genome.fa.s45.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold45
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1408018

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122622--122808	78	2.4	78	82	4	214	43	11	24	21	1.85
127339--127462	20	5.6	21	74	21	101	43	11	14	30	1.80
127392--127462	20	3.5	20	86	0	106	40	11	14	33	1.81
127392--127474	20	4.2	20	76	6	87	43	12	13	31	1.80
127504--127556	21	2.5	21	93	0	88	32	20	11	35	1.88
130976--131073	42	2.3	44	85	3	128	31	13	20	34	1.91
131169--131213	21	2.2	21	88	4	65	37	13	6	42	1.70
131866--131896	16	1.9	16	93	0	53	48	16	6	29	1.70
133570--133621	20	2.6	21	85	8	65	36	13	13	36	1.84
133589--133696	48	2.2	49	80	4	112	36	14	16	32	1.90
139552--139649	43	2.3	43	80	7	119	33	14	19	32	1.92
139742--139812	20	3.5	21	81	12	85	33	11	12	42	1.79
141395--141508	57	2.0	57	100	0	228	22	15	19	42	1.89
142217--142291	37	2.0	37	89	0	114	30	21	21	26	1.98
144726--145197	28	16.8	28	84	4	567	24	16	30	28	1.96
151549--151574	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
153476--153520	21	2.0	23	87	8	67	35	4	17	42	1.70
153489--153529	21	1.9	21	85	5	55	41	4	14	39	1.67
154074--154098	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
154087--154138	20	2.7	20	87	3	70	30	15	17	36	1.91
154053--154117	32	2.0	33	87	3	96	33	15	12	38	1.85
154169--154247	33	2.4	33	91	4	124	35	13	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154189--154246	13	4.9	13	70	23	56	37	13	15	32	1.87
154527--154596	21	3.2	21	70	28	65	17	8	15	58	1.61
154517--154610	44	2.1	45	94	2	163	15	10	17	56	1.67
154538--154607	21	3.2	20	71	28	63	14	11	18	55	1.68
169128--169282	50	2.9	51	74	19	161	43	14	18	23	1.86
169149--169251	30	3.4	30	90	1	161	43	14	18	23	1.87
171009--171528	92	5.7	92	82	3	589	30	27	13	29	1.94
171009--171526	276	1.9	276	82	2	655	30	27	13	29	1.94
172104--172274	91	1.9	91	82	2	218	19	19	16	45	1.86
172085--172272	45	4.1	46	76	6	168	20	19	15	44	1.86
172212--172549	81	4.2	82	76	4	256	23	21	12	42	1.86
173837--174146	165	1.9	163	80	6	365	32	11	7	47	1.68
173892--174258	166	2.2	164	81	6	416	31	10	8	50	1.66
174722--174787	25	2.6	25	81	9	64	77	0	18	4	0.94
174724--174790	35	1.9	35	82	11	84	79	0	16	4	0.90
174738--174791	20	2.8	20	81	15	60	79	0	16	3	0.87
174751--174789	11	3.6	11	89	3	53	79	0	15	5	0.90
174740--174791	22	2.5	20	78	12	59	80	0	15	3	0.85
176495--176540	3	15.3	3	100	0	92	32	0	32	34	1.58
180211--180512	167	1.8	166	84	7	416	35	12	10	41	1.78
181730--181768	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
181826--181878	21	2.5	22	93	6	99	37	11	24	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181922--182058	53	2.6	53	91	1	229	27	16	16	38	1.91
182028--182098	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
182138--182178	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
183823--183847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
187573--187611	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
187669--187723	21	2.5	22	94	5	103	36	10	25	27	1.89
187767--187901	53	2.5	53	92	1	225	28	17	16	37	1.92
187871--187940	20	3.5	20	77	11	72	30	11	17	41	1.84
187981--188021	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
188222--188806	156	3.8	156	88	1	762	23	18	20	38	1.94
188836--189677	156	5.4	156	80	4	862	23	15	20	39	1.91
188459--189179	377	1.9	377	85	0	1003	22	17	21	38	1.94
188967--189679	311	2.3	309	84	2	912	24	15	20	39	1.91
191320--191371	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
191456--191507	20	2.6	20	79	8	61	26	17	21	34	1.95
193886--193923	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
