--967679	24	2.6	25	84	2	83	9	25	30	34	1.88
967652--967693	21	2.0	21	85	0	57	11	23	30	33	1.91
968322--968387	31	2.1	31	88	0	96	19	24	18	37	1.93
968436--968493	9	6.3	9	73	11	55	20	0	0	79	0.74
968434--968481	13	3.6	13	80	5	51	20	0	0	79	0.74
968442--968505	30	2.2	30	83	8	78	23	3	0	73	0.97
977028--977143	34	3.4	34	98	0	223	32	12	17	37	1.86
977028--977142	13	10.1	12	70	29	92	33	12	17	37	1.87
977158--977226	32	2.1	33	91	2	113	36	15	11	36	1.84
977182--977206	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
978068--978763	43	14.7	52	78	11	309	31	18	25	25	1.97
978120--978768	92	7.0	92	88	3	919	30	17	26	25	1.97
978054--978768	185	3.8	184	87	4	957	31	17	25	25	1.97
978120--978768	277	2.3	277	93	1	1093	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978756--978960	96	2.1	96	88	3	306	17	17	36	29	1.92
978756--978960	32	6.5	31	87	5	277	17	17	36	29	1.92
978945--979248	100	3.0	100	82	5	384	32	12	34	20	1.90
978961--979285	34	9.7	34	81	9	321	32	12	33	20	1.91
978945--979291	134	2.6	130	82	8	405	32	12	33	21	1.91
978961--979285	100	3.2	100	80	6	356	32	12	33	20	1.91
980986--981011	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
983559--983584	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
985663--985693	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
987497--987541	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7