genome.fa.s492.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold492
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  781693

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159634--159792	79	2.0	81	87	2	232	32	13	25	28	1.93
159656--159831	79	2.2	79	84	8	216	28	15	27	27	1.96
159669--159926	131	2.0	131	87	4	378	33	15	23	27	1.95
159809--159962	79	1.9	79	84	5	204	36	14	22	27	1.92
159710--160011	130	2.3	129	80	6	333	33	13	24	28	1.93
164448--164481	3	11.3	3	93	0	59	38	0	32	29	1.58
172381--173124	52	14.5	51	78	6	526	25	20	20	32	1.97
172426--173139	103	7.0	103	78	7	537	25	20	20	33	1.97
172355--173120	155	5.0	153	78	5	681	25	20	20	33	1.97
173232--173341	47	2.4	47	85	1	141	30	13	17	39	1.88
173631--173735	33	3.0	35	87	4	133	37	10	16	36	1.83
174132--174162	16	1.9	16	93	0	53	38	6	25	29	1.81
174855--174911	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
174967--175034	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
174988--175012	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
174969--175031	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
175074--175099	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
175054--175120	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
177551--177623	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
177606--177776	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
177437--177776	105	3.2	105	69	12	273	30	26	11	31	1.92
177759--177840	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181285--181357	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
181303--181378	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
181285--181378	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
181417--181442	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185505--185543	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
187549--187626	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
187615--187639	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
190089--190161	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
190107--190182	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
190089--190182	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
190221--190246	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
200237--200303	15	4.4	15	78	10	73	86	4	8	0	0.69
200234--200287	1	54.0	1	81	0	63	90	5	3	0	0.53
201269--203046	55	32.3	55	93	1	2779	28	29	20	21	1.98
201452--201540	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
201646--201733	26	3.3	26	67	14	70	28	32	18	20	1.96
201869--202006	27	5.0	27	60	16	68	28	29	19	21	1.98
202419--202556	27	5.0	27	60	16	68	28	29	19	21	1.98
202772--202915	29	5.2	29	64	21	101	29	33	18	18	1.95
203642--203683	1	42.0	1	95	0	66	95	0	0	4	0.28
203646--203688	20	2.2	20	100	0	86	90	0	0	9	0.45
203687--203743	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203799--203866	19	3.9	18	74	21	74	36	11	13	38	1.81
203801--203863	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
203906--203931	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
203886--203952	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
206406--206478	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
206461--206631	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
206614--206695	28	2.9	28	80	7	87	25	30	15	28	1.96
211244--211314	33	2.1	34	84	5	90	70	1	28	0	0.96
211282--211321	19	2.0	20	90	4	64	72	2	25	0	0.97
212952--212981	15	2.0	15	100	0	60	20	6	20	53	1.67
217984--218057	20	3.7	20	77	0	94	32	14	10	41	1.81
217951--218104	50	3.3	50	68	22	125	31	15	10	42	1.81
219479--219503	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
221359--221618	81	3.2	81	86	1	353	53	11	15	20	1.71
221653--221710	31	1.9	30	85	3	80	67	8	17	6	1.39
221988--222062	12	6.2	12	78	3	78	56	30	8	5	1.51
223553--223577	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
223533--223596	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
223532--223615	19	4.7	19	80	18	108	33	11	17	36	1.87
223658--223682	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
223691--223819	52	2.5	52	96	0	231	35	17	17	28	1.93
232058--232241	31	5.8	32	82	7	191	23	29	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232148--232755	34	19.1	32	73	16	415	20	32	12	34	1.90
232226--232397	27	5.9	26	70	19	110	20	36	13	29	1.92
232197--232750	61	8.7	62	81	10	586	20	33	12	33	1.91
232533--232592	27	2.2	27	87	0	84	21	35	11	31	1.90
232688--232755	35	1.9	35	91	5	111	19	35	11	33	1.88
232764--232897	32	4.2	31	83	7	171	29	36	17	16	1.92
232760--232888	65	2.0	65	87	4	190	29	36	17	17	1.92
232936--233298	43	8.0	43	75	14	316	25	26	18	29	1.98
232885--233356	92	5.0	92	92	1	705	24	26	18	30	1.97
233049--233116	21	3.2	20	66	25	50	26	30	14	27	1.95
233259--233412	53	2.8	54	90	2	229	20	23	18	37	1.95
234268--234292	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234247--234349	19	5.7	19	80	14	128	33	10	17	37	1.84
234392--234416	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
240744--240788	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
242592--242622	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
244701--244739	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
244861--244907	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
244863--244905	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
247278--247303	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
249480--249510	14	2.1	15	94	5	55	9	12	6	70	1.31
252088--252139	20	2.7	20	90	3	79	40	15	13	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256195--256224	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
256184--256224	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
258232--258311	20	3.8	20	73	15	79	30	13	15	41	1.85
258298--258335	13	2.9	13	88	11	60	31	18	18	31	1.95
258453--258498	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
260903--260928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
260885--260948	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
266347--266601	129	2.0	129	88	0	384	41	10	22	24	1.86
266783--266819	12	3.0	13	84	11	51	70	0	5	24	1.08
267541--267743	78	2.6	78	87	0	291	28	24	13	33	1.93
267541--267760	77	2.8	78	85	1	298	29	24	13	32	1.93
268463--270627	42	51.5	42	72	9	1000	16	26	16	39	1.91
269383--269738	178	2.0	176	83	7	443	19	27	14	37	1.91
270562--270704	76	1.9	76	82	5	182	14	27	17	40	1.89
270620--270727	42	2.6	42	80	2	101	18	25	18	37	1.93
271305--271363	30	1.9	31	86	13	86	50	1	0	47	1.11
273282--273333	20	2.6	20	87	0	77	32	11	17	38	1.85
279795--279844	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
281882--281931	19	2.6	19	87	3	64	32	14	18	36	1.90
281964--282038	20	3.7	19	76	13	71	33	14	16	36	1.89
294283--294411	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
294283--294431	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294420--294444	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
294485--294551	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
294507--294531	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
297074--297196	51	2.4	52	86	5	169	33	24	10	31	1.89
297074--297196	53	2.4	51	86	5	167	33	24	10	31	1.89
297180--297254	27	2.7	27	87	2	96	25	32	18	24	1.97
297207--297381	79	2.2	79	81	4	201	26	25	15	32	1.95
297318--297476	51	3.1	51	85	3	196	28	25	13	32	1.93
297746--297812	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
298270--298295	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6