200027--200078	20	2.7	20	87	3	79	28	11	19	40	1.86
200109--200161	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
202329--202380	22	2.5	20	81	12	61	46	5	7	40	1.57
202497--202719	114	2.0	114	87	1	322	34	15	15	34	1.89
203157--203228	36	2.0	35	84	7	92	31	13	27	26	1.94
204254--204308	20	2.8	20	91	5	85	27	14	14	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206635--206922	79	3.7	78	76	5	274	26	26	14	31	1.95
208666--208708	21	2.0	21	86	0	59	65	0	13	20	1.27
208681--208723	21	2.0	21	86	0	59	62	0	20	16	1.32
211272--211436	44	3.7	44	80	3	188	20	27	13	38	1.90
214053--214596	85	6.4	85	80	8	432	45	13	23	17	1.83
214053--214585	169	3.2	166	80	7	513	45	12	23	18	1.83
214053--214595	42	12.8	42	67	13	161	45	13	23	17	1.83
214775--214938	47	3.5	47	81	3	204	41	17	19	21	1.90
214761--214986	94	2.4	92	83	1	281	41	15	19	22	1.90
220281--220401	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
220281--220421	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
220410--220434	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
220501--220525	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
220479--220545	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
223608--223672	28	2.2	30	78	13	80	38	16	20	24	1.93
223625--223688	28	2.3	28	86	5	85	31	18	21	28	1.97
223653--224080	79	5.5	78	77	8	334	33	13	23	29	1.92
223653--224016	158	2.3	154	80	9	407	33	12	23	30	1.92
223735--224160	158	2.7	158	78	6	400	33	14	23	28	1.94
223772--224192	79	5.3	79	76	9	250	34	12	23	28	1.92
228048--228106	26	2.2	27	79	8	68	1	11	5	81	0.93
228066--228102	19	1.9	19	88	0	56	2	8	8	81	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229322--229364	17	2.5	17	96	0	77	23	4	23	48	1.69
233055--233283	114	2.0	114	93	0	395	30	14	15	39	1.87
237069--237145	20	3.8	20	76	10	84	42	10	10	36	1.73
238230--238489	140	1.8	142	83	3	346	41	10	14	33	1.80
239290--239316	12	2.2	12	100	0	54	66	11	22	0	1.22
239367--239401	13	2.5	15	90	9	56	0	17	0	82	0.66
239706--239730	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
240849--240874	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
240831--240894	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
246154--246216	32	2.0	32	87	6	92	41	15	14	28	1.87
248596--249014	79	5.3	77	78	8	407	37	10	21	30	1.87
248596--249033	159	2.8	156	81	7	517	37	10	22	29	1.87
251389--251527	51	2.7	52	86	1	181	43	10	15	30	1.81
251582--251634	20	2.7	20	85	8	65	33	24	7	33	1.84
252380--252501	42	2.9	41	77	8	120	38	12	27	21	1.89
252388--252499	41	2.7	41	76	8	118	39	11	27	21	1.88
252464--253052	62	9.5	62	82	4	668	32	18	23	25	1.97
252465--253051	252	2.4	246	84	4	734	33	18	23	25	1.97
253047--253117	31	2.2	31	82	9	81	39	9	30	19	1.84
253959--253984	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
253939--254002	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
254882--254925	23	2.0	21	86	8	61	59	13	9	18	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256507--256544	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
258619--258656	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
263159--263184	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263892--263935	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
267834--267864	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
269668--269712	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
271928--271952	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
272615--272678	32	2.0	33	87	3	94	26	14	17	42	1.87
278941--278970	15	2.1	15	93	6	53	63	3	6	26	1.35
280038--280068	13	2.4	13	94	0	53	38	12	12	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8