genome.fa.s503.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold503
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  995855

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648762--648792	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
652861--652886	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
652840--652904	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
652840--652904	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
659417--659469	19	2.7	20	91	2	81	32	11	16	39	1.85
661128--661162	9	3.9	9	92	0	61	40	0	25	34	1.56
664953--664979	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
668530--668602	33	2.2	34	85	9	98	17	8	0	73	1.06
671361--671407	2	23.5	2	80	8	51	51	2	4	42	1.33
677581--677625	20	2.2	20	88	7	65	6	13	8	71	1.31
677939--677969	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
679401--679433	8	4.1	8	88	11	50	54	12	0	33	1.37
683073--683112	20	2.0	20	95	0	71	47	5	17	30	1.69
684096--684136	20	2.1	20	86	4	57	51	0	0	48	1.00
688020--688073	1	54.0	1	77	0	54	0	1	9	88	0.58
688020--688073	18	3.1	17	86	7	72	0	1	9	88	0.58
688027--688073	13	3.8	12	94	5	76	0	0	10	89	0.49
691975--692037	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
691994--692018	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
691973--692045	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
692062--692103	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
694485--694661	79	2.2	79	90	0	273	27	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703892--704354	79	5.9	79	78	7	390	33	13	25	27	1.93
706702--706822	20	6.8	20	69	24	108	43	14	14	28	1.83
706702--706822	53	2.3	53	84	5	147	43	14	14	28	1.83
706753--706784	13	2.5	13	94	0	55	43	15	12	28	1.83
706702--706804	33	3.1	33	91	0	170	43	13	13	29	1.82
707356--707395	20	2.0	21	85	5	55	62	0	7	30	1.23
707768--707808	20	2.0	20	85	0	55	46	2	7	43	1.44
710372--710429	27	2.1	27	93	0	98	25	15	5	53	1.63
711180--711209	14	2.1	15	93	6	53	36	0	0	63	0.95
711233--711274	22	1.9	22	85	9	59	59	0	0	40	0.97
711287--711342	18	3.1	18	80	7	69	60	0	0	39	0.97
711804--711843	18	2.2	19	86	4	55	65	2	0	32	1.06
718934--718970	16	2.3	16	100	0	74	16	8	13	62	1.54
720493--720529	18	2.1	18	90	5	58	18	13	8	59	1.58
726413--726648	89	2.6	87	80	10	237	38	8	19	32	1.83
728217--728351	50	2.7	49	81	6	164	28	17	14	40	1.88
730689--731237	79	7.0	77	77	8	500	28	23	13	34	1.92
730700--731237	158	3.4	157	85	3	688	28	24	13	33	1.93
731172--731282	51	2.2	51	82	7	129	28	25	14	31	1.95
733378--733413	12	3.0	12	87	0	54	22	5	0	72	1.05
734216--734282	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
734236--734260	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734323--734380	13	4.9	13	72	23	65	29	17	15	37	1.90
734335--734400	20	3.7	20	73	26	83	27	18	15	39	1.90
734323--734401	33	2.4	33	100	0	158	27	17	15	39	1.90
734389--734516	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
748413--749113	61	11.6	60	84	5	794	26	26	18	29	1.98
748413--749077	303	2.2	301	86	3	919	26	26	18	28	1.98
752082--752629	79	6.9	80	80	5	557	29	22	12	34	1.91
752082--752627	158	3.5	155	84	4	668	30	22	12	34	1.91
752090--752629	237	2.3	237	82	7	643	30	22	12	34	1.92
752581--752680	51	2.0	51	88	7	150	32	22	10	36	1.87
752565--752690	51	2.5	49	81	11	146	30	23	11	35	1.89
755997--756659	334	2.0	334	98	0	1272	26	15	16	41	1.88
757096--757129	16	2.1	16	88	0	50	35	2	17	44	1.64
757417--757725	89	3.5	90	75	10	226	39	11	22	26	1.87
