genome.fa.s479.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold479
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1265690

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162991--163069	19	4.3	19	88	6	101	0	2	10	87	0.64
163001--163078	19	4.1	20	95	5	126	0	1	10	88	0.57
162992--163078	27	3.3	27	91	4	133	0	2	10	87	0.63
169960--170125	51	3.3	50	80	5	176	34	15	24	26	1.94
170062--170390	79	4.2	78	84	6	418	31	14	25	27	1.95
170062--170436	155	2.4	156	89	3	574	33	13	25	27	1.94
172810--172835	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
172822--172859	20	1.9	20	100	0	76	31	15	10	42	1.81
172883--172964	17	5.0	17	81	18	111	35	17	12	35	1.87
172904--172966	32	2.0	30	93	6	108	34	15	12	36	1.86
179976--180144	79	2.1	79	82	3	205	32	13	23	30	1.93
180100--180225	28	4.5	28	78	11	114	26	23	29	21	1.99
180100--180225	56	2.2	56	81	5	148	26	23	29	21	1.99
180203--180351	76	1.9	77	86	6	212	33	13	24	28	1.93
180287--180415	51	2.6	48	83	9	159	33	13	27	25	1.93
183202--183226	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
183215--183278	20	3.5	20	68	27	70	39	15	15	29	1.89
183201--183278	33	2.4	33	95	0	147	38	15	16	29	1.90
186511--186569	20	2.8	20	87	5	82	37	13	11	37	1.82
191011--191087	28	2.8	28	88	4	102	23	18	33	24	1.96
191071--191246	53	3.3	52	77	11	180	32	10	24	31	1.90
191105--191251	52	2.8	52	86	1	204	34	10	25	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196343--196401	30	2.0	29	83	9	75	10	15	1	72	1.18
197101--197183	28	2.9	29	85	7	80	25	15	28	30	1.96
197113--197579	28	16.6	28	83	5	478	24	16	29	29	1.97
197113--197577	114	4.1	113	81	5	503	24	16	29	29	1.97
200043--200068	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
201095--201128	15	2.3	15	100	0	68	23	29	26	20	1.99
204524--204549	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
218410--218476	20	3.7	20	74	25	85	32	14	11	40	1.83
218430--218488	13	5.0	13	75	23	67	32	15	13	38	1.86
218408--218488	33	2.5	33	100	0	162	33	14	12	39	1.84
218527--218653	20	6.7	20	76	17	121	27	16	14	41	1.87
218584--218614	13	2.4	13	94	0	53	29	12	16	41	1.85
218564--218632	33	2.1	33	94	0	120	27	15	14	42	1.86
218544--218653	53	2.1	52	88	6	159	28	17	13	40	1.87
220948--221115	51	3.3	50	81	7	169	29	26	11	32	1.92
221092--221308	79	2.7	80	82	5	278	27	27	14	31	1.95
227479--228023	55	9.3	60	79	9	433	26	26	20	26	1.99
227689--228014	115	2.9	109	81	8	393	27	27	19	25	1.99
227951--228163	94	2.3	92	80	7	225	27	27	18	26	1.98
228255--228819	61	9.0	62	80	9	612	24	28	19	27	1.99
228802--228936	42	3.1	42	84	5	146	16	28	14	40	1.87
228955--229055	42	2.4	42	79	8	109	18	29	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229745--229770	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
229725--229854	33	4.0	33	69	13	108	30	17	14	37	1.90
229809--229835	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
229817--229875	20	3.0	19	83	9	82	30	18	10	40	1.84
232091--232269	51	3.5	51	84	2	227	28	26	10	34	1.90
232208--232460	79	3.2	80	86	2	359	27	26	13	31	1.94
235442--235476	17	2.0	17	88	5	52	85	11	2	0	0.69
236902--237288	28	13.7	28	83	9	450	30	29	19	21	1.97
236896--237307	57	7.3	55	83	8	465	30	29	18	21	1.97
236903--237280	198	1.9	197	89	2	580	30	29	18	21	1.97
236902--237332	85	5.1	83	81	8	410	30	29	19	21	1.97
237330--237765	49	8.9	49	78	9	413	25	24	16	34	1.96
237366--237771	101	4.0	101	82	5	439	24	24	16	34	1.95
237389--237767	150	2.5	149	85	5	498	24	24	16	34	1.95
238408--238433	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
