genome.fa.s448.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold448
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1056520

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  5  of  7  ( 763 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681940--681977	20	1.9	20	89	10	60	34	0	0	65	0.93
682898--682975	23	3.6	22	77	10	63	52	2	1	43	1.23
682900--682974	20	3.8	19	79	8	71	52	2	1	44	1.23
683002--683066	35	1.9	32	84	9	85	46	4	0	49	1.22
683318--683353	7	5.1	7	100	0	72	41	0	0	58	0.98
684190--684222	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
684360--684405	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
685002--685033	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
688932--688971	16	2.5	16	92	8	64	82	0	17	0	0.67
690788--690839	28	1.9	27	92	7	88	26	21	32	19	1.97
690670--690850	79	2.3	80	87	5	251	33	13	25	27	1.94
693214--693239	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
693226--693267	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
693279--693356	32	2.4	32	89	0	120	32	16	15	35	1.90
693449--693494	10	4.7	10	79	10	51	19	0	0	80	0.71
693461--693491	16	1.9	16	93	0	53	19	0	0	80	0.71
694941--695112	55	3.0	55	84	11	220	26	21	26	25	1.99
694945--695148	62	3.4	61	87	6	280	27	21	26	25	1.99
696099--696199	1	101.0	1	80	0	112	0	0	8	90	0.51
696099--696199	11	9.3	11	90	7	154	0	0	8	90	0.51
696099--696200	10	10.0	10	88	7	136	0	0	9	89	0.54
696099--696200	21	4.9	20	88	5	141	0	0	9	89	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702569--702593	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
702657--702681	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
702690--702818	52	2.5	52	93	0	213	34	17	17	30	1.93
712223--712403	79	2.3	80	83	5	233	35	13	23	27	1.92
714774--714815	21	2.0	21	95	0	75	30	19	7	42	1.78
714832--714904	32	2.3	32	90	0	119	35	17	12	34	1.88
715011--715070	15	3.9	15	89	6	84	11	1	0	86	0.64
715013--715070	21	2.7	22	89	10	84	12	1	0	86	0.65
715013--715061	6	8.8	6	82	17	70	14	0	0	85	0.59
719323--719359	19	1.9	19	94	0	65	40	13	16	29	1.86
720395--720448	26	2.1	26	96	0	99	38	7	16	37	1.77
720980--721066	26	3.3	26	77	7	77	31	10	6	51	1.62
722804--722841	20	1.9	20	94	0	67	23	23	15	36	1.94
722810--722853	20	2.2	20	87	0	61	27	20	11	40	1.86
723460--723532	20	3.7	19	85	3	83	28	16	15	39	1.89
723561--723610	20	2.5	20	87	6	66	38	10	18	34	1.84
727437--727510	28	2.6	29	85	8	91	24	18	32	24	1.97
727494--727609	51	2.3	51	83	3	135	30	12	25	31	1.93
727545--727720	80	2.2	80	84	7	241	31	16	26	26	1.96
727220--727848	237	2.6	237	81	6	668	33	13	26	27	1.94
727727--727965	51	4.6	51	84	2	309	31	10	27	30	1.90
727727--727965	102	2.3	104	86	2	340	31	10	27	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730289--730327	20	2.0	20	94	0	69	43	10	17	28	1.82
730319--730357	21	2.0	21	90	10	64	41	17	10	30	1.83
730389--730436	19	2.5	19	100	0	96	37	20	10	31	1.87
730495--730533	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
731453--731503	19	2.6	19	78	6	57	41	13	15	29	1.86
731812--731855	18	2.4	18	100	0	88	20	29	34	15	1.94
731812--731856	9	5.0	9	80	0	54	22	28	33	15	1.95
742530--742581	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
742538--742600	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
742530--742600	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
742659--742697	21	1.9	20	89	5	60	35	12	17	33	1.88
742853--742893	11	3.5	11	81	18	55	34	2	43	19	1.64
742855--742892	14	3.0	13	88	11	53	36	2	44	15	1.61
749108--749238	17	7.9	16	80	15	99	81	10	5	2	0.93
749110--749158	14	3.5	14	100	0	98	81	6	12	0	0.86
