genome.fa.s470.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold470
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  597437

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215812--215842	14	2.2	14	94	0	53	38	0	0	61	0.96
215810--215857	21	2.3	21	83	13	64	43	0	0	56	0.99
216696--216720	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
218461--218513	21	2.6	21	76	5	56	52	1	0	45	1.11
219138--219184	19	2.4	20	85	3	60	68	0	0	31	0.90
219157--219195	17	2.2	18	86	4	53	74	0	0	25	0.82
219637--219673	11	3.2	12	85	11	51	32	0	0	67	0.91
227373--227419	19	2.5	20	79	6	53	63	0	2	34	1.06
228623--228672	18	2.8	17	81	6	64	26	4	4	66	1.27
228920--228994	34	2.2	34	84	11	102	44	1	0	54	1.08
228920--228994	17	4.5	17	77	12	75	44	1	0	54	1.08
229188--229271	21	4.1	21	73	13	77	42	0	0	57	0.99
229470--229540	21	3.3	21	75	9	63	45	0	0	54	0.99
235932--236073	10	14.5	10	69	17	50	49	2	1	46	1.25
235959--235997	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
235872--236003	51	2.7	50	79	16	138	50	0	2	46	1.19
235871--236007	18	8.5	17	68	27	79	49	0	2	47	1.18
235882--236063	77	2.5	73	80	9	215	50	1	2	46	1.23
236006--236064	21	2.8	21	85	7	75	49	3	1	45	1.28
235929--236156	87	2.7	87	76	11	222	48	2	1	46	1.26
235951--236203	10	24.2	10	68	23	98	48	2	2	47	1.28
235868--236143	22	14.1	20	68	21	115	47	2	2	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236110--236145	17	2.1	18	89	5	56	61	0	0	38	0.96
236126--236187	25	2.4	26	84	10	74	54	1	1	41	1.19
235923--236203	12	24.3	12	68	23	103	48	2	2	46	1.27
236220--236276	29	2.0	29	82	6	71	38	1	1	57	1.19
237353--237392	13	3.3	13	76	20	50	70	0	0	30	0.88
237362--237410	9	5.1	10	79	16	59	69	0	0	30	0.89
237362--237408	20	2.5	20	82	6	62	68	0	0	31	0.90
237362--237506	21	7.2	20	68	15	77	61	0	0	38	0.96
240009--240050	18	2.3	19	84	15	54	28	7	0	64	1.20
240522--240563	21	2.0	21	86	9	59	47	0	0	52	1.00
242323--242374	14	3.5	15	82	15	56	44	1	0	53	1.11
242998--243044	23	2.0	24	84	12	62	48	0	2	48	1.13
244029--244058	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
244170--244215	5	9.4	5	81	13	60	36	0	0	63	0.95
244176--244235	13	4.3	13	76	19	59	40	0	0	60	0.97
244167--244260	18	5.2	18	73	23	74	38	2	0	59	1.09
244169--244222	23	2.4	22	81	9	72	37	0	0	62	0.95
244152--244313	54	3.0	53	78	14	136	42	1	0	56	1.07
244230--244297	29	2.4	27	78	9	73	45	2	0	51	1.16
244211--244300	28	3.3	28	73	11	80	44	2	0	53	1.13
244374--244413	3	13.7	3	94	5	73	65	0	0	35	0.93
244988--245033	18	2.6	17	80	16	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251737--251868	29	4.6	28	72	14	99	37	1	2	58	1.20
252218--252280	32	1.9	33	83	6	83	47	0	0	52	1.00
252244--252283	19	2.1	19	85	4	53	50	0	0	50	1.00
252466--252511	23	2.0	23	86	0	65	21	28	26	23	1.99
252585--252617	14	2.3	15	90	10	52	39	0	0	60	0.97
252620--252652	13	2.4	14	90	5	50	42	0	3	54	1.15
252734--252771	19	2.0	20	89	5	60	73	0	0	26	0.83
252765--252798	11	3.2	10	91	8	50	47	0	0	52	1.00
253054--253096	21	2.0	21	86	0	59	39	6	0	53	1.28
253584--253641	21	2.8	21	82	15	75	36	5	6	51	1.51
253839--253884	20	2.3	20	88	0	65	58	4	0	36	1.18
254189--254227	17	2.2	18	86	4	53	48	2	7	41	1.45
254941--254989	20	2.5	19	90	6	71	48	0	0	51	1.00
255261--255322	22	2.9	22	97	2	117	53	3	0	43	1.17
255388--255416	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
