genome.fa.s45.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold45
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1408018

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625--665	20	2.0	20	100	0	82	36	24	9	29	1.87
953--1266	167	1.9	166	84	7	422	50	7	10	30	1.66
1563--1797	72	3.3	72	80	6	232	35	15	22	26	1.94
2630--2654	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
2979--3139	80	2.0	80	100	0	322	27	21	13	37	1.91
9865--10003	51	2.7	51	81	1	161	42	12	15	30	1.83
10059--10112	20	2.7	20	85	8	74	31	20	11	37	1.88
19001--19072	28	2.6	28	82	4	83	25	16	31	26	1.96
24362--24394	15	2.2	15	89	10	50	48	12	12	27	1.76
29885--30069	31	6.1	30	80	8	187	24	29	15	29	1.96
29890--30039	30	4.9	30	80	8	169	25	30	16	28	1.97
29890--30068	61	3.0	60	84	8	204	25	30	16	27	1.96
30033--30146	37	3.2	37	82	8	146	19	32	10	37	1.86
30048--30365	34	9.6	33	76	9	231	20	32	11	34	1.89
30423--31177	49	15.9	49	77	11	628	24	25	18	31	1.97
30636--30874	39	5.7	39	72	18	192	25	25	21	28	1.99
30582--30921	87	3.9	87	90	0	509	25	24	20	30	1.99
30849--31177	101	3.3	101	88	0	471	23	26	17	31	1.97
34797--34829	15	2.2	15	89	10	50	48	12	12	27	1.76
35221--35330	51	2.2	51	86	6	152	40	13	16	30	1.87
35367--35440	20	3.6	20	85	3	85	31	17	12	39	1.86
38909--39518	307	2.0	307	94	0	1069	26	20	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41480--41504	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
42230--42282	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
42214--42282	33	2.1	33	91	5	113	30	13	18	37	1.89
51071--51199	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
51208--51232	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51270--51338	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
51294--51318	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
52021--52060	13	3.1	13	88	0	62	32	12	12	42	1.80
52188--52227	21	2.0	21	90	5	64	32	20	0	47	1.50
53703--53927	51	4.4	52	85	2	303	32	11	24	32	1.90
53701--53927	103	2.2	103	88	1	330	31	11	25	31	1.90
56291--56316	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
56344--56390	13	3.1	16	80	20	64	31	19	12	36	1.89
56340--56407	30	2.2	31	89	5	102	32	17	13	36	1.89
57127--57309	43	4.2	43	77	10	176	43	13	25	18	1.85
57207--57306	42	2.4	42	83	5	121	40	16	24	20	1.91
57348--57603	55	4.6	55	82	9	311	22	20	30	26	1.98
57292--57578	55	4.9	61	79	12	305	23	20	29	26	1.99
57292--57578	116	2.5	116	90	1	441	23	20	29	26	1.99
57471--57753	155	1.9	148	84	8	381	24	20	28	26	1.99
57611--57811	55	3.6	54	80	9	217	24	20	29	25	1.99
57402--58002	210	2.8	208	87	5	825	25	19	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57828--58155	60	5.4	60	83	2	431	25	18	29	26	1.98
57827--58155	122	2.7	122	92	0	543	25	19	29	26	1.98
64258--64429	79	2.2	79	87	7	251	31	13	26	27	1.94
64365--64480	51	2.3	51	90	3	180	26	12	29	31	1.92
64421--64639	79	2.8	79	84	0	276	31	13	25	29	1.94
64286--64559	130	2.1	130	84	4	347	32	12	26	28	1.93
64257--64695	209	2.1	210	84	3	564	33	12	25	28	1.93
64574--64690	51	2.3	52	79	10	132	33	13	21	31	1.92
65427--65477	20	2.6	20	78	3	59	29	13	17	39	1.88
65511--65594	20	4.6	20	76	19	83	32	15	14	38	1.87
65548--65606	13	5.1	12	75	21	63	33	16	15	33	1.91
65531--65606	33	2.3	33	100	0	152	32	15	15	35	1.90
68061--68099	13	3.0	13	84	0	60	33	12	20	33	1.91
72574--72604	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
74207--74231	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
74184--74251	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
74284--74334	20	2.5	20	90	0	75	31	15	13	39	1.87
