genome.fa.s480.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold480
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  956445

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661142--661629	61	7.5	68	82	9	467	19	34	13	32	1.90
661274--661456	27	6.2	27	73	17	141	20	36	12	30	1.90
661361--661609	99	2.5	96	85	4	338	20	34	13	31	1.91
661624--661986	32	11.2	33	88	4	510	28	32	17	20	1.96
661628--661993	65	5.7	64	89	3	513	28	32	18	20	1.96
661624--661979	97	3.7	96	89	3	500	28	32	18	20	1.96
661986--662267	43	5.9	48	80	12	332	25	24	17	32	1.97
661981--662266	92	3.1	92	92	3	457	25	25	17	32	1.97
662167--662288	52	2.3	55	85	4	178	25	24	13	36	1.93
663111--663167	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
663089--663186	19	5.7	19	71	27	94	32	12	16	38	1.86
663091--663188	32	3.0	32	96	1	178	33	12	16	37	1.86
663207--663356	52	2.9	50	87	5	201	34	17	17	30	1.93
668199--668469	79	3.4	80	80	6	284	33	13	25	27	1.93
668404--668536	51	2.6	51	79	10	162	32	9	26	31	1.89
670893--670918	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
670971--671020	19	2.6	19	90	0	73	38	18	12	32	1.87
671880--672283	61	6.8	61	81	10	371	26	20	26	26	1.99
671880--672310	122	3.7	120	82	8	493	26	20	26	26	1.99
672164--672248	28	3.1	28	61	10	66	18	21	31	28	1.97
672124--672305	55	3.3	55	89	2	269	20	21	28	29	1.98
672324--672630	55	5.4	55	83	6	362	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672115--672515	209	1.9	204	86	4	563	24	20	28	26	1.99
672050--672543	264	1.9	265	88	4	766	24	20	28	26	1.99
672324--672630	115	2.7	110	84	5	389	24	20	27	27	1.99
672005--672729	325	2.2	321	88	4	1046	25	19	28	26	1.99
673705--673780	1	76.0	1	73	0	53	0	5	9	85	0.73
673702--673780	13	6.1	13	82	4	79	0	6	8	84	0.76
673706--673780	12	5.9	12	77	10	78	0	5	9	85	0.74
673712--673778	23	2.8	24	86	4	82	0	4	10	85	0.74
681959--681994	13	2.8	13	91	0	63	25	16	11	47	1.79
688583--688784	79	2.6	79	81	3	210	30	17	26	25	1.97
688800--688922	51	2.4	53	78	5	144	32	9	25	32	1.88
691625--691650	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
693877--693921	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
695725--695755	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
697835--697873	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
700417--700442	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
701210--701235	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
701288--701350	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
701281--701352	32	2.2	32	97	0	135	36	16	12	34	1.87
701307--701331	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
707208--707265	20	2.9	20	81	0	71	44	15	8	31	1.76
708535--708559	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708515--708582	33	2.1	33	86	8	95	38	14	14	32	1.87
710543--710749	79	2.6	79	83	1	245	28	16	30	24	1.97
710701--710777	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
710760--710981	52	4.3	51	80	2	228	31	11	26	30	1.91
710964--711039	27	2.8	28	85	2	100	19	21	35	23	1.96
713516--713541	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
713661--713779	21	5.7	21	93	2	186	39	15	11	32	1.84
714448--714543	43	2.3	42	83	5	113	47	14	20	16	1.82
714567--714656	26	3.3	26	72	14	83	21	18	31	28	1.97
714521--716090	55	27.4	55	84	8	1624	23	20	28	27	1.99
714595--714732	26	5.0	27	65	21	81	20	21	30	28	1.98
714567--714711	26	5.3	26	66	21	73	20	19	31	28	1.97
714520--716056	171	9.0	167	89	4	1786	23	20	28	27	1.99
714521--716090	116	13.7	110	84	7	1611	23	20	28	27	1.99
722309--722363	28	1.9	29	88	3	85	32	18	27	21	1.96
