genome.fa.s503.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold503
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  995855

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841105--841630	130	4.1	130	88	3	690	34	11	23	30	1.91
841177--841294	51	2.3	51	82	0	137	34	11	22	31	1.90
841305--841421	51	2.3	52	85	7	159	31	11	27	29	1.92
841435--841551	51	2.3	52	86	4	166	32	11	26	29	1.92
841486--841721	79	3.0	78	85	4	341	33	13	25	27	1.93
841099--841630	259	2.1	259	85	4	707	34	11	23	30	1.91
841486--841721	78	3.0	77	85	6	323	33	13	25	27	1.93
847607--847645	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
848585--848611	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
848795--848829	17	2.1	18	89	10	56	45	2	2	48	1.32
848796--848852	16	3.8	16	68	20	50	54	1	1	42	1.21
849133--849168	16	2.2	16	90	9	56	47	5	0	47	1.25
849517--849553	20	2.0	20	89	10	60	59	0	0	40	0.97
849906--850744	215	3.9	213	92	0	1356	33	9	7	49	1.63
849906--850744	428	2.0	428	92	1	1396	33	9	7	49	1.63
850476--851024	280	2.0	280	95	0	981	31	10	7	49	1.65
850756--851256	212	2.4	213	92	1	837	33	9	8	48	1.65
850253--851234	495	2.0	494	93	2	1701	32	9	8	48	1.66
851667--851991	165	2.0	165	82	10	405	29	11	8	50	1.67
852563--852639	11	6.4	12	74	14	70	77	0	19	2	0.88
852574--852641	23	3.0	22	81	12	75	75	0	20	4	0.98
854309--854553	97	2.5	95	87	1	364	28	28	11	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858915--859012	2	51.0	2	75	18	75	46	2	3	47	1.29
859806--859957	76	2.0	76	98	0	295	35	11	24	28	1.91
861833--861896	14	4.3	15	71	11	51	29	0	21	48	1.51
866341--866415	38	2.0	38	97	0	141	28	2	22	46	1.65
866906--866965	27	2.2	27	84	0	75	30	40	1	28	1.66
867758--867805	2	24.5	2	95	4	89	47	0	0	52	1.00
869031--869081	24	2.2	23	82	3	57	37	3	5	52	1.44
869296--869346	25	2.1	23	82	13	59	31	3	1	62	1.24
870164--870199	17	2.2	17	95	5	65	69	0	0	30	0.89
870161--870225	17	3.6	16	78	21	58	64	0	0	35	0.94
870211--870309	52	1.9	50	82	8	119	53	1	1	44	1.14
870158--870303	10	14.0	11	72	17	73	57	0	0	41	1.08
871990--872016	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
876763--876891	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
879002--879052	27	2.0	26	81	11	61	25	43	15	15	1.86
880697--880721	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
880785--880809	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
880818--880946	52	2.5	52	93	0	213	36	16	17	30	1.91
884906--884950	15	3.0	15	90	0	63	22	44	4	28	1.72
888531--888555	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
888617--888641	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
888596--888661	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889379--889445	23	2.6	25	72	15	66	41	2	5	49	1.42
889422--889452	16	1.9	16	93	0	53	48	3	3	45	1.34
889643--889707	29	2.3	27	84	5	76	50	1	4	43	1.32
892548--892610	24	2.7	23	81	18	69	65	0	3	31	1.09
892577--892708	20	7.3	19	66	21	70	56	0	0	43	0.99
892610--892665	18	3.4	17	74	25	57	50	0	0	50	1.00
892592--892650	14	4.2	15	79	10	54	54	0	0	45	0.99
893068--893109	21	2.0	21	85	0	57	42	2	2	52	1.27
894188--894240	23	2.3	23	86	3	70	64	0	0	35	0.94
894193--894227	15	2.2	16	85	5	54	62	0	0	37	0.95
894427--894466	20	2.2	19	86	13	57	50	0	0	50	1.00
894481--894539	24	2.6	22	79	15	66	44	0	1	54	1.10
894478--894539	23	2.7	22	73	16	63	45	0	1	53	1.10
894536--894578	20	2.1	20	86	4	59	65	0	0	34	0.93