74322--74346	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
77012--77037	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
77024--77065	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
77086--77150	17	4.0	16	76	23	73	35	16	12	35	1.87
77082--77152	32	2.3	31	92	4	117	33	16	12	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77082--77131	13	3.5	13	78	19	55	32	18	14	36	1.90
78287--78312	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
78293--78352	20	3.0	20	80	4	77	33	11	16	38	1.85
78701--78756	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
78815--78840	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78797--78860	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
85129--85174	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
87552--87577	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
87534--87597	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
90832--91086	79	3.2	79	89	0	357	27	28	15	29	1.96
90832--91116	79	3.6	79	87	2	340	27	27	14	30	1.95
100971--100996	13	2.0	13	100	0	52	30	38	23	7	1.83
103366--103438	1	73.0	1	73	0	56	86	10	2	0	0.68
103367--103431	14	4.8	14	75	17	66	86	12	1	0	0.65
103366--103438	8	8.8	8	80	12	76	86	10	2	0	0.68
103366--103439	28	2.8	26	75	18	80	85	10	4	0	0.73
104441--104531	29	3.2	29	67	14	91	26	31	19	21	1.98
104557--104638	27	3.0	27	64	3	74	28	24	21	25	1.99
104407--104781	55	6.5	59	90	6	483	26	28	20	25	1.99
105725--105819	19	5.7	18	72	27	93	33	12	17	35	1.88
105744--105800	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
105723--105827	32	3.3	32	98	0	201	34	12	18	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105872--105938	13	5.2	13	100	0	134	29	14	16	38	1.89
108355--108426	27	2.6	29	80	14	89	25	36	19	19	1.95
108384--108585	79	2.6	79	88	0	305	25	30	15	28	1.96
108379--108614	79	3.0	79	84	4	298	27	28	13	30	1.95
109747--109875	40	3.3	39	79	8	145	45	13	20	20	1.84
109775--109875	39	2.5	39	84	6	114	45	13	21	18	1.84
109929--110020	40	2.3	40	76	0	103	47	14	18	19	1.82
109778--110054	145	1.9	143	80	6	317	45	13	22	18	1.84
110857--111177	165	1.9	167	88	2	486	31	13	9	46	1.73
111815--111873	8	6.7	9	77	15	61	74	1	23	0	0.91
112877--112910	16	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
114085--114110	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116323--116367	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
118126--118151	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120463--120565	39	2.6	40	81	6	129	42	10	22	24	1.85
120617--120695	40	2.0	40	87	0	113	44	12	22	20	1.85
120775--120860	40	2.2	40	89	0	127	47	12	18	20	1.81
120583--121118	145	3.7	145	79	3	472	44	14	21	19	1.87
120893--120981	40	2.2	40	80	4	99	38	13	29	19	1.89
120916--120992	40	1.9	40	83	0	100	40	12	28	18	1.87
121053--121165	40	2.8	40	83	2	147	48	12	17	21	1.80
121311--121412	40	2.5	40	78	9	100	50	9	16	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121472--121620	40	3.7	40	72	7	115	44	12	22	19	1.84
121346--121761	185	2.2	185	77	6	430	45	12	21	20	1.84
121565--121913	145	2.4	144	83	3	407	43	13	22	20	1.87
121802--121938	40	3.4	40	76	4	114	43	14	21	20	1.88
122026--122165	40	3.5	40	76	5	122	45	14	21	19	1.85
121736--122137	212	1.9	211	79	9	460	43	13	21	21	1.87
122502--122588	40	2.2	41	79	8	99	45	12	19	21	1.83
122396--122731	144	2.3	144	80	5	360	43	13	22	19	1.86
122661--122786	39	3.2	39	86	5	173	43	11	24	19	1.85
122661--122808	40	3.7	39	86	7	183	45	12	22	19	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8