genome.fa.s479.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold479
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1265690

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  5  of  9  ( 1016 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
583754--583780	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
583735--583798	33	2.0	32	87	3	92	29	15	14	40	1.86
589583--589646	27	2.4	27	91	0	101	37	18	15	28	1.92
591233--591265	10	3.3	10	95	0	57	36	39	0	24	1.56
591765--591816	19	2.7	20	84	3	70	32	15	15	36	1.89
591760--591821	20	3.2	19	77	6	70	35	12	16	35	1.87
594817--594957	61	2.3	61	98	0	273	26	20	14	38	1.91
594939--594967	15	1.9	15	100	0	58	31	20	13	34	1.92
595010--595050	18	2.2	19	86	4	57	12	2	7	78	1.06
595427--595744	145	2.1	150	81	6	371	50	7	7	34	1.60
595521--595821	153	2.0	153	82	6	369	50	6	8	34	1.58
596970--597201	43	5.5	42	72	8	148	37	15	24	22	1.93
597235--597357	41	3.0	41	66	4	95	47	15	18	18	1.83
597199--597580	154	2.5	155	82	2	410	44	17	20	17	1.87
597449--597621	73	2.4	73	83	5	217	44	19	21	14	1.86
598543--598568	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
598950--599034	43	2.0	43	90	0	134	40	12	22	24	1.89
600820--601026	79	2.6	79	83	1	245	28	16	29	24	1.97
600978--601049	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
600927--601427	263	1.9	263	88	3	767	31	13	26	28	1.94
601038--601422	52	7.3	52	70	12	225	32	12	25	29	1.92
603794--603819	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603773--603839	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
603859--603926	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
603881--603905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
603862--603924	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
608964--609099	43	3.2	43	97	0	254	31	21	16	30	1.95
612824--612882	30	2.0	30	86	0	82	49	16	15	18	1.80
612657--613343	180	3.8	180	76	4	535	42	12	21	23	1.87
612888--613313	30	14.2	30	64	17	118	41	12	22	24	1.88
612860--613439	180	3.2	179	77	4	558	41	12	22	23	1.88
613647--613732	26	3.2	26	68	18	66	43	12	24	19	1.86
613688--613848	30	5.4	30	71	8	112	44	12	22	20	1.84
612624--613854	60	20.6	59	75	7	463	41	12	22	23	1.88
614754--615069	140	2.2	141	87	3	447	43	10	9	36	1.72
614754--615124	142	2.6	140	81	6	437	43	9	10	36	1.72
615138--615174	17	2.2	17	90	9	58	18	0	0	81	0.70
619964--620377	153	2.7	150	77	10	385	52	7	7	33	1.57
620126--620406	153	1.8	152	83	4	377	50	7	7	34	1.59
619982--620429	153	2.9	148	75	10	373	51	7	8	33	1.59
625064--625535	49	9.6	49	72	13	227	24	20	18	37	1.94
625064--625535	50	9.6	50	72	12	262	24	20	18	37	1.94
625197--625535	99	3.4	99	74	6	301	23	21	18	35	1.95
628396--628421	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629115--629176	21	3.0	21	90	4	90	30	32	4	32	1.79
629152--629208	29	2.0	29	100	0	114	31	28	7	33	1.84
631002--631040	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
631026--631104	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
633111--633141	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
634945--634989	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
637210--637235	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
642387--642615	98	2.3	98	93	1	388	31	13	26	28	1.94
644796--644868	20	3.8	18	82	7	83	39	13	12	34	1.82
644746--644917	87	1.9	89	87	6	251	41	12	16	29	1.84
648202--648382	91	2.0	91	81	7	215	34	11	24	29	1.90
647923--648374	197	2.3	197	79	6	500	34	10	24	30	1.90
648488--648781	148	2.0	148	89	2	448	30	11	23	34	1.91
653152--653201	24	2.1	24	96	0	91	30	8	30	32	1.86
653979--654032	20	2.8	20	88	2	74	31	16	14	37	1.89
655485--655523	9	4.3	9	81	12	53	48	0	28	23	1.51
