genome.fa.s480.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold480
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  956445

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804815--805172	51	6.9	51	74	9	289	29	25	12	32	1.92
804815--805048	102	2.3	102	89	2	355	30	23	11	33	1.91
804932--805234	157	1.9	158	79	8	341	29	25	13	31	1.94
805089--805205	51	2.3	51	90	0	180	30	24	12	31	1.93
805140--805312	79	2.2	79	89	2	258	27	27	15	30	1.96
805269--805343	28	2.7	28	91	0	123	20	30	22	26	1.98
805299--805467	79	2.1	79	87	2	241	27	27	13	31	1.94
805194--805419	107	2.1	107	82	3	267	25	26	15	31	1.96
810545--810620	29	2.6	29	78	2	80	34	5	3	56	1.40
810767--810812	22	2.0	23	88	12	69	63	0	0	36	0.95
810767--810818	22	2.5	22	82	17	67	59	0	0	40	0.97
811576--811604	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
812982--813069	30	3.0	30	80	6	108	37	2	25	35	1.68
812994--813073	28	2.8	29	83	9	94	38	2	23	35	1.69
816854--816884	14	2.2	14	94	0	53	16	3	0	80	0.83
820288--820334	23	2.0	23	84	8	60	46	2	0	51	1.13
821046--821073	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
828643--828683	21	1.9	22	90	5	66	43	17	17	21	1.87
829613--829640	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
829627--829685	21	2.8	21	100	0	118	33	10	16	38	1.83
829704--829806	19	5.7	19	84	14	146	36	18	11	33	1.87
829761--829785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832499--833216	357	2.0	357	96	0	1337	40	10	20	27	1.86
833179--833605	79	5.4	78	78	4	360	37	12	22	26	1.90
833179--833605	156	2.7	156	81	5	495	37	12	22	26	1.90
833554--833662	56	1.9	56	87	7	159	32	13	27	26	1.94
833400--833807	213	1.9	213	83	5	522	35	12	24	27	1.92
833610--833941	79	4.2	78	80	7	350	35	13	23	27	1.92
833312--833841	292	1.8	290	81	3	670	36	12	23	26	1.91
833239--833937	371	1.9	369	81	8	857	36	13	23	27	1.92
833875--833988	51	2.2	51	88	0	165	35	11	24	28	1.90
833718--834129	209	2.0	209	85	4	564	37	12	22	27	1.90
833931--834129	79	2.5	79	81	6	233	37	11	23	28	1.89
835383--835429	5	9.4	5	100	0	94	80	0	19	0	0.70
836006--836049	19	2.3	19	84	0	61	31	11	20	36	1.88
836074--836115	21	2.0	21	95	0	75	40	9	21	28	1.84
836102--836127	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
838468--838853	52	7.4	51	70	10	233	29	26	11	32	1.91
838653--838853	51	3.9	51	80	5	181	31	24	9	34	1.87
838869--839098	79	2.9	78	78	6	239	26	27	14	32	1.95
843406--843447	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
845577--845604	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
846207--846252	21	2.2	20	81	11	58	47	0	0	52	1.00
846207--846252	20	2.2	21	81	14	60	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852907--852958	18	2.7	20	85	5	63	34	1	5	57	1.33
852908--852958	20	2.7	19	82	8	61	33	1	5	58	1.33
853509--853554	16	2.8	16	86	3	56	69	0	2	28	1.00
854406--854430	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
854489--854549	13	5.2	13	77	22	80	27	16	14	40	1.88
854467--854549	33	2.5	33	96	0	148	26	16	15	40	1.89
854452--854537	20	4.7	20	71	21	80	25	16	16	41	1.88
854390--854598	115	1.8	115	92	0	355	28	16	13	40	1.87
856895--857118	79	2.9	78	88	4	328	25	28	15	30	1.96
857052--857271	51	4.3	51	86	0	260	29	25	11	34	1.90
857101--857447	181	1.9	181	87	3	511	29	25	12	32	1.92
857282--857502	51	4.3	52	87	4	324	29	28	11	30	1.92
856971--857633	232	2.9	231	89	0	977	28	26	12	32	1.92
857152--857396	130	1.9	130	90	0	391	29	25	12	32	1.92
