genome.fa.s492.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold492
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  781693

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318--482	51	3.2	51	78	5	181	28	23	13	34	1.93
554--627	28	2.7	28	79	6	80	20	27	21	31	1.98
610--780	51	3.4	51	82	3	209	29	29	12	29	1.93
13080--13162	1	83.0	1	73	0	67	86	8	2	2	0.74
13080--13161	9	8.8	9	84	11	103	86	8	2	2	0.74
13079--13162	17	4.9	16	81	14	89	85	9	2	2	0.77
14255--14385	55	2.4	55	88	2	183	28	29	20	22	1.98
14310--14763	172	2.8	153	86	7	455	26	26	19	27	1.99
14541--14627	28	3.1	27	62	4	66	26	24	20	28	1.99
14456--15015	61	9.5	61	79	11	557	25	25	20	28	1.99
14456--15015	117	4.8	116	79	11	545	25	25	20	28	1.99
14457--15009	172	3.2	172	85	6	716	25	25	20	27	1.99
14980--15163	82	2.2	82	81	8	221	20	25	12	41	1.87
15171--15473	61	5.1	61	78	10	286	23	26	20	29	1.99
15169--15472	122	2.5	122	80	7	322	23	26	20	28	1.99
15469--15664	45	4.6	43	73	17	144	19	26	12	41	1.87
15438--15625	83	2.3	83	86	0	268	20	26	13	39	1.90
15718--15804	41	2.1	42	84	4	113	19	22	11	45	1.82
18299--18467	51	3.3	51	80	1	187	28	26	13	31	1.93
18451--18527	28	2.8	28	90	4	111	23	29	18	28	1.97
18561--18615	28	2.0	28	89	7	85	23	25	16	34	1.95
18620--18789	51	3.3	51	84	0	205	30	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18403--18691	110	2.7	107	77	5	303	27	24	13	33	1.94
22537--22588	20	2.6	20	100	0	104	38	19	15	26	1.91
22576--22601	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22556--22621	33	2.0	33	88	5	98	40	18	13	27	1.88
22469--22685	117	1.8	118	95	1	391	35	17	17	29	1.93
22654--22718	33	2.0	33	84	6	87	41	18	12	27	1.86
27685--27733	25	2.0	25	100	0	98	32	20	16	30	1.94
28894--28932	13	3.0	13	96	0	69	33	15	15	35	1.89
29043--29088	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
30540--30582	22	2.0	20	86	8	59	18	9	13	58	1.62
31475--31526	20	2.6	20	100	0	104	38	19	15	26	1.91
31514--31539	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
31494--31559	33	2.0	33	88	5	98	40	18	13	27	1.88
34099--34354	78	3.2	78	82	4	300	30	13	28	27	1.94
34312--34382	28	2.5	29	86	6	101	28	18	30	22	1.97
34253--34703	107	4.2	107	86	4	633	33	13	26	27	1.93
34417--34493	28	2.7	29	84	7	106	29	18	28	23	1.97
34524--34599	28	2.8	28	79	2	91	28	18	27	25	1.98
37005--37138	50	2.7	50	90	1	198	39	14	18	26	1.90
37669--38671	61	16.4	61	85	4	1285	28	19	26	25	1.99
39629--39671	11	4.1	10	81	18	52	0	9	4	86	0.71
52256--52317	28	2.3	27	86	8	81	30	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52045--52294	78	3.2	78	80	7	283	33	14	24	28	1.94
52267--52424	28	5.8	28	69	8	121	34	14	26	24	1.94
52172--52535	107	3.4	107	88	2	502	32	14	26	26	1.95
52461--52531	28	2.5	28	82	11	92	23	16	35	23	1.95
54805--54919	49	2.3	50	95	1	205	40	16	18	25	1.91
58048--58432	153	2.5	153	79	2	405	39	19	15	25	1.91
60026--60067	10	3.7	11	85	14	59	0	23	0	76	0.79
60031--60055	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
60022--60060	15	2.5	15	83	4	51	0	23	0	76	0.78
60026--60069	24	1.9	22	90	9	70	0	25	0	75	0.81
60028--60069	11	3.6	11	79	20	50	0	23	0	76	0.79
60475--60512	20	1.9	20	88	0	58	7	15	36	39	1.77
60702--60893	64	3.2	62	75	18	215	7	16	13	63	1.50
60774--60876	53	1.9	53	90	0	161	5	14	13	66	1.43
63790--64032	85	2.9	85	82	3	283	47	12	19	20	1.81
63852--63987	43	3.2	42	73	6	130	46	12	21	19	1.83
64061--64485	44	9.8	44	74	8	185	42	16	20	20	1.89