255505--255611	11	10.6	11	67	30	53	60	0	0	39	0.97
255540--255607	26	2.7	26	76	17	79	57	0	0	42	0.98
255502--255580	41	2.1	36	84	15	97	63	0	0	36	0.95
255769--255795	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
257135--257159	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
257801--257876	18	4.2	17	72	18	64	44	0	1	53	1.08
257814--257862	24	2.0	24	84	0	62	44	0	2	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257807--257890	37	2.3	36	82	9	100	40	0	1	58	1.06
260129--260165	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
261355--261396	21	2.0	21	90	0	66	38	2	0	59	1.10
261365--261423	28	2.1	28	87	0	82	44	0	0	55	0.99
261367--261424	19	2.9	19	78	12	55	44	0	0	55	0.99
261611--261658	25	2.0	25	88	12	73	41	0	0	58	0.98
261611--261658	24	2.0	24	88	12	71	41	0	0	58	0.98
261618--261699	33	2.5	31	77	14	85	41	0	1	57	1.06
261675--261761	41	2.1	41	81	12	97	39	2	0	58	1.11
261696--261770	33	2.3	33	90	0	114	38	2	0	58	1.12
269568--269629	25	2.5	24	74	7	61	50	8	0	41	1.32
269658--269697	12	3.4	12	82	6	55	22	2	0	75	0.93
270862--270929	23	2.8	24	80	10	68	48	0	0	51	1.00
272682--272778	47	2.1	47	96	3	178	34	8	4	53	1.50
283159--283204	12	4.2	11	83	8	58	47	0	4	47	1.21
283171--283216	21	2.2	21	88	0	65	52	2	2	43	1.25
285144--285168	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
287355--287396	2	21.5	2	85	4	59	52	0	0	47	1.00
287691--287731	2	20.5	2	84	0	55	51	4	0	43	1.23
287781--287827	2	23.5	2	86	0	67	46	0	4	48	1.21
288581--288632	21	2.3	24	71	18	58	50	0	1	48	1.12
292166--292231	16	4.0	16	82	7	62	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292170--292230	5	12.2	5	75	17	56	59	0	0	40	0.98
292174--292230	11	5.1	11	81	10	53	57	0	0	42	0.98
292171--292231	19	3.6	18	82	14	76	57	0	0	42	0.98
292497--292540	22	2.0	22	86	0	61	31	0	2	65	1.05
292512--292550	20	2.0	20	90	9	64	35	0	0	64	0.94
293015--293058	21	2.1	21	83	8	54	31	11	0	56	1.35
293904--293949	16	2.9	16	78	12	51	21	2	6	69	1.22
294636--294710	28	2.7	27	78	15	82	52	2	1	44	1.23
296347--296371	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
296593--296644	13	3.6	14	78	12	52	34	0	7	57	1.27
296864--296898	15	2.4	14	85	4	52	45	0	11	42	1.40
297120--297161	17	2.3	19	76	16	52	42	2	0	54	1.13
297124--297159	17	2.1	17	89	0	54	47	2	0	50	1.15
300787--300831	2	22.5	2	90	0	72	4	0	48	46	1.22
302839--302887	20	2.5	19	83	9	64	40	0	2	57	1.10
303503--303596	20	4.9	20	74	18	92	53	0	2	44	1.12
303446--303616	55	3.2	53	89	5	245	48	1	1	49	1.16
305675--305727	26	2.0	26	96	0	97	24	15	9	50	1.73
311696--311721	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
313390--313446	12	3.7	16	72	25	59	43	0	1	54	1.10
313406--313447	18	2.3	18	91	0	66	42	0	2	54	1.13
319939--319976	14	2.6	15	83	4	51	10	7	2	78	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320496--320559	23	3.0	22	75	18	64	57	0	3	39	1.14
321810--321863	13	4.1	13	83	9	65	16	1	3	77	1.00
321814--321863	22	2.2	22	86	10	66	18	2	2	78	0.95
321803--321861	27	2.1	28	87	9	86	13	3	3	79	0.98
324277--324358	39	2.1	39	93	0	137	34	7	13	45	1.71
324929--325036	53	2.0	53	98	0	207	25	14	29	29	1.95
325254--325302	16	3.2	16	75	16	59	48	0	0	51	1.00
325224--325302	29	2.7	29	86	5	106	46	0	1	51	1.08
325419--325526	45	2.5	42	81	11	114	43	0	4	51	1.22
325459--325499	19	2.2	19	90	0	64	46	0	4	48	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6