genome.fa.s479.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold479
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1265690

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1016 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901105--901154	17	3.0	16	80	8	55	78	4	10	8	1.09
901412--901454	21	2.0	22	86	4	61	74	4	16	4	1.16
901411--901454	22	2.0	22	82	8	54	75	4	15	4	1.14
901715--902034	112	2.9	111	85	2	408	30	14	15	39	1.87
901717--902042	111	2.9	113	84	3	417	30	15	15	38	1.88
902431--902595	66	2.5	66	85	3	192	21	15	29	32	1.95
902435--902602	32	5.2	33	79	6	175	23	15	29	30	1.95
902587--902659	28	2.6	28	89	4	103	28	12	35	23	1.91
902594--902684	30	3.2	29	84	7	107	31	12	30	25	1.92
902733--902853	32	3.7	32	82	3	125	19	20	28	31	1.97
902854--902988	62	2.2	58	82	11	155	37	11	28	22	1.90
902854--903308	30	14.7	30	73	9	285	33	11	29	25	1.91
903090--903308	61	3.6	61	83	4	253	31	10	32	25	1.90
904140--904225	33	2.6	33	87	1	111	31	9	19	39	1.84
911704--911759	20	2.7	21	80	2	69	26	14	14	44	1.83
912797--913978	32	37.1	31	79	7	1004	19	17	31	31	1.95
912820--913980	128	9.1	128	80	7	1113	19	16	32	31	1.95
920184--920233	23	2.1	24	85	3	66	44	0	6	50	1.26
922303--922467	20	7.7	20	71	14	123	39	11	17	31	1.85
922354--922467	40	2.8	40	91	0	192	37	11	16	34	1.85
927057--927122	20	3.3	20	75	8	71	39	10	16	33	1.83
926916--927110	91	2.1	92	84	3	250	43	11	16	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927824--928299	28	16.6	28	80	6	472	25	17	28	28	1.98
927853--928265	86	4.8	84	83	4	330	26	18	27	27	1.98
927824--928299	114	4.2	114	83	4	532	25	17	28	28	1.98
932396--932525	31	4.2	30	84	7	154	23	33	15	28	1.95
932499--932936	33	12.7	34	79	10	430	19	33	12	34	1.89
932465--932951	70	7.2	68	81	7	478	20	33	12	33	1.90
932503--932951	139	3.3	136	81	7	441	19	34	12	34	1.89
932980--933613	92	6.9	92	93	1	1081	25	24	17	31	1.97
932968--933878	184	4.7	184	87	8	1185	25	25	17	31	1.97
932980--933878	276	3.1	275	86	7	1134	25	25	17	31	1.97
933522--933659	52	2.6	52	83	3	168	25	23	15	34	1.95
933687--933878	48	4.0	48	91	1	296	25	28	17	28	1.98
933687--933878	49	4.0	49	91	1	300	25	28	17	28	1.98
933430--934009	266	2.2	264	89	3	896	24	25	15	33	1.95
933891--934017	67	1.9	68	85	1	175	23	24	12	39	1.89
934786--934810	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
934766--934835	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
934874--934898	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
937078--937128	27	2.0	26	85	11	70	23	43	17	15	1.88
938335--938421	10	8.7	10	74	11	63	3	2	12	81	0.91
938347--938420	9	7.9	9	77	7	67	2	2	13	81	0.92
938347--938419	37	1.9	38	88	5	112	2	2	13	80	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938347--938419	38	1.9	39	88	5	114	2	2	13	80	0.93
952466--952540	20	3.8	20	76	3	80	41	12	16	30	1.84
957175--957332	71	2.2	71	97	0	298	37	10	21	31	1.87
957239--957470	98	2.4	94	79	11	236	38	10	22	28	1.87
959439--959495	20	2.8	21	78	5	62	33	12	15	38	1.85
966096--966148	20	2.6	21	79	11	65	39	11	15	33	1.83
970472--970547	32	2.4	32	100	0	152	26	21	21	31	1.98
970556--970580	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
970621--970718	32	3.0	32	93	1	160	35	17	12	34	1.87
970645--970698	13	3.7	13	74	25	54	35	18	12	33	1.89
970623--970719	19	5.7	19	67	27	74	36	17	12	34	1.87
976553--976885	79	4.2	76	79	7	326	33	14	25	26	1.94
976544--976885	158	2.2	157	81	8	381	34	14	24	26	1.94
976816--976987	51	3.4	51	80	8	190	30	12	29	27	1.93