658936--658961	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
658916--658979	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
658916--658986	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
665835--665859	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
666530--666760	49	4.7	49	83	4	284	31	16	27	25	1.96
666525--666760	101	2.4	98	84	3	285	31	15	27	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666777--667352	28	20.3	29	81	6	569	21	18	28	31	1.97
666777--667353	113	5.1	112	83	7	625	21	18	28	31	1.97
666777--667359	57	10.3	57	82	7	568	21	18	28	31	1.97
667712--667803	37	2.5	37	92	3	161	43	13	16	27	1.84
668826--668866	17	2.5	17	88	11	59	0	4	12	82	0.81
669705--669743	20	2.0	20	95	5	71	41	20	10	28	1.85
669753--669777	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
670220--670245	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
672465--672509	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
674308--674338	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
676421--676459	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
679005--679030	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
679810--679861	20	2.7	20	87	3	70	38	19	13	28	1.89
685780--685804	8	3.1	8	100	0	50	12	0	24	64	1.27
685952--685987	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
686419--686444	13	2.0	13	100	0	52	23	46	23	7	1.78
688439--688463	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
691214--691266	19	2.9	18	86	5	79	37	11	15	35	1.83
691318--691342	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
691351--691479	52	2.5	52	91	2	215	36	17	17	28	1.93
699644--700287	34	20.1	31	79	11	405	21	31	14	32	1.94
699649--700016	62	5.9	61	84	6	434	22	29	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699649--700022	124	3.0	124	87	6	488	22	29	17	31	1.96
699908--700422	34	15.5	34	83	7	553	20	33	12	33	1.90
699834--700422	68	8.9	67	81	10	549	21	32	13	33	1.91
699908--700442	102	5.3	102	86	6	659	20	33	12	33	1.90
700424--700576	32	4.7	33	84	7	172	31	34	14	19	1.92
700432--700584	65	2.4	65	86	2	200	32	32	16	18	1.94
700591--701479	92	9.5	92	92	1	1337	24	25	18	31	1.98
702170--702221	19	2.7	19	87	0	77	38	11	17	32	1.85
702209--702265	13	4.0	13	77	20	60	35	15	15	33	1.90
702190--702264	31	2.4	32	95	2	134	33	14	17	34	1.90
702283--702307	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
718464--718535	19	3.7	19	92	5	110	26	15	16	41	1.88
718464--718553	39	2.3	39	84	7	112	28	15	15	40	1.88
726475--726536	30	2.1	30	81	0	70	35	19	6	38	1.77
727489--727549	19	3.0	21	80	9	90	32	18	14	34	1.91
732494--732532	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
732518--732593	20	3.5	20	77	16	71	43	14	15	26	1.85
734608--734638	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
736442--736486	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
745445--745509	33	2.0	33	87	3	96	38	16	13	30	1.88
746110--746159	25	2.0	25	84	7	66	4	22	0	74	0.99
746761--747339	165	3.5	164	80	8	604	50	7	10	31	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746606--747197	166	3.6	164	81	4	611	51	7	8	31	1.62
746615--747329	331	2.2	331	80	6	779	50	8	9	31	1.65
748400--748559	85	1.9	85	84	0	212	46	12	20	20	1.82
748390--748579	85	2.2	86	76	6	206	45	12	22	19	1.83
748662--749166	44	11.7	43	76	6	369	41	17	21	19	1.90
748752--749030	43	6.5	42	73	8	159	41	17	21	19	1.91
748667--749166	172	2.9	169	81	6	490	41	17	21	19	1.90
748662--749189	86	6.1	88	76	6	445	41	17	21	19	1.91
748678--749203	129	4.1	129	77	8	392	41	17	21	19	1.90
755536--755567	16	2.0	16	93	0	55	43	15	6	34	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9