genome.fa.s479.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold479
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1265690

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3029--3097	33	2.1	33	89	5	104	39	18	11	30	1.87
3054--3081	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
7010--7359	157	2.2	156	77	10	349	35	14	18	32	1.91
7725--9714	159	12.7	159	70	12	850	35	14	19	31	1.91
14186--14314	52	2.5	52	94	0	231	28	19	17	34	1.94
14186--14335	52	2.9	51	81	9	187	30	18	16	34	1.93
14323--14349	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
14390--14454	20	3.8	18	75	24	77	36	16	12	33	1.87
14408--14432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14388--14452	31	2.0	33	94	5	116	35	16	12	35	1.87
15191--15478	92	3.0	97	85	7	376	29	19	26	24	1.98
15191--15470	49	5.8	49	79	6	304	29	18	26	24	1.98
15487--15617	28	4.6	28	79	9	156	21	16	29	32	1.95
15487--15617	57	2.3	58	92	4	212	21	16	29	32	1.95
17018--17079	15	4.2	14	82	11	79	0	0	14	85	0.60
17020--17081	9	7.1	9	82	14	60	0	0	16	83	0.64
17024--17081	30	1.9	30	89	6	91	0	0	15	84	0.62
17018--17081	34	1.9	33	90	3	101	0	0	15	84	0.63
17416--18036	309	2.0	309	97	0	1181	25	20	23	30	1.99
31256--31280	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31318--31385	32	2.1	32	88	0	100	38	16	8	36	1.80
31355--31406	20	2.7	20	93	3	88	36	17	11	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33874--33910	19	2.1	18	90	10	58	51	16	13	18	1.76
36823--36848	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
36805--36868	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
43031--43055	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
43166--43211	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
45617--45642	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
45599--45662	33	2.0	33	87	9	96	43	14	14	28	1.83
48300--48802	247	2.0	250	81	6	592	36	14	18	30	1.90
48652--48995	158	2.2	158	78	9	364	35	13	18	31	1.90
50031--52829	158	17.9	156	68	13	1048	36	13	18	30	1.90
52171--52829	318	2.1	318	78	5	672	38	13	18	30	1.89
58964--59014	25	2.1	24	88	3	75	13	13	7	64	1.48
60046--60560	257	2.0	258	83	3	655	39	15	15	29	1.88
61590--61833	81	3.0	80	77	6	237	33	13	24	28	1.94
61721--61964	133	1.9	130	86	4	346	34	12	25	27	1.92
61770--61885	52	2.2	53	90	1	180	33	12	25	28	1.93
61824--61990	79	2.1	80	87	1	237	32	11	28	27	1.92
61824--62020	79	2.5	79	84	5	236	34	11	26	27	1.91
64327--64454	51	2.5	51	87	2	177	42	12	16	28	1.85
65946--66347	156	2.6	156	81	7	424	33	12	25	28	1.92
66088--66409	156	2.1	158	84	5	413	34	11	24	29	1.91
65979--66410	235	1.8	237	84	4	595	33	12	24	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65946--66410	79	5.9	79	77	7	419	33	12	24	29	1.92
66864--66996	35	3.7	35	77	10	142	39	14	26	20	1.90
66970--67127	42	3.8	42	88	4	203	41	12	25	20	1.87
67263--67699	62	7.1	62	86	5	602	29	19	27	22	1.98
68684--69886	156	7.8	155	77	6	1034	24	16	20	38	1.92
68684--69886	313	3.9	312	78	8	907	24	16	20	38	1.92
68950--69809	455	1.9	459	81	3	1065	25	16	20	38	1.92
75534--75576	17	2.6	17	89	10	63	76	0	0	23	0.78
75535--75574	21	1.9	21	90	10	64	77	0	0	22	0.77
75251--75688	183	2.4	177	86	7	618	40	7	7	44	1.61
82246--82346	48	2.1	49	98	1	195	42	11	8	36	1.73
85756--85781	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
87997--88041	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
89845--89875	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
