genome.fa.s480.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold480
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  956445

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120524--120719	91	2.2	91	86	1	268	31	14	12	41	1.84
124572--124624	21	2.5	21	90	3	79	49	0	5	45	1.26
124637--124673	12	3.0	13	84	15	60	59	0	0	40	0.97
124637--124669	11	2.8	12	90	9	50	60	0	0	39	0.97
125148--125254	51	2.1	51	94	0	187	49	10	3	36	1.55
125520--125648	62	2.1	62	89	1	197	39	20	3	36	1.71
126768--126821	20	2.8	19	86	5	72	31	16	16	35	1.92
128438--128477	3	13.3	3	89	0	62	37	0	32	30	1.58
135483--135539	19	3.0	20	79	7	64	33	15	15	35	1.90
135589--135613	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
145177--145214	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
145947--146072	52	2.4	52	94	0	234	35	18	19	26	1.94
149090--149134	19	2.4	19	96	0	81	62	2	6	28	1.33
149090--149134	9	4.7	10	83	10	67	62	2	6	28	1.33
150025--150068	22	2.0	20	83	12	52	54	2	2	40	1.25
150176--150209	17	2.0	17	88	11	52	38	2	0	58	1.13
150743--150780	6	6.3	6	90	0	58	47	15	0	36	1.46
151643--151696	25	2.0	28	89	10	87	55	0	0	44	0.99
152086--152126	21	2.0	21	90	9	66	63	0	0	36	0.95
153546--153587	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
153944--153981	20	1.9	19	94	5	67	36	15	18	28	1.92
154102--154153	20	2.6	20	96	0	95	34	13	15	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154489--154541	20	2.7	20	100	0	106	33	11	15	39	1.83
158526--158551	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158593--158642	21	2.4	21	96	0	91	28	18	8	46	1.77
161119--161157	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
161143--161222	20	3.8	20	80	15	88	43	13	15	27	1.84
165072--165116	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
167393--167468	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
167413--167486	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
167393--167486	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
170760--170799	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
173177--173229	19	2.7	19	79	2	61	33	13	13	39	1.83
173276--173333	13	4.5	13	86	0	80	39	17	12	31	1.86
173277--173333	26	2.2	26	93	0	96	40	17	10	31	1.84
174511--174546	12	3.0	12	87	0	54	58	0	0	41	0.98
175401--175434	12	2.7	13	86	9	52	44	55	0	0	0.99
176570--176603	12	2.8	12	91	8	52	0	0	17	82	0.67
184925--184981	21	2.7	21	91	0	96	31	10	21	36	1.87
185037--185104	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
185039--185101	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
185058--185082	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185144--185169	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
185126--185190	33	2.0	33	87	0	94	26	15	15	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192582--192650	27	2.5	27	85	2	84	24	30	21	23	1.99
192473--192807	51	6.3	52	69	12	168	29	24	12	32	1.93
192740--193075	79	4.2	80	79	5	306	26	27	15	30	1.96
192953--193007	28	1.9	29	85	3	76	20	29	20	30	1.97
203986--204033	3	16.0	3	77	0	51	35	25	39	0	1.56
203990--204033	18	2.4	18	84	0	61	36	22	40	0	1.54
204990--205052	11	5.7	11	70	19	51	41	0	0	58	0.98
204966--205003	19	2.0	20	94	5	69	47	0	0	52	1.00
204988--205056	30	2.3	29	82	5	84	40	0	0	59	0.97
204990--205048	23	2.5	24	81	13	70	42	0	0	57	0.98
205450--205505	17	3.0	18	87	10	69	41	0	0	58	0.98
205455--205505	21	2.6	21	88	11	74	39	0	0	60	0.97
207900--207940	15	2.7	15	82	17	57	36	0	9	53	1.34
208013--208055	17	2.5	17	80	0	50	37	2	0	60	1.10
