genome.fa.s470.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold470
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  597437

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5657--5731	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
5654--5731	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
9599--9709	49	2.2	50	85	1	161	29	15	20	34	1.93
11159--11199	19	2.1	20	86	4	57	36	0	0	63	0.95
13224--13280	22	2.6	21	76	15	53	57	0	0	42	0.98
14149--14188	10	4.0	10	83	0	53	42	0	0	57	0.98
14146--14194	20	2.7	18	79	14	55	40	0	0	59	0.98
16205--16229	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
19920--19966	7	6.4	7	77	18	51	65	0	2	31	1.04
19914--19966	16	3.4	16	75	20	58	66	0	1	32	1.03
19905--19957	21	2.5	22	82	14	67	64	0	0	35	0.94
19908--19966	29	2.0	30	87	9	86	64	0	1	33	1.04
23788--23832	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
26626--26667	19	2.2	19	95	0	75	30	23	14	30	1.94
28084--28134	27	1.9	26	84	4	66	49	3	0	47	1.20
28097--28136	16	2.5	15	84	11	53	52	0	0	47	1.00
32770--32835	36	1.9	33	81	9	78	45	1	0	53	1.09
34300--34339	17	2.4	17	86	0	53	47	5	0	47	1.24
35188--35220	12	2.5	14	90	9	52	63	0	0	36	0.95
35192--35221	6	5.0	6	95	0	51	63	0	0	36	0.95
34888--35411	274	1.9	271	87	6	768	40	12	9	37	1.75
37303--37338	16	2.2	17	90	5	56	27	2	16	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37601--37644	23	2.0	22	86	4	61	29	2	0	68	1.02
37610--37643	11	2.9	12	86	8	52	29	0	0	70	0.87
37976--38038	31	2.0	31	84	0	81	66	7	0	25	1.18
37981--38033	24	2.2	24	83	10	63	66	7	0	26	1.18
38544--38586	19	2.3	19	87	0	59	55	6	2	34	1.39
39683--39764	30	2.7	29	81	10	85	59	3	3	32	1.32
45461--45487	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
46849--46917	35	2.0	35	83	11	88	42	0	2	55	1.15
48384--48423	17	2.4	17	86	0	53	47	5	0	47	1.24
49272--49304	12	2.5	14	90	9	52	63	0	0	36	0.95
49276--49305	6	5.0	6	95	0	51	63	0	0	36	0.95
48972--49496	275	1.9	272	87	6	779	40	12	9	37	1.75
51386--51421	16	2.2	17	90	5	56	27	2	16	52	1.57
51684--51727	23	2.0	22	86	4	61	29	2	0	68	1.02
51693--51726	11	2.9	12	86	8	52	29	0	0	70	0.87
52060--52122	31	2.0	31	84	0	81	66	7	0	25	1.18
52065--52117	24	2.2	24	83	10	63	66	7	0	26	1.18
52628--52670	19	2.3	19	87	0	59	55	6	2	34	1.39
53767--53848	30	2.7	29	81	10	85	59	3	3	32	1.32
59989--60023	9	3.9	9	88	0	52	34	0	0	65	0.93
59979--60023	18	2.4	19	77	7	56	33	0	0	66	0.92
61087--61124	19	2.0	20	89	5	60	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65243--65324	42	2.0	42	80	4	94	37	7	9	45	1.65
66906--66931	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72994--73058	28	2.5	26	80	14	71	32	0	0	67	0.91
72994--73046	14	3.6	14	80	14	54	33	0	0	66	0.92
73749--73801	28	1.9	27	92	3	88	45	0	0	54	0.99
73973--74016	20	2.2	20	88	4	63	47	0	2	50	1.13
73971--74017	19	2.4	19	79	10	51	46	0	2	51	1.13
74013--74053	21	2.0	20	86	9	57	58	0	0	41	0.98
74385--74428	23	2.0	23	86	4	63	52	0	2	45	1.13
74641--74695	20	2.8	19	74	12	58	56	3	5	34	1.40
74639--74690	21	2.5	20	81	3	59	57	3	5	32	1.40
74829--74864	17	2.0	17	89	10	54	52	2	0	44	1.15
75327--75361	7	4.9	7	89	3	52	57	0	0	42	0.99
76869--76910	15	2.8	16	82	10	52	28	2	0	69	1.01
77015--77072	19	3.2	18	76	9	57	50	3	1	44	1.29