976971--977043	28	2.6	28	95	0	128	15	20	41	23	1.90
977080--977181	52	1.9	53	86	7	145	35	10	24	29	1.89
979546--979687	63	2.3	63	98	0	275	32	21	17	28	1.96
979672--979704	13	2.5	13	100	0	66	33	18	15	33	1.92
979831--979861	16	1.9	16	100	0	62	12	0	6	80	0.89
982488--982755	30	8.8	30	84	4	313	23	30	13	32	1.93
982488--982755	61	4.4	60	83	4	322	23	30	13	32	1.93
982764--983580	34	25.5	33	78	12	507	20	31	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982858--983371	67	8.0	63	74	16	222	20	31	12	36	1.89
983312--983425	27	4.2	27	93	0	183	20	34	14	31	1.92
983598--983803	48	4.4	47	73	14	178	27	24	16	31	1.97
983651--985264	87	17.9	88	73	16	707	26	25	19	28	1.99
983736--983990	133	1.9	135	87	5	381	27	26	18	27	1.98
983956--984215	138	1.9	138	91	1	423	26	26	19	27	1.99
983594--985161	225	7.0	225	93	1	2556	26	25	19	28	1.99
984177--985215	138	7.6	136	75	13	637	25	25	19	28	1.99
985075--985263	49	3.8	49	85	4	252	25	26	17	29	1.98
985075--985315	101	2.4	101	84	2	306	25	28	17	29	1.97
992051--992189	51	2.7	51	85	3	181	39	12	16	30	1.86
992248--992291	20	2.1	21	91	4	72	31	13	6	47	1.69
993012--993883	52	16.9	52	75	7	397	36	14	23	25	1.93
993045--993570	257	2.0	258	89	3	792	36	14	23	26	1.93
993034--993676	309	2.1	310	79	5	694	36	15	23	25	1.93
993097--993706	257	2.4	258	84	3	780	36	15	22	25	1.93
993126--993883	104	7.3	103	74	5	544	35	14	23	26	1.93
993953--994364	32	12.6	34	79	7	345	23	16	28	31	1.96
993951--994333	97	3.9	97	85	1	417	24	16	27	31	1.96
993951--994378	34	13.2	32	79	5	360	24	16	28	30	1.97
994362--994429	28	2.4	28	75	2	73	41	13	23	22	1.89
994365--994791	30	14.1	30	71	12	187	34	11	28	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
994553--994800	89	2.8	88	80	9	293	33	12	30	24	1.91
995646--995733	33	2.7	34	79	13	103	31	7	19	40	1.80
998345--998420	31	2.4	32	89	6	111	36	17	19	26	1.94
998816--999158	35	9.9	35	79	4	291	23	22	11	43	1.85
999148--999316	48	3.6	45	73	8	142	23	22	13	40	1.89
999406--999555	78	1.9	78	80	8	171	20	20	13	46	1.84
1000901--1000942	8	5.2	8	88	0	66	14	2	9	73	1.18
1001059--1001090	7	4.6	7	100	0	64	28	0	0	71	0.86
1001195--1001224	12	2.5	12	94	0	51	20	6	40	33	1.78
1002687--1003112	155	2.7	155	82	5	522	26	18	19	35	1.95
1006952--1006994	22	1.9	23	90	4	70	53	2	16	27	1.55
1007256--1007307	22	2.3	23	83	10	70	36	11	19	32	1.87
1007257--1007301	22	2.0	22	91	0	72	31	11	20	37	1.87
1007784--1007834	16	3.3	15	81	8	57	54	1	3	39	1.30
1009471--1009629	81	2.0	80	91	3	257	45	13	12	27	1.80
1013512--1013871	149	2.3	153	82	5	424	22	17	21	39	1.92
1016920--1016996	20	3.8	20	100	0	154	24	15	10	49	1.76
1016961--1017125	50	3.3	50	88	0	240	27	16	12	43	1.84
1016961--1017145	50	3.7	49	84	2	217	29	17	11	41	1.84
1016963--1017144	100	1.8	100	86	2	267	29	17	10	41	1.84
1020321--1020449	52	2.5	52	97	0	240	27	17	19	35	1.94
1020458--1020482	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020546--1020582	13	2.8	13	100	0	74	40	16	13	29	1.86
1021483--1021607	20	5.8	20	70	17	88	30	16	11	41	1.83
1021473--1021656	50	3.9	49	75	15	197	28	17	11	42	1.84
1021469--1021550	20	3.3	24	66	29	64	28	18	9	43	1.81
1021483--1021656	90	1.9	90	89	2	269	29	17	11	41	1.84
1027708--1027784	27	2.8	26	84	7	82	23	29	20	25	1.99
1027735--1028181	80	5.6	79	87	4	623	25	27	15	31	1.96
1027735--1028180	159	2.8	158	89	3	628	25	27	15	31	1.96
1034344--1034876	156	3.4	154	80	5	558	38	20	16	23	1.93
1036020--1036085	12	5.7	12	76	16	59	7	24	0	68	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9