211699--211743	18	2.5	18	81	0	54	31	6	0	62	1.21
213080--213108	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
213528--213565	18	2.1	19	90	9	62	36	0	0	63	0.95
214252--214283	15	2.2	14	94	5	55	59	6	0	34	1.23
214472--214518	21	2.2	21	88	0	67	46	4	2	46	1.34
214479--214524	21	2.2	21	84	0	56	50	8	2	39	1.46
214633--214710	22	3.6	22	75	3	86	50	11	7	30	1.67
214632--214725	22	4.4	21	72	4	71	46	12	7	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214638--214739	43	2.4	43	88	0	141	47	11	8	32	1.71
215850--216000	54	2.8	55	88	3	225	18	14	31	35	1.91
215847--216028	54	3.3	55	81	9	212	18	14	31	34	1.92
222476--222528	22	2.4	21	81	6	52	49	9	9	32	1.67
222748--222785	20	1.9	20	94	0	67	50	10	7	31	1.66
223651--223700	20	2.4	21	83	9	68	38	8	12	42	1.71
226458--226504	18	2.6	18	86	6	60	80	2	4	12	0.94
228479--228524	17	2.6	18	80	13	60	32	4	2	60	1.28
235505--235567	16	3.8	16	85	8	81	39	1	0	58	1.07
235557--235605	16	3.1	16	82	5	55	26	8	6	59	1.50
236673--236728	28	2.0	28	86	10	80	48	0	0	51	1.00
242080--242113	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
242437--242491	27	2.0	27	100	0	110	20	10	18	50	1.76
242540--242574	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
244868--244907	19	2.1	19	90	0	62	72	5	15	7	1.24
245679--245745	18	3.4	18	69	21	53	47	0	35	16	1.47
245646--245797	42	3.6	42	93	0	241	48	0	38	13	1.42
245655--245820	84	2.0	84	87	2	244	48	0	38	12	1.46
252437--252478	12	3.5	12	84	15	52	47	0	0	52	1.00
253047--253071	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
253047--253086	17	2.3	17	86	4	53	35	2	0	62	1.09
255728--255764	3	12.0	3	94	5	65	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258009--258116	33	3.3	33	77	2	119	30	19	21	28	1.97
258102--258332	28	8.3	28	80	6	213	26	16	28	29	1.96
258102--258306	56	3.7	56	84	1	250	25	17	27	29	1.97
258102--258288	84	2.2	85	83	5	236	25	16	27	30	1.97
258241--258682	55	8.0	55	79	8	357	32	12	28	26	1.93
258151--258682	28	19.1	28	76	10	378	31	12	28	27	1.93
258241--258682	83	5.3	83	80	5	432	32	12	28	26	1.93
259220--259246	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
259202--259265	32	2.0	33	87	9	96	28	15	15	40	1.88
259230--259286	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
267806--267861	19	2.9	19	81	2	67	30	10	16	42	1.82
276280--276355	30	2.5	31	89	2	109	43	10	17	28	1.82
277309--277635	163	2.0	163	94	1	575	30	14	22	31	1.95
278699--278814	32	3.7	30	71	9	83	17	18	28	36	1.93
278838--279536	28	24.2	28	80	7	418	24	16	28	31	1.96
278862--279536	84	7.8	84	76	9	547	24	16	28	30	1.96
278899--279534	176	3.7	172	80	9	573	24	16	27	30	1.96
278838--279536	56	12.1	56	77	9	552	24	16	28	31	1.96
280502--280712	79	2.7	78	78	7	203	30	14	27	27	1.95
280726--281121	52	7.6	52	73	8	311	31	12	27	28	1.93
280617--281120	262	1.9	262	93	0	866	31	13	27	28	1.93
280932--280999	28	2.4	28	87	0	91	25	17	33	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284213--285248	55	18.4	55	83	5	1100	25	21	26	27	1.99
284213--285458	165	7.5	165	82	9	1252	25	20	26	27	1.99
285268--285458	55	3.4	54	79	13	213	24	20	27	28	1.99
285288--285371	27	3.0	28	63	16	66	25	22	25	27	2.00
285052--285560	209	2.4	209	89	2	759	26	19	27	26	1.99
285378--285568	100	2.0	93	82	9	231	27	18	27	26	1.98
286530--286588	13	4.8	12	76	12	57	0	6	6	86	0.71
286529--286587	10	5.9	10	80	5	66	0	6	6	86	0.71
293251--293294	17	2.5	17	82	10	54	84	11	4	0	0.77
293251--293288	12	3.3	12	82	10	53	84	13	2	0	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7