722456--722677	52	4.3	51	83	2	264	32	12	25	29	1.92
726779--726817	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
732033--732082	20	2.4	21	75	24	52	34	0	6	60	1.21
732088--732127	16	2.3	18	87	12	57	55	0	0	45	0.99
732137--732174	17	2.3	17	81	4	51	21	0	5	73	1.02
732918--732975	11	5.7	10	72	23	50	44	0	1	53	1.10
732855--733083	123	1.9	124	83	9	308	44	1	0	53	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733337--733682	181	1.9	183	83	3	448	45	4	6	43	1.49
733992--734023	17	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
734416--734696	151	1.9	151	86	0	400	47	4	15	32	1.67
734691--734739	14	3.3	14	76	15	53	51	0	0	48	1.00
734769--734802	17	1.9	18	94	5	61	26	5	0	67	1.13
738378--738451	20	3.7	21	82	7	91	37	14	13	33	1.86
738374--738451	40	2.0	39	85	7	104	38	15	12	33	1.85
738994--739510	57	9.0	57	79	8	543	24	17	29	28	1.97
738994--739510	28	18.0	28	81	9	528	24	17	29	28	1.97
740744--740781	20	1.9	20	84	10	51	5	2	10	81	0.94
744611--744662	15	2.9	18	76	23	65	32	11	13	42	1.80
744611--744691	35	2.4	34	83	8	94	30	12	16	40	1.85
744675--744775	32	3.1	32	91	1	157	34	17	11	35	1.87
744703--744755	13	3.6	13	73	26	52	33	18	13	33	1.90
744680--744776	19	5.7	18	68	27	70	35	17	12	35	1.87
745567--745693	67	1.9	68	85	1	175	39	12	24	23	1.89
745643--746706	43	22.6	52	78	13	493	31	17	25	24	1.97
745750--746724	43	21.1	43	78	12	879	30	17	26	24	1.97
745706--746724	92	11.0	92	86	7	1194	30	17	26	24	1.97
745706--746724	279	3.7	272	84	8	1216	30	17	26	24	1.97
746579--746645	22	3.1	22	65	26	61	28	19	26	25	1.99
746585--746652	21	3.2	21	64	25	52	27	19	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746719--746903	33	5.7	33	85	6	254	21	18	31	28	1.97
746712--746903	65	3.0	64	87	6	275	20	18	32	29	1.96
746721--746903	97	1.9	96	88	3	278	20	18	31	28	1.97
746773--747061	29	9.6	30	80	8	207	22	16	31	29	1.96
746916--747062	59	2.5	59	92	0	240	23	17	31	27	1.97
748027--748080	24	2.2	24	87	6	74	0	11	7	81	0.87
755427--755524	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
755422--755522	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
755446--755502	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
769064--769138	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
769061--769138	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
770804--770900	47	2.1	47	92	0	158	41	25	7	25	1.81
773383--773654	130	2.1	132	83	2	343	37	11	9	41	1.74
775838--775875	11	3.5	11	85	7	51	47	2	2	47	1.30
778097--778133	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30
780457--780546	19	5.1	18	70	22	66	37	11	15	35	1.83
780503--780527	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
780482--780559	32	2.4	32	93	0	129	34	12	16	35	1.87
780578--780603	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
782938--783330	51	7.6	51	73	9	289	29	25	12	32	1.92
782938--783170	101	2.3	101	88	2	333	30	24	10	33	1.90
783261--783437	79	2.2	79	91	2	293	25	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783392--783465	28	2.6	28	93	0	121	21	31	21	25	1.98
783421--783597	79	2.2	79	86	0	246	26	27	14	31	1.95
783312--783544	107	2.2	107	84	3	290	25	28	16	29	1.97
799619--799682	16	3.9	15	84	15	74	85	9	1	3	0.76
799636--799682	21	2.2	21	88	7	69	87	10	2	0	0.63
799619--799682	27	2.4	26	84	7	83	85	9	1	3	0.76
800666--801216	55	9.5	59	83	8	552	25	27	21	26	1.99
800666--801217	116	4.8	114	80	11	572	25	27	21	26	1.99
801234--801533	55	5.3	55	89	4	431	28	28	21	22	1.99
801234--801590	55	6.3	57	83	8	367	27	27	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7