genome.fa.s503.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold503
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  995855

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168702--168726	8	3.1	8	100	0	50	72	0	0	28	0.86
168693--168750	30	2.0	29	83	10	73	67	0	1	31	1.01
168754--168799	24	2.0	23	84	16	60	56	2	2	39	1.24
168808--168856	24	2.0	24	92	7	82	46	4	0	48	1.20
168962--168996	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
172674--173156	63	7.8	63	89	1	582	17	4	46	30	1.70
173252--173390	66	2.1	66	83	2	172	25	4	46	23	1.71
173272--173395	66	1.9	66	93	0	212	24	4	46	25	1.69
173472--173612	51	2.8	48	80	8	131	14	8	46	30	1.74
173508--173639	51	2.7	48	78	9	131	10	9	50	29	1.67
174849--174883	15	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
175118--175180	22	2.8	22	80	9	74	57	0	0	42	0.99
175116--175180	24	2.8	24	77	17	66	56	0	0	43	0.99
179897--179956	5	11.6	5	75	19	52	75	1	3	20	1.04
179897--179956	11	5.3	11	77	13	59	75	1	3	20	1.04
183427--185163	48	36.2	48	75	6	1136	30	4	41	24	1.74
183915--183997	27	3.3	25	67	19	66	26	6	46	20	1.73
184374--184407	15	2.2	16	89	5	52	20	5	50	23	1.70
183427--185163	96	18.1	96	76	5	1297	30	4	41	24	1.74
185803--185951	34	4.4	34	93	0	253	42	30	6	20	1.78
186119--186372	34	7.5	34	93	0	427	43	30	6	19	1.77
185665--186267	316	1.9	316	98	0	1179	36	25	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190445--190491	19	2.5	19	85	0	67	36	17	21	25	1.94
190847--191021	34	5.1	34	83	0	206	45	18	3	32	1.66
193348--193379	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
196094--196174	21	3.8	21	78	6	74	59	1	2	37	1.19
196346--196402	29	2.0	28	82	3	69	50	1	5	42	1.35
200398--200437	19	2.1	19	95	0	71	35	25	12	27	1.92
201142--201267	63	2.0	63	100	0	252	38	15	20	25	1.92
208080--208130	21	2.4	21	83	3	66	41	0	0	58	0.98
208106--208166	31	2.0	30	81	9	70	49	0	0	50	1.00
208673--208716	11	3.8	11	79	8	52	34	0	0	65	0.93
208663--208709	19	2.5	19	86	10	69	36	0	0	63	0.94
208981--209010	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
213823--213847	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
217172--217212	20	2.0	21	85	9	57	36	4	7	51	1.51
219071--219115	16	3.0	16	78	15	51	40	6	4	48	1.49
219182--219248	26	2.5	27	72	20	68	47	5	7	38	1.56
220598--220652	18	3.2	17	79	20	62	40	0	1	58	1.09
220598--220664	17	4.2	16	74	22	52	41	0	1	56	1.08
220786--220864	31	2.5	31	85	4	97	34	8	16	40	1.80
224750--226039	643	2.0	643	99	0	2553	32	14	21	31	1.94
230554--230623	24	2.8	25	89	6	99	44	25	8	21	1.80
230608--230676	27	2.5	27	88	6	95	46	23	7	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230556--230681	24	4.9	25	80	9	89	46	24	7	21	1.76
235146--235215	24	2.8	25	87	6	90	44	24	8	22	1.81
235200--235270	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
235148--235273	24	4.9	24	75	12	83	46	24	7	22	1.77
238459--238508	23	2.2	23	82	7	57	30	0	4	66	1.10
238872--238929	23	2.5	23	83	5	64	44	8	5	41	1.57
238934--238972	20	2.0	20	100	0	78	46	17	5	30	1.70
239070--239106	17	2.2	18	90	9	60	54	0	0	45	1.00
240717--240801	35	2.4	35	84	5	100	27	0	3	69	1.05
240695--240743	18	2.7	19	69	30	52	26	2	4	67	1.19
240717--240801	36	2.4	36	84	5	102	27	0	3	69	1.05
240701--240834	17	7.8	16	67	14	52	28	0	5	65	1.19
241754--241795	20	2.1	20	90	0	66	61	0	0	38	0.96
242659--242796	58	2.4	55	79	10	136	29	9	12	48	1.72
243019--243199	75	2.4	74	77	10	177	35	14	14	35	1.87
243232--243336	39	2.7	39	92	2	176	22	13	25	38	1.91
243232--243357	39	3.3	38	83	9	157	23	13	25	37	1.92