894507--894578	37	1.9	37	83	10	94	58	0	0	41	0.98
894543--894589	20	2.4	19	82	10	58	61	0	2	36	1.08
895441--895495	21	2.5	22	82	17	69	49	0	0	50	1.00
895428--895488	32	1.9	32	82	0	77	47	0	0	52	1.00
895856--895905	20	2.5	20	81	9	59	44	0	0	56	0.99
896543--896589	20	2.3	21	88	3	69	46	0	0	53	1.00
896569--896619	26	2.0	25	81	14	59	45	0	1	52	1.12
897554--897644	38	2.5	36	77	7	96	51	0	1	47	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897607--897652	22	2.0	23	83	4	58	56	0	0	43	0.99
897840--897870	13	2.4	13	94	0	53	54	0	0	45	0.99
898952--898994	20	2.2	20	88	8	63	46	0	2	51	1.13
899127--899188	23	2.7	23	79	16	60	33	0	8	58	1.28
899237--899292	22	2.6	22	76	17	57	66	1	1	30	1.12
899236--899335	52	1.9	51	88	6	148	63	3	2	32	1.21
899308--899352	24	2.0	22	86	8	63	62	0	0	37	0.96
899258--899381	31	4.0	31	72	22	89	63	2	1	32	1.17
899378--899421	21	2.0	21	86	4	61	45	0	0	54	0.99
900501--900550	23	2.1	24	85	10	68	64	4	2	30	1.23
902881--902905	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
903427--903487	29	2.1	29	81	6	70	60	11	3	24	1.46
903437--903493	29	1.9	30	89	3	89	61	5	3	29	1.35
903877--903929	28	1.9	28	84	3	72	54	0	0	45	0.99
903902--903942	18	2.3	18	84	12	50	58	0	0	41	0.98
904427--904478	15	3.5	15	79	10	61	40	0	0	59	0.97
904665--904695	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
906536--906579	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
911877--911912	18	1.9	19	94	5	65	44	11	5	38	1.63
926470--926505	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
926518--926554	2	18.5	2	94	0	65	48	0	51	0	1.00
930387--930433	2	23.5	2	95	0	85	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933206--933255	25	2.0	25	84	7	66	64	16	6	14	1.48
934204--934578	167	2.3	166	82	4	434	50	9	8	31	1.64
934962--935053	45	2.0	45	89	4	141	44	17	19	18	1.87
934895--935117	112	2.0	113	81	6	267	42	19	21	17	1.90
934889--935304	179	2.3	179	77	5	430	42	19	21	16	1.89
936298--936394	46	2.1	46	80	3	106	8	14	11	65	1.45
936421--936480	31	1.9	31	86	10	86	13	13	20	53	1.72
947668--948201	154	3.5	154	79	8	378	38	18	17	26	1.92
947794--948186	154	2.5	154	83	7	460	38	17	17	26	1.92
948389--948493	29	3.6	30	78	6	108	38	21	2	37	1.69
948292--948465	87	2.0	87	82	4	208	34	18	6	40	1.76
948329--948594	58	4.6	58	74	6	162	39	17	4	38	1.70
950002--950031	14	2.1	14	100	0	60	66	0	0	33	0.92
950166--950705	165	3.3	163	76	8	518	51	9	8	30	1.65
950373--950406	8	4.1	8	92	3	50	61	2	0	35	1.11
950862--950901	21	1.9	21	94	0	71	65	0	2	32	1.06
951855--951909	26	2.1	27	83	6	69	50	0	1	47	1.11
955026--955093	21	3.2	21	75	19	68	13	2	7	76	1.11
955846--955918	33	2.3	32	88	4	103	31	6	17	43	1.75
957439--957479	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
957979--958034	27	2.1	27	87	9	80	51	0	0	48	1.00
957992--958042	22	2.4	21	81	15	61	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958031--958083	19	2.9	18	81	10	54	41	0	0	58	0.98
958054--958091	17	2.2	18	85	4	51	39	0	2	57	1.12
958341--958458	52	2.3	52	85	2	157	28	10	16	44	1.81
958343--958589	52	4.8	52	72	10	128	28	14	17	40	1.88
958585--958704	60	2.0	60	88	0	177	27	13	16	42	1.86
958585--958728	60	2.4	60	82	2	146	27	12	16	43	1.84
958753--958871	51	2.3	51	79	1	148	31	15	15	36	1.90
958910--959007	45	2.2	45	96	0	178	19	8	16	56	1.65
963875--963903	13	2.3	13	94	5	51	0	24	0	75	0.80
963933--963996	22	2.9	22	74	6	58	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7