749107--749239	11	12.8	10	71	21	78	81	11	5	2	0.95
749124--749239	20	5.8	18	75	15	88	81	11	4	2	0.92
749154--749239	36	2.4	39	73	9	58	82	12	1	3	0.85
750672--750761	29	3.1	30	75	12	89	27	25	17	28	1.98
750788--751098	49	6.4	49	74	11	246	23	26	17	32	1.96
750834--750977	43	3.2	42	77	12	153	25	23	17	34	1.96
750782--750977	92	2.1	92	92	1	322	24	24	17	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751701--751739	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
751880--751940	13	5.0	13	71	28	62	27	16	14	40	1.88
751860--751940	33	2.4	34	87	8	112	29	16	13	40	1.86
751880--751942	15	4.0	15	78	21	67	26	17	14	41	1.88
760776--760825	20	2.5	20	87	6	66	36	16	20	28	1.93
762280--762364	43	2.0	44	95	2	154	47	4	2	45	1.36
763110--763152	22	1.9	23	90	4	70	51	2	6	39	1.42
763495--763533	18	2.1	18	85	4	51	33	0	10	56	1.33
763525--763576	21	2.7	17	74	25	50	50	0	1	48	1.12
763626--763668	23	1.9	23	86	13	63	37	0	0	62	0.95
763673--763747	35	2.2	34	81	9	82	62	1	0	36	1.04
763699--763755	27	2.1	27	83	6	71	68	1	0	29	1.00
764194--764270	40	1.9	40	82	10	95	48	3	0	48	1.20
764237--764297	27	2.4	25	81	8	70	54	0	0	45	1.00
766711--766760	15	3.5	14	79	12	57	72	0	2	26	0.96
766708--766761	9	5.7	9	83	12	63	72	0	1	25	0.95
767647--767718	7	10.0	7	85	5	81	2	20	0	76	0.91
767662--767718	21	2.7	21	91	0	96	0	21	0	78	0.74
770127--770169	22	2.0	22	95	0	77	39	9	6	44	1.64
770867--770916	23	2.2	23	88	0	73	46	16	16	22	1.84
772652--772707	20	2.8	20	83	2	69	42	12	12	32	1.80
778412--778462	25	2.0	25	100	0	102	29	3	31	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778755--778811	21	2.8	21	78	2	62	38	14	7	40	1.73
778798--778822	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
778868--778934	33	2.0	33	88	0	98	37	11	14	35	1.84
780958--780999	19	2.1	21	82	8	52	2	19	0	78	0.86
781761--781786	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
781741--781804	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
786392--786423	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
789914--789939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
789894--789957	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
791435--791488	19	2.8	19	91	8	92	35	11	16	37	1.84
791528--791553	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
791508--791574	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
794005--794079	27	2.7	27	89	6	107	24	33	20	22	1.97
794065--794286	52	4.3	51	78	10	182	31	25	10	32	1.89
794063--794286	105	2.1	103	81	5	245	30	25	11	32	1.91
794269--794345	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
793894--794393	264	1.9	263	88	3	763	29	26	13	30	1.93
799286--799340	21	2.6	21	94	0	92	30	12	20	36	1.90
799281--799359	21	3.8	20	77	8	77	35	15	16	32	1.90
799395--799462	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
799416--799440	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
799397--799459	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799502--799527	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
799482--799548	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
801828--801949	52	2.3	52	83	2	156	30	26	11	31	1.91
801932--802005	28	2.7	28	85	10	91	24	32	17	25	1.97
801960--802193	77	3.0	77	77	7	238	26	26	14	32	1.94
806769--806843	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
806766--806843	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
807232--807340	45	2.3	48	82	6	134	31	20	29	19	1.97
807371--808355	32	31.8	32	84	6	1087	20	18	31	30	1.96
807460--808355	282	3.2	281	91	4	1380	19	18	32	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7