78513--78571	19	3.4	18	77	15	61	32	1	1	64	1.13
78505--78556	19	3.1	16	75	17	52	32	1	0	65	1.04
78505--78579	34	2.2	34	83	9	91	32	1	2	64	1.16
78845--78905	21	3.0	21	75	18	67	34	0	0	65	0.93
78854--78912	18	3.3	18	76	21	61	33	0	0	66	0.92
78843--78901	17	3.2	18	77	22	61	35	0	0	64	0.94
78847--78948	38	2.7	37	79	10	98	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78843--78987	18	7.8	18	68	25	54	40	0	0	59	1.03
79400--79452	9	5.7	9	76	14	54	79	0	18	1	0.83
79401--79452	20	2.7	20	76	5	54	80	0	17	1	0.80
79468--79514	20	2.3	20	82	7	60	38	0	0	61	0.96
79795--79836	16	2.6	17	82	14	54	57	0	2	40	1.12
80620--80683	11	5.2	13	67	25	50	46	0	1	51	1.10
80619--80683	24	2.8	24	90	6	98	46	0	1	52	1.10
81246--81300	16	3.4	17	75	25	64	43	0	0	56	0.99
81225--81313	20	4.8	20	71	24	70	44	1	1	52	1.15
81248--81384	32	4.0	33	73	16	118	39	2	2	56	1.24
81248--81376	33	3.8	33	81	12	111	38	2	1	57	1.21
84062--84099	11	3.1	12	88	11	51	0	18	0	81	0.69
84805--84843	15	2.6	15	83	0	51	38	0	2	58	1.12
84943--84991	25	2.0	25	84	8	64	63	2	0	34	1.06
88911--88950	15	2.7	16	81	14	50	25	2	0	72	0.97
90529--90600	16	4.5	16	78	3	74	18	15	26	40	1.90
90608--90710	53	1.9	53	82	3	127	24	11	26	37	1.89
91587--91648	25	2.4	24	75	21	63	37	6	0	56	1.25
95596--95634	16	2.4	16	82	0	51	23	7	0	69	1.14
96584--96693	16	6.9	16	65	15	57	20	13	21	43	1.87
96656--96692	15	2.4	16	86	13	51	21	18	16	43	1.88
97112--97157	18	2.5	19	86	13	62	34	2	2	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98772--98883	51	2.2	51	80	7	129	35	12	24	27	1.91
98806--99114	79	3.9	80	81	4	344	37	12	22	26	1.90
98974--99242	127	2.1	129	84	6	359	36	11	23	28	1.89
99099--99259	79	2.0	79	86	2	225	37	11	22	27	1.89
99152--99380	119	1.9	118	85	6	311	35	15	24	24	1.94
99271--100055	79	10.0	77	79	8	642	37	11	21	28	1.89
100547--100576	13	2.3	13	94	0	51	76	6	0	16	0.99
101844--101886	23	1.9	23	85	4	61	32	4	27	34	1.78
102504--102544	21	2.0	20	95	4	73	26	14	19	39	1.90
103874--103937	24	2.7	23	88	9	87	45	0	1	53	1.10
104517--104569	17	3.2	17	71	26	51	39	0	5	54	1.24
105015--105054	15	2.6	15	92	4	62	47	0	0	52	1.00
105011--105068	15	3.9	15	76	14	57	46	0	0	53	1.00
105410--105443	17	2.0	17	88	0	50	41	0	11	47	1.40
108125--108212	43	2.0	43	97	0	167	19	19	18	43	1.89
109031--109107	21	3.5	21	75	19	68	33	0	0	66	0.92
109029--109106	24	3.5	24	70	20	69	33	0	0	66	0.92
109036--109064	14	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
109880--109920	14	2.9	14	81	0	55	58	0	0	41	0.98
109892--109946	25	2.3	24	78	9	58	61	0	1	36	1.06
110705--110736	17	1.9	17	93	6	57	46	9	0	43	1.35
111520--111567	20	2.3	21	86	13	73	72	0	0	27	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112262--112419	86	1.8	86	90	0	253	46	8	13	30	1.74
112426--112458	2	17.0	2	87	6	50	48	0	3	48	1.17
113713--113761	22	2.2	22	82	7	55	53	4	2	40	1.32
114673--114708	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
120249--120287	17	2.3	17	86	0	51	41	0	0	58	0.98
120648--120678	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
120646--120704	12	5.1	12	76	14	61	40	0	1	57	1.09
120750--120798	22	2.2	22	85	7	64	38	2	0	59	1.09
126639--126665	13	2.1	13	100	0	54	44	40	7	7	1.60
131187--131222	15	2.4	15	85	0	54	72	0	0	27	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6