genome.fa.s45.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold45
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1408018

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645760--645851	28	3.3	29	78	6	100	60	11	16	10	1.58
646944--649712	159	17.5	157	71	8	1149	30	18	12	38	1.87
646943--649256	316	7.3	311	72	11	925	30	18	12	38	1.87
648236--649840	157	10.2	158	72	10	502	31	18	12	37	1.88
651117--651392	149	1.8	149	80	9	330	38	12	18	30	1.88
654077--657174	773	4.0	765	77	7	2467	37	14	17	30	1.89
662068--662123	12	4.7	12	78	8	60	42	0	44	12	1.42
662065--662133	24	2.9	24	86	0	93	46	0	40	13	1.43
667198--667617	157	2.7	155	75	11	398	35	15	18	30	1.91
668992--669447	156	2.9	157	73	8	399	37	13	18	30	1.89
669024--669441	158	2.7	154	76	6	412	37	14	18	29	1.90
668628--672369	781	4.8	769	75	9	2451	36	13	18	30	1.90
674017--674077	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
673987--674105	42	2.8	42	90	0	175	42	0	45	10	1.45
673997--674072	12	6.9	11	78	15	70	40	0	46	13	1.43
674041--674086	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
679086--679204	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
679119--679194	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
679114--679174	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
685534--685653	39	3.1	39	100	0	240	33	15	13	38	1.86
685754--691281	158	35.4	156	67	12	965	36	14	18	30	1.90
685613--689795	780	5.4	779	77	6	3736	36	14	17	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689176--690249	478	2.3	470	80	4	1147	37	13	18	29	1.90
690687--691268	310	1.9	314	79	7	664	34	14	18	32	1.91
692720--696052	158	21.2	159	68	12	1086	29	18	14	36	1.91
704058--704176	42	2.8	42	89	0	175	8	44	3	43	1.51
704091--704166	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
704082--704167	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
704074--704143	18	3.6	18	68	20	50	10	42	2	44	1.52
707716--707834	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
707749--707824	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
707740--707825	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
707732--707801	18	3.6	18	68	20	50	10	42	2	44	1.52
718103--718178	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
718102--718187	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
718093--718211	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
725053--725119	12	5.9	11	75	15	57	13	46	1	38	1.52
725048--725120	33	2.2	33	90	0	110	13	43	1	41	1.53
730297--730883	159	3.8	156	75	8	487	36	13	18	31	1.90
737103--737221	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
737136--737211	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
737131--737191	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
742455--742573	42	2.8	42	90	0	184	9	46	2	42	1.49
744215--744253	15	2.6	15	83	0	51	0	15	2	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746572--749597	159	19.3	158	68	13	827	37	14	18	30	1.90
745309--749715	784	5.7	784	80	6	4200	36	14	18	30	1.90
748868--749161	154	1.9	152	80	6	335	38	16	17	27	1.91
751999--752059	9	7.1	9	72	10	56	44	0	42	13	1.43
751969--752087	42	2.8	42	89	0	175	44	0	43	10	1.45
751978--752054	12	6.9	12	75	19	53	42	0	44	12	1.43
751978--752063	24	3.8	24	70	17	76	44	0	41	13	1.44
754672--754790	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
754705--754780	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
754700--754760	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
772716--772821	42	2.6	40	89	5	167	9	46	2	41	1.51
772703--772832	42	3.1	41	86	4	165	9	43	2	44	1.48
776415--776446	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