64189--64594	87	4.7	88	76	5	324	43	16	21	19	1.88
64142--64594	44	10.4	44	73	8	266	42	15	21	20	1.88
64142--64594	88	5.2	87	75	5	344	42	15	21	20	1.88
64280--64585	132	2.3	131	79	2	328	42	14	22	19	1.88
75546--75629	1	84.0	1	80	0	78	0	7	4	88	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75548--75629	24	3.2	25	81	15	96	0	7	4	87	0.65
88325--88835	141	3.6	141	86	2	632	44	10	9	34	1.73
88327--88775	142	3.2	141	88	1	632	44	10	9	35	1.72
90232--90950	171	4.3	164	84	6	858	51	7	8	32	1.60
90242--90950	334	2.1	331	83	7	898	50	7	8	33	1.61
96140--96177	11	3.4	11	92	3	58	73	0	23	2	0.95
98093--98133	22	2.0	22	90	9	68	34	9	12	43	1.75
98337--98702	129	2.8	126	84	4	471	33	11	13	41	1.80
102397--102422	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
104054--104098	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
105900--105930	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
108009--108034	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108155--108201	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
110573--110598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110555--110618	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
115855--115983	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
115992--116016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116060--116143	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
116068--116130	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
116060--116145	32	2.7	32	96	0	163	37	17	12	32	1.88
120695--120737	20	2.0	22	91	8	72	37	4	18	39	1.72
121391--121415	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121375--121440	33	2.0	32	85	11	89	33	13	18	34	1.90
121512--121680	84	2.0	84	89	2	259	20	22	30	26	1.98
123280--123352	32	2.3	32	90	0	119	35	17	12	34	1.88
123320--123373	21	2.7	20	77	8	65	35	14	12	37	1.85
127800--127947	80	1.8	79	83	11	194	32	16	24	26	1.96
127866--127967	52	2.0	52	94	0	177	33	17	22	26	1.96
127800--128040	131	1.8	132	90	2	387	33	15	24	26	1.95
127924--128296	79	4.7	79	78	5	367	34	12	25	27	1.93
127918--128296	158	2.4	157	79	6	426	33	13	25	27	1.93
131296--131471	62	2.8	63	87	2	232	32	17	24	26	1.96
131549--131647	42	2.3	43	85	1	128	38	14	24	23	1.91
131629--131927	121	2.5	121	86	4	428	27	19	27	25	1.99
131629--131954	59	5.4	60	82	6	385	27	19	26	26	1.99
132920--132987	10	6.9	10	81	6	77	1	8	4	85	0.79
132920--132987	20	3.5	19	86	6	91	1	8	4	85	0.79
132924--132987	29	2.2	29	86	5	85	1	7	4	85	0.78
142956--142980	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
143024--143088	19	3.7	19	75	23	79	36	16	12	33	1.87
143904--144875	43	20.1	49	79	11	892	32	17	25	25	1.97
143970--144530	92	5.9	92	88	4	708	30	18	25	25	1.98
144336--144649	109	3.0	106	92	4	521	35	15	24	24	1.94
144622--144690	22	3.2	22	63	19	54	33	15	23	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144881--145283	32	12.5	32	84	7	512	19	19	33	27	1.96
144881--145290	97	4.2	96	84	6	510	19	19	33	28	1.96
144881--145318	129	3.4	129	95	1	751	19	19	32	28	1.96
144877--145326	32	14.1	29	77	9	144	21	18	32	27	1.97
145292--145398	37	2.9	36	77	5	117	35	12	29	22	1.90
145370--145453	31	2.7	31	92	0	141	25	16	35	22	1.95
146405--146452	1	48.0	1	78	0	51	0	4	6	89	0.58
146397--146441	20	2.2	20	88	7	65	0	6	6	86	0.70
153806--153835	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
157638--157681	4	11.2	4	85	4	63	70	0	4	25	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6