246816--246885	35	2.0	35	88	0	104	28	14	11	45	1.79
252531--252565	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
252844--252885	13	3.2	13	77	16	50	4	21	0	73	1.01
258238--258277	11	3.5	11	83	10	53	47	0	0	52	1.00
258246--258278	13	2.4	14	90	5	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260748--260788	21	2.0	21	90	9	66	65	4	2	26	1.25
262683--262739	16	3.6	17	75	17	52	52	0	1	45	1.11
262695--262751	30	2.0	28	86	6	78	56	0	0	43	0.99
263282--263364	13	5.5	13	70	27	58	34	13	14	37	1.85
263280--263364	32	2.7	31	94	1	152	34	12	14	38	1.84
263409--263433	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
263442--263570	52	2.5	52	88	0	204	35	15	17	31	1.91
264422--264464	21	2.2	19	91	8	68	20	18	18	41	1.90
266932--266967	16	2.2	17	90	5	56	36	8	0	55	1.30
271738--271767	15	1.9	16	93	6	53	30	6	10	53	1.60
274918--274942	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
274898--274962	33	2.0	32	85	11	87	33	18	13	33	1.90
274992--275049	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
275033--275057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
275774--275828	20	2.7	21	83	5	69	32	12	12	41	1.81
280855--280896	22	2.0	20	82	13	50	50	0	19	30	1.48
281163--281215	20	2.7	20	75	21	58	54	16	1	26	1.53
287199--287250	20	2.6	20	84	6	61	36	19	13	30	1.90
287279--287334	19	2.9	19	86	2	76	35	17	14	32	1.90
287640--287687	19	2.5	19	96	0	87	31	10	18	39	1.85
287717--287775	21	2.8	21	100	0	118	38	16	10	33	1.83
287762--287823	13	5.2	13	76	21	64	33	16	14	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287741--287822	34	2.4	34	97	0	155	35	17	12	35	1.87
294301--294332	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
295084--295125	16	2.6	16	85	7	59	40	28	19	11	1.87
295599--295628	16	1.9	15	93	6	51	53	3	16	26	1.59
296020--296046	13	2.1	13	100	0	54	18	0	0	81	0.69
298029--298054	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298116--298188	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
298093--298188	41	2.3	43	94	3	169	29	18	12	39	1.88
300631--300668	13	2.9	13	96	0	67	34	15	18	31	1.92
306823--306848	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
306910--306982	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
306887--306982	41	2.3	43	94	3	169	29	18	12	39	1.88
309217--309466	135	1.9	135	82	3	324	49	5	8	37	1.55
310673--310746	16	4.5	17	75	11	75	59	10	0	29	1.31
311811--311881	33	2.3	30	83	9	81	40	1	0	57	1.07
313487--313517	13	2.4	13	94	0	53	54	6	0	38	1.26
315347--315375	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
315726--315750	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
316767--316799	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
318902--318935	14	2.4	14	90	0	50	79	0	8	11	0.94
319100--319125	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
319454--319487	18	1.9	18	88	5	52	67	20	2	8	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320637--320665	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
320637--320672	18	2.0	18	88	0	54	80	5	0	13	0.88
323193--323238	23	2.0	24	87	12	69	41	0	6	52	1.27
324419--324451	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
324943--324987	20	2.3	19	85	11	56	64	0	4	31	1.13
324969--325020	9	5.7	9	76	10	52	55	0	1	42	1.10
324976--325043	33	2.1	33	83	10	86	52	2	2	41	1.31
327145--327210	33	2.0	33	85	11	91	53	0	0	46	1.00
327133--327282	27	5.2	29	70	20	91	57	0	1	41	1.07
327159--327218	17	3.7	15	74	22	50	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7