238458--238512	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
245826--245850	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245807--245939	32	4.0	34	76	18	97	36	11	17	34	1.85
245824--245939	19	7.1	17	77	20	124	34	11	18	35	1.87
245806--245943	49	2.8	49	92	2	222	36	11	17	34	1.86
245875--245899	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245858--245918	30	2.0	31	90	6	97	34	11	18	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248499--248668	51	3.3	50	81	8	200	27	27	13	31	1.94
248499--248668	50	3.3	51	80	10	195	27	27	13	31	1.94
248599--248905	79	3.9	76	83	6	373	25	28	15	31	1.96
254158--254197	20	2.0	20	90	0	62	7	37	0	55	1.29
254863--254907	17	2.5	17	89	7	63	8	4	6	80	1.03
255816--255860	8	5.5	8	89	5	72	86	8	4	0	0.69
255798--255893	16	6.1	16	74	11	83	83	7	9	0	0.81
255808--255893	33	2.6	31	83	8	109	83	8	8	0	0.80
255798--255893	33	3.1	29	80	17	106	83	7	9	0	0.81
255798--255863	1	66.0	1	75	0	51	86	7	6	0	0.71
257182--258676	34	47.8	32	70	18	720	21	30	11	35	1.90
257154--257559	61	6.5	61	77	14	373	21	30	12	35	1.90
257251--257784	122	4.3	120	78	12	424	21	31	11	35	1.90
257466--258123	95	6.9	94	73	16	289	21	31	11	36	1.89
257591--258002	217	1.9	218	87	1	603	20	30	11	36	1.89
257808--258648	163	5.4	162	73	14	608	22	29	11	36	1.90
257969--258253	95	2.9	93	80	6	248	22	30	10	36	1.88
258177--258698	61	8.6	61	82	5	508	22	30	12	34	1.91
258068--258271	95	2.2	94	85	3	275	23	29	9	37	1.87
258274--258356	25	3.1	25	75	21	87	20	32	14	32	1.93
258274--258618	27	11.7	27	67	23	155	22	29	12	34	1.91
258320--258376	25	2.2	25	81	6	60	22	26	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258176--258646	120	3.9	119	83	5	513	22	30	12	34	1.91
258689--258902	32	6.7	31	82	4	250	30	32	19	18	1.95
258689--258902	96	2.2	96	86	5	292	30	32	19	18	1.95
258908--259187	49	5.9	48	73	12	211	27	25	16	31	1.96
259210--259339	52	2.5	52	83	5	147	27	24	13	34	1.92
261757--261797	9	4.7	9	82	14	50	78	4	2	14	1.03
263432--263471	16	2.3	17	87	12	55	20	20	0	60	1.37
263952--263981	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
269077--269135	7	8.7	7	78	10	52	81	1	3	13	0.90
269076--269138	16	4.1	14	77	18	72	80	1	3	14	0.90
269074--269113	19	2.3	17	87	12	55	85	2	0	12	0.71
269195--269223	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
269213--269265	19	2.7	20	85	2	63	64	1	3	30	1.22
269383--269470	22	3.9	22	75	8	70	42	3	10	44	1.55
269400--269470	24	3.0	23	79	4	72	39	4	11	45	1.60
269734--269814	35	2.3	36	89	2	119	49	4	1	44	1.32
269767--269892	56	2.3	56	86	4	168	53	3	3	39	1.36
270372--270422	22	2.5	20	83	6	66	39	5	9	45	1.62
277473--277613	52	2.7	53	88	2	189	34	19	16	29	1.93
277494--277622	52	2.5	52	89	5	206	36	17	16	30	1.91
281414--281480	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
281434--281458	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281524--281548	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
281557--281677	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
288914--288947	17	2.1	17	88	5	52	82	2	11	2	0.89
289885--290517	34	18.9	32	78	13	500	21	31	12	33	1.91
289947--290073	62	2.0	62	98	0	245	22	30	12	34	1.91
289919--290514	96	5.9	96	82	9	587	21	32	12	33	1.91
290005--290517	70	7.5	69	81	11	583	20	33	12	33	1.90
289950--290512	141	4.2	136	79	12	531	21	33	12	33	1.91
290005--290553	211	2.7	212	88	5	781	20	33	12	32	1.91
290101--290524	35	12.1	35	81	11	444	19	33	12	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9