776433--776467	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
778162--778268	53	2.0	53	90	0	169	29	20	16	32	1.95
783320--783428	42	2.6	43	88	2	159	37	4	47	10	1.58
787811--787842	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
787829--787863	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
789559--789665	53	2.0	53	90	0	169	29	20	16	32	1.95
794749--794834	24	3.8	24	69	17	76	40	2	45	11	1.53
794749--794858	42	2.6	42	92	0	184	40	2	47	10	1.51
795728--795765	19	2.1	18	85	9	51	34	21	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803074--803678	312	1.9	312	80	6	686	37	15	17	29	1.91
803898--804298	157	2.5	158	77	5	377	37	13	18	30	1.90
803734--804587	315	2.7	310	78	8	736	36	14	17	31	1.89
803839--805292	794	1.8	793	81	5	1808	37	14	17	30	1.90
809812--809857	19	2.2	22	85	11	62	15	21	4	58	1.54
811627--811687	28	2.2	27	82	11	70	60	6	18	14	1.55
826715--826792	34	2.4	33	81	14	90	17	24	12	44	1.84
826798--827100	42	7.3	42	83	5	316	20	25	14	39	1.90
826822--827098	84	3.3	84	83	4	353	20	25	12	41	1.88
826813--827100	127	2.3	127	84	4	386	19	25	13	41	1.88
827262--827468	31	6.7	31	76	8	120	30	30	21	17	1.96
827261--827748	93	5.3	92	69	10	309	29	29	22	18	1.97
827534--827748	31	6.9	31	85	5	263	29	30	22	17	1.97
827174--828101	274	3.4	270	83	5	1038	29	26	23	20	1.99
827658--828006	149	2.3	149	88	0	509	30	28	22	18	1.97
827808--827902	31	3.1	31	84	4	120	30	32	23	13	1.93
827839--828107	118	2.3	117	87	0	394	30	24	24	20	1.99
827988--828159	86	2.0	87	86	3	240	30	20	25	23	1.99
828725--828800	20	3.7	20	70	13	64	34	13	9	43	1.75
828817--828871	20	2.8	20	100	0	110	32	18	10	38	1.85
835121--835191	18	3.6	18	72	20	61	43	2	42	11	1.55
835101--835206	42	2.5	42	90	0	176	40	2	46	10	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843554--843632	35	2.4	34	83	8	99	17	26	13	41	1.87
843653--843898	42	5.8	42	82	4	271	20	25	13	41	1.88
843653--843896	85	2.9	84	82	4	285	20	25	12	41	1.87
843659--843898	127	1.9	127	85	3	331	20	25	13	40	1.89
843927--844088	87	1.9	87	90	0	261	28	22	24	24	1.99
844062--844296	31	7.6	31	80	5	172	30	31	20	17	1.96
844062--844290	62	3.7	62	80	4	221	31	32	19	17	1.95
844085--844304	93	2.4	93	79	3	239	31	32	18	17	1.94
844364--844609	31	7.9	31	81	4	253	29	29	23	17	1.97
844364--844609	94	2.6	93	82	5	266	29	29	23	17	1.97
843974--844727	303	2.5	305	88	1	1095	29	27	22	20	1.99
844412--844609	94	2.1	93	86	4	274	28	28	24	18	1.98
844093--844595	272	1.9	269	80	7	597	30	29	21	18	1.97
844581--844813	118	2.0	118	93	0	394	27	22	25	24	2.00
844700--844872	87	2.0	87	91	0	283	28	20	25	25	1.99
845345--845400	21	2.8	21	75	5	62	39	14	12	33	1.83
852093--852126	17	2.0	17	94	0	59	14	17	38	29	1.90
860307--860408	53	1.9	54	97	2	197	20	26	7	45	1.78
862102--862214	60	1.9	60	92	0	190	30	20	22	26	1.98
863122--863203	28	2.9	29	82	7	98	58	8	19	13	1.60
871507--871590	18	4.3	18	71	26	73	10	50	1	38	1.45
879363--879439	12	6.9	12	71	24	62	12	44	0	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879330--879448	42	2.8	42	88	0	175	10	43	0	44	1.45
882951--883915	159	6.1	157	70	12	367	31	19	14	34	1.91
887596--887671	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
887567--887681	42	2.7	42	91	0	185	8	45	2	43	1.48
887587--887672	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
887578--887648	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
892620--892658	13	3.0	13	76	0	51	76	7	10	5	1.13
893418--893540	42	2.9	42	85	2	167	42	2	44	10	1.52
893433--893499	21	3.2	21	67	23	59	41	2	43	11	1.57
902831--903034	79	2.6	79	81	7	227	29	23	12	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8