91954--91992	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
92113--92158	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
94535--94560	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
95445--95485	22	2.0	20	85	9	55	53	4	7	34	1.50
98722--99018	155	1.9	156	84	4	404	41	14	11	32	1.82
102540--102605	33	2.0	33	85	5	89	42	13	13	30	1.83
102633--102689	13	3.9	13	76	24	60	33	19	14	33	1.91
102646--102708	19	3.6	19	74	24	75	36	22	11	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102633--102710	32	2.4	32	97	0	147	34	20	11	33	1.89
103413--103472	22	2.6	22	87	10	77	6	23	0	70	1.11
103426--103475	12	4.2	12	77	12	59	4	22	0	74	0.99
103426--103467	10	4.0	10	85	11	57	2	23	0	73	0.94
104124--104544	166	2.6	163	77	8	424	49	8	10	31	1.66
110041--110518	154	3.0	153	80	8	541	40	14	11	33	1.82
123466--123516	14	3.5	14	82	10	66	86	11	0	1	0.66
123464--123516	23	2.3	23	87	6	72	84	13	0	1	0.69
123469--123516	20	2.4	19	86	6	60	85	12	0	2	0.69
124541--124662	37	3.3	37	98	0	235	26	14	14	44	1.84
125057--125217	57	2.8	56	77	9	173	30	31	19	18	1.96
125057--125217	28	5.7	29	78	7	100	30	31	19	18	1.96
125029--125209	29	6.4	28	76	9	143	31	30	18	19	1.95
126179--126410	77	2.9	80	81	6	294	32	14	26	26	1.94
126346--126525	51	3.5	51	80	4	186	33	11	26	28	1.91
128787--128873	20	4.7	19	73	21	78	42	16	16	25	1.87
128806--128835	13	2.3	13	100	0	60	40	16	13	30	1.87
128787--128856	33	2.1	33	94	0	122	41	15	17	25	1.89
128767--128873	53	2.0	52	84	10	137	42	14	14	28	1.85
129723--129808	42	2.1	42	88	2	129	48	13	19	17	1.80
129582--129797	119	1.8	117	80	11	262	43	12	22	21	1.87
129734--129839	42	2.5	42	85	4	140	36	16	26	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129823--130076	61	4.3	60	83	8	326	24	21	27	26	1.99
130106--130339	29	8.4	29	83	9	238	29	29	18	22	1.97
130175--130380	106	1.9	108	81	4	247	32	28	16	21	1.96
130415--130594	98	1.8	101	81	6	233	23	25	17	33	1.96
130397--130598	49	4.0	49	79	3	208	23	25	15	34	1.95
131189--131244	21	2.8	21	72	5	62	39	10	14	35	1.81
134634--134684	12	4.2	12	87	9	77	0	21	0	78	0.75
134635--134685	13	4.0	13	89	2	68	0	23	0	76	0.79
135159--135202	19	2.3	19	80	11	54	59	6	0	34	1.24
140504--140672	84	2.0	84	98	0	329	43	20	13	22	1.86
141913--141964	11	4.7	11	78	7	52	1	21	0	76	0.87
141909--141966	16	3.5	16	74	9	55	1	18	0	79	0.82
142532--143118	164	3.5	165	82	5	639	50	9	10	29	1.68
146075--146099	12	2.1	12	100	0	50	36	8	24	32	1.84
148015--148328	167	1.9	166	85	1	430	31	10	9	48	1.68
148061--148486	167	2.6	167	79	6	456	31	12	8	47	1.71
151861--151911	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
151944--151995	20	2.6	20	81	0	68	30	13	13	42	1.83
151983--152007	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
152640--152700	26	2.3	26	91	0	95	27	22	1	47	1.61
154318--154358	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
160669--160719	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160752--160803	20	2.6	20	84	0	68	30	13	13	42	1.83
161213--161362	42	3.5	42	76	7	140	34	13	28	23	1.92
161398--161575	94	1.9	93	91	1	293	25	20	29	24	1.99
161497--161867	55	6.4	55	80	10	393	27	21	25	25	1.99
161497--161867	54	6.4	55	80	11	379	27	21	25	25	1.99
161790--162010	99	2.3	94	86	6	309	25	17	30	25	1.97
161934--162018	39	2.2	38	89	6	127	32	14	34	18	1.91
162991--163078	1	88.0	1	74	0	77	0	2	10	87	0.63
162992--163075	23	3.5	24	81	15	111	0	2	10	86	0.65
162991--163078	8	10.6	8	81	13	90	0	2	10	87	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9