genome.fa.s479.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold479
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1265690

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758696--758790	47	2.0	47	81	4	111	43	21	13	22	1.87
759004--759418	92	4.6	92	79	7	359	29	13	28	28	1.95
759131--759333	91	2.2	92	89	0	309	29	13	28	29	1.94
759947--760169	84	2.6	87	80	8	240	46	13	17	22	1.83
760883--760923	17	2.4	17	87	4	55	12	17	0	70	1.16
761568--761594	14	1.9	14	100	0	54	0	18	0	81	0.69
761567--761600	10	3.4	10	83	0	50	0	14	0	85	0.60
765656--765970	155	2.0	155	80	3	348	23	18	20	38	1.93
767111--767135	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
767091--767156	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
767197--767221	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
772732--773402	156	4.3	156	73	7	402	38	20	16	24	1.93
772748--773402	311	2.1	311	78	6	675	38	20	16	24	1.93
775689--775726	19	2.0	19	100	0	76	68	10	5	15	1.36
777684--777792	29	3.8	29	81	2	112	26	33	11	29	1.91
777846--777936	33	2.9	31	80	9	103	31	23	18	26	1.97
777834--778056	32	7.1	32	69	10	138	32	26	17	23	1.97
777807--778052	123	2.0	123	82	3	296	32	26	18	21	1.97
778060--778131	27	2.7	27	93	0	117	34	29	20	15	1.93
778200--778629	105	4.1	104	74	6	352	26	25	14	33	1.94
778204--778629	53	8.2	52	77	4	340	25	25	14	34	1.94
778204--778641	52	8.4	52	75	6	244	25	25	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779337--779387	20	2.5	21	87	3	68	39	7	17	35	1.79
780629--780830	35	5.8	36	78	9	177	23	26	9	40	1.86
780804--780969	46	3.6	45	70	15	115	23	25	11	39	1.88
780800--781029	93	2.5	94	78	8	254	24	25	12	37	1.90
781326--781593	87	3.1	86	81	5	274	22	24	12	41	1.88
781932--782550	168	3.7	168	80	6	614	17	26	14	41	1.88
782050--782557	84	6.0	83	79	3	516	16	27	15	40	1.89
783717--784110	167	2.4	165	77	10	383	29	11	10	47	1.74
784469--784515	18	2.6	17	83	12	58	80	2	8	8	0.97
785629--785664	16	2.2	17	90	5	56	77	0	2	19	0.88
786010--786703	155	4.5	156	77	7	572	23	14	20	40	1.90
786037--786706	156	4.3	156	75	7	599	23	14	20	40	1.90
787207--787283	21	3.8	20	78	3	73	44	12	14	28	1.82
787207--787260	20	2.6	21	88	2	74	42	11	14	31	1.81
789722--790009	80	3.7	78	80	10	320	29	23	10	36	1.88
789844--789898	28	2.0	28	85	7	76	25	29	10	34	1.90
789724--790057	80	4.3	79	79	11	312	29	24	11	35	1.90
792954--792979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
793018--793093	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
793039--793111	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
793018--793111	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
793715--793785	36	2.0	36	97	0	133	39	23	2	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795561--795598	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
795587--795663	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
797690--797720	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
801786--801811	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
801850--801925	21	3.7	21	76	3	91	30	17	10	42	1.82
801874--801943	20	3.5	20	80	3	95	31	20	12	35	1.90
801850--801943	41	2.3	41	96	0	170	30	18	11	39	1.86
806088--806157	20	3.4	20	78	7	77	41	10	14	34	1.79
812744--812806	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
812737--812821	32	2.7	32	96	0	161	37	16	12	32	1.87
812763--812819	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
820354--820518	51	3.2	51	82	3	199	31	23	10	34	1.88
820474--820623	79	1.9	79	90	4	239	28	25	12	34	1.91
820580--820653	28	2.6	28	83	8	89	25	28	17	28	1.98
820505--820731	106	2.1	107	84	4	298	27	25	14	32	1.95
825538--826510	61	15.9	62	87	3	1323	24	26	19	29	1.99
825483--826510	123	8.4	124	87	4	1323	24	26	20	29	1.99
826207--826307	34	3.1	34	60	21	81	22	26	17	32	1.97
827134--827189	20	2.8	20	94	0	103	26	14	14	44	1.83
827171--827200	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
829635--829750	51	2.3	51	80	3	126	31	25	10	32	1.89
829684--829857	79	2.2	80	84	6	230	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829556--829828	130	2.1	130	80	2	298	28	24	12	34	1.92
829814--829890	28	2.7	28	81	2	82	23	24	22	29	1.99
829732--829964	107	2.2	107	88	3	335	26	24	16	33	1.96
829839--830012	79	2.2	79	84	5	226	26	25	16	31	1.97
832974--833012	20	2.0	20	94	0	69	41	10	17	30	1.83
839291--839332	22	1.9	22	95	0	75	33	11	14	40	1.82
840611--840758	79	1.9	79	83	5	192	31	13	26	29	1.94
840690--840857	51	3.3	51	81	3	171	32	14	25	27	1.94
840610--840936	179	1.8	181	82	4	428	33	14	24	27	1.95
840793--841126	79	4.3	76	84	4	434	34	15	24	26	1.95
840791--841126	155	2.2	155	92	1	557	33	15	24	25	1.95
841127--841273	51	2.9	51	81	6	172	33	12	25	29	1.92
841654--841684	11	2.9	11	95	4	55	54	0	0	45	0.99
843828--843892	17	4.0	16	76	23	73	35	16	12	35	1.87
843824--843894	32	2.3	31	92	4	117	33	16	12	36	1.87
843824--843873	13	3.5	13	78	19	55	32	18	14	36	1.90
844631--844818	43	4.3	43	76	13	188	40	13	27	18	1.87
844642--844825	88	2.1	89	84	10	243	42	13	27	16	1.85
844733--844851	38	3.0	39	77	15	136	39	15	26	19	1.91
844835--845116	55	5.0	55	81	10	293	25	22	26	25	2.00
858537--858687	79	1.9	79	81	5	164	32	13	25	28	1.94
858620--858787	51	3.3	51	84	1	223	32	14	26	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858540--858866	179	1.8	181	86	6	477	32	14	25	27	1.95
858721--859101	79	4.9	78	82	7	445	32	15	26	25	1.95
858725--859101	155	2.4	156	91	4	598	33	15	26	25	1.95
859032--859254	51	4.4	51	88	5	292	30	13	28	27	1.93
861788--861813	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
861800--861841	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
861862--861908	13	3.1	16	82	17	64	34	17	12	36	1.87
861853--861928	30	2.5	31	86	4	109	32	18	14	34	1.91
865056--865081	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
865038--865101	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
871185--871220	13	2.8	13	86	0	54	33	19	16	30	1.94
873788--873813	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
873770--873833	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
877776--879395	810	2.0	810	97	0	3080	34	15	18	31	1.92
879786--879858	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
879804--879879	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
879786--879879	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
879918--879943	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
880244--880286	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
882156--882200	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
884004--884034	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
886048--886127	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886113--886151	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
888596--888668	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
888614--888689	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
888596--888689	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
888728--888753	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
889054--889096	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
891791--891861	20	3.5	20	82	3	79	40	9	14	35	1.79
894154--894209	27	2.1	27	82	0	67	23	26	14	35	1.93
896061--896093	8	4.0	8	96	4	57	15	0	0	84	0.61
897884--898179	156	1.9	157	86	2	425	25	15	20	39	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9