857282--857503	102	2.2	102	96	0	408	29	27	12	30	1.93
857514--857630	51	2.3	51	86	2	164	29	27	12	29	1.93
857384--857658	130	2.1	131	93	2	466	28	26	13	31	1.94
857613--857686	28	2.6	28	87	8	98	24	28	18	28	1.98
857672--857790	51	2.3	51	88	0	175	26	26	15	31	1.96
857483--857810	158	2.1	159	81	4	387	26	26	14	32	1.95
860045--860162	59	2.0	59	100	0	236	27	15	18	38	1.91
861579--861626	25	2.0	25	84	12	64	68	2	4	25	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863298--863335	14	2.6	15	87	8	60	13	7	0	78	0.94
863282--863325	24	1.9	22	86	9	61	11	6	0	81	0.86
868882--868933	27	1.9	27	84	7	70	26	15	5	51	1.65
872102--872134	15	2.2	15	100	0	66	27	24	15	33	1.95
872504--872984	54	9.1	52	75	12	394	52	5	2	39	1.38
872557--872650	46	2.1	45	87	2	134	52	6	2	39	1.39
872663--872982	107	3.0	107	82	6	371	53	5	2	38	1.38
872942--873022	41	2.0	41	85	2	110	51	8	1	38	1.41
873151--873187	17	2.1	18	90	5	58	51	0	2	45	1.15
873211--873309	22	4.6	22	66	7	60	38	9	8	44	1.66
873341--873753	54	7.9	53	78	10	374	38	1	6	53	1.37
873343--873753	208	2.0	208	83	7	523	37	1	6	53	1.37
873333--873753	106	4.0	103	82	8	458	38	1	6	53	1.38
873459--873749	159	1.9	155	87	3	413	38	1	6	52	1.38
874049--874074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
873959--874178	104	2.1	104	98	0	422	33	14	17	34	1.90
874153--874178	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
874490--874543	23	2.3	23	90	0	81	48	22	18	11	1.79
874502--874545	23	1.9	23	100	0	88	47	25	13	13	1.79
880528--880567	21	1.9	21	85	10	55	32	27	0	40	1.57
880529--880579	10	4.9	10	79	13	50	35	23	0	41	1.55
881914--881978	33	2.0	33	84	0	85	26	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882873--882941	20	3.5	19	86	7	77	28	15	15	39	1.89
882969--882993	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
883933--884002	21	3.1	21	64	20	52	42	1	1	54	1.18
883755--884099	49	6.9	52	78	11	305	42	1	3	53	1.25
884410--884448	17	2.3	17	86	8	53	53	0	0	46	1.00
884434--884492	26	2.2	27	84	3	75	49	0	0	50	1.00
884436--884492	27	2.1	28	83	9	73	47	0	0	52	1.00
884467--884506	21	1.9	21	89	0	62	55	0	0	45	0.99
884475--884508	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
885679--885743	18	3.5	18	78	14	60	76	1	13	7	1.06
885843--885925	36	2.3	36	100	0	166	24	24	7	44	1.78
887143--887357	117	1.8	116	84	6	292	27	21	14	36	1.93
888069--888299	122	1.9	123	82	2	295	34	12	16	36	1.87
892633--892657	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
897012--897383	196	1.9	196	92	1	620	34	14	13	36	1.86
900768--900806	20	1.9	21	89	5	62	41	12	2	43	1.56
901603--901656	20	2.6	21	85	2	74	42	12	14	29	1.83
901724--901775	22	2.5	22	87	6	72	28	15	13	42	1.85
903028--903053	12	2.2	12	100	0	52	42	7	23	26	1.81
905890--905924	13	2.5	13	90	9	52	85	0	14	0	0.59
907967--908005	17	2.3	17	95	0	69	58	5	10	25	1.51
909098--909124	14	1.9	14	100	0	54	14	7	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909925--909980	17	3.2	16	76	18	51	60	3	1	33	1.24
910005--910036	17	1.9	16	93	6	55	59	0	3	37	1.13
910004--910086	19	4.9	16	76	16	62	55	1	1	42	1.15
910004--910087	31	2.7	31	80	10	91	55	1	1	41	1.15
910248--910294	2	23.5	2	95	0	85	0	53	0	46	1.00
914274--914348	28	2.6	29	82	14	77	46	0	0	53	1.00
914290--914342	20	2.8	19	82	5	63	47	0	0	52	1.00
916941--916980	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
920994--921074	5	16.2	5	73	14	51	65	0	0	34	0.93
920988--921082	30	3.2	29	73	16	86	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7