757600--757780	89	2.0	89	82	4	222	37	8	23	29	1.85
760120--760169	21	2.5	20	86	3	64	26	18	18	38	1.93
760251--760300	20	2.6	20	84	6	59	36	10	14	40	1.79
761253--761772	67	7.6	67	73	7	335	27	14	27	30	1.95
761300--761693	139	2.8	140	80	2	443	27	14	27	30	1.95
771545--771595	20	2.6	20	90	3	77	41	17	15	25	1.89
771691--771731	21	2.0	21	85	0	55	34	7	4	53	1.50
778728--778764	3	12.3	3	91	0	56	27	32	2	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780448--780474	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
784032--784124	1	93.0	1	100	0	186	0	100	0	0	0.00
788230--788917	350	2.0	350	98	0	1331	35	17	20	27	1.95
797704--797770	34	2.0	33	82	11	82	53	0	1	44	1.09
797710--797793	23	3.6	23	72	20	75	53	0	1	45	1.08
798041--798086	13	3.5	13	82	5	56	43	2	0	54	1.12
798148--798201	17	2.9	18	79	17	58	53	1	0	44	1.11
798338--798378	21	1.9	22	90	5	66	51	0	0	48	1.00
798347--798389	18	2.5	17	76	3	50	48	2	0	48	1.14
798381--798437	29	2.0	29	82	6	71	49	7	0	43	1.29
798485--798556	22	3.5	20	75	14	67	47	0	0	52	1.00
798497--798558	20	3.0	21	70	13	56	45	0	0	54	0.99
798727--798751	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
799194--799221	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
799417--799478	27	2.3	26	83	10	72	48	3	1	46	1.28
799417--799473	26	2.2	25	82	14	64	47	3	1	47	1.29
799417--799520	28	3.9	27	71	19	74	50	2	0	46	1.23
799483--799520	20	1.9	20	89	10	60	52	0	0	47	1.00
799657--799751	21	4.9	19	69	23	65	49	1	0	49	1.07
799647--799755	38	2.8	39	79	9	116	50	1	0	47	1.11
799669--799766	20	4.9	21	69	9	71	52	1	0	46	1.07
799664--799736	16	4.4	17	72	14	62	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799719--799794	29	2.7	29	78	8	77	52	2	1	43	1.23
800492--800550	29	2.0	29	86	0	82	47	8	5	38	1.56
805520--805802	79	3.6	79	85	0	361	35	12	22	28	1.91
805658--806135	130	3.7	129	83	3	558	34	12	23	29	1.91
805884--805981	51	1.9	51	87	0	142	36	6	23	33	1.80
808922--808954	16	2.1	16	100	0	66	30	6	30	33	1.82
810777--810829	20	2.7	20	82	5	63	39	11	16	32	1.85
810860--810919	19	3.1	19	75	13	59	30	13	15	41	1.85
811979--812004	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
813500--813567	20	3.8	20	74	25	87	39	14	19	26	1.90
813521--813579	13	5.0	13	73	23	67	38	15	16	28	1.89
813501--813579	33	2.4	33	100	0	158	39	15	17	27	1.90
813634--813683	21	2.5	21	90	6	77	34	16	12	38	1.85
818993--819049	13	3.9	13	74	24	51	35	15	17	31	1.92
818973--819070	32	3.0	32	93	1	160	34	14	17	33	1.90
819124--819270	53	2.8	51	89	8	208	32	19	19	29	1.96
819144--819270	53	2.4	53	96	1	229	33	18	19	27	1.96
832727--832797	7	9.7	7	79	14	72	87	12	0	0	0.55
832723--832797	17	4.4	16	88	9	105	86	13	0	0	0.57
832727--832797	24	2.9	24	93	2	115	87	12	0	0	0.55
832725--832785	1	61.0	1	80	0	68	90	9	0	0	0.46
834240--834559	29	10.7	29	80	8	265	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834240--834559	86	3.6	85	73	14	268	28	28	16	26	1.97
834448--834579	28	4.7	28	88	4	185	34	28	15	20	1.94
834236--834579	56	5.8	58	73	12	232	29	28	15	26	1.96
834635--835013	48	7.8	49	83	4	460	24	25	18	31	1.97
834630--835004	197	1.9	197	86	1	536	24	25	19	31	1.98
835682--835779	32	3.0	32	93	1	160	35	11	17	35	1.85
835680--835777	19	5.8	18	67	28	72	34	11	17	36	1.85
835820--835844	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
835853--835978	52	2.4	52	94	0	216	35	17	19	26	1.94
840994--841244	79	3.2	79	83	3	308	35	13	20	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7