genome.fa.s56.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold56
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1793205

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5486--5510	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5592--5748	63	2.5	63	85	6	203	32	15	17	33	1.92
6177--6299	41	3.0	41	100	0	246	31	12	19	36	1.89
9062--9096	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
16149--16202	20	2.8	20	88	2	74	27	16	16	38	1.90
16247--16276	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
16232--16296	33	2.0	33	90	6	105	35	13	16	33	1.89
18566--18608	22	2.0	22	86	9	61	44	2	11	41	1.53
20448--20476	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
23776--23842	32	2.1	32	100	0	134	37	26	8	26	1.86
25387--25497	50	2.2	51	88	4	161	44	9	24	22	1.81
26671--26738	35	2.0	35	94	2	120	35	11	23	29	1.90
35070--35095	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37314--37358	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
39161--39200	15	2.7	15	92	0	62	50	15	20	15	1.79
41263--41301	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
41422--41469	21	2.3	21	86	13	64	35	18	4	41	1.70
43107--43147	20	2.0	20	100	0	82	34	4	34	26	1.78
43876--43901	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47333--47389	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
47346--47408	19	3.7	18	74	24	64	33	14	15	36	1.88
47332--47416	32	2.7	32	96	0	152	32	14	16	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50659--50683	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
50637--50703	32	2.1	32	86	8	91	34	14	13	37	1.86
50668--50724	19	3.0	20	79	7	73	35	15	17	31	1.92
50753--50805	20	2.7	20	91	2	81	32	15	16	35	1.90
51400--51430	16	1.9	16	93	0	53	41	22	9	25	1.84
52116--52166	20	2.5	20	93	6	86	35	15	13	35	1.87
57379--57412	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
58976--59029	20	2.7	20	83	11	67	37	18	12	31	1.89
63572--63866	81	3.7	80	78	6	294	28	28	9	33	1.89
65002--65032	10	3.1	10	95	0	53	12	19	25	41	1.87
65135--65189	19	2.8	20	78	13	69	38	14	14	32	1.87
65175--65200	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65688--65735	22	2.2	22	100	0	96	50	14	8	27	1.71
66538--66563	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66518--66584	33	2.0	33	91	5	109	34	19	11	34	1.88
66613--66672	20	3.0	20	82	7	86	36	18	13	31	1.89
66613--66700	19	4.9	19	80	17	107	38	17	14	29	1.89
66653--66710	13	5.0	13	76	23	67	39	15	15	29	1.88
66634--66710	32	2.4	32	100	0	154	40	15	15	28	1.88
75283--75345	33	1.9	33	87	6	92	30	15	15	38	1.89
75378--75465	19	4.9	19	80	17	107	37	17	15	29	1.91
75418--75476	13	5.1	13	76	23	69	40	15	15	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75399--75495	32	3.0	32	95	1	167	41	15	16	26	1.88
83819--83874	19	2.9	19	86	2	76	35	14	17	32	1.90
90887--90912	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
90951--91026	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
90972--91044	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
90951--91044	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
91641--91758	59	2.0	59	100	0	236	28	28	3	38	1.73
93546--93584	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
93570--93648	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
95663--95693	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
99169--99194	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
99233--99308	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
99254--99326	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
99233--99326	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
102521--102548	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
102572--102656	32	2.7	32	88	0	125	36	22	10	30	1.88
103255--103279	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
103231--103297	33	2.0	33	85	5	91	37	19	8	34	1.83
103334--103381	19	2.5	19	93	3	78	37	8	20	33	1.83
103508--103572	21	3.1	21	77	14	71	41	15	3	40	1.63
104391--104464	20	3.7	20	85	0	103	33	14	12	39	1.84
106846--106910	32	2.0	32	96	0	121	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113019--113085	33	2.0	33	88	5	100	35	17	11	34	1.87
113114--113169	19	2.9	19	91	2	94	35	14	19	30	1.91
113154--113180	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
113309--113360	21	2.4	22	84	9	63	46	15	3	34	1.64
114361--114415	22	2.5	22	96	0	101	30	16	9	43	1.79
114554--114608	19	2.9	19	94	0	92	30	16	12	40	1.86
114653--114682	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
114638--114702	33	2.0	33	87	6	96	33	12	18	35	1.88
118315--118340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118296--118360	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
119242--119697	227	2.0	227	99	0	894	33	19	23	22	1.97
122643--122684	15	2.7	16	81	7	50	45	19	19	16	1.86
124750--124774	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
124895--124940	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
127359--127384	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
127340--127404	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
131036--131061	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132921--132964	20	2.1	22	87	8	65	34	4	20	40	1.73
135110--135135	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
135088--135155	33	2.1	33	88	2	102	33	13	17	35	1.89
135196--135281	20	4.6	20	68	20	69	29	13	16	40	1.87
135218--135293	33	2.3	33	95	0	134	30	13	18	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135235--135293	13	5.1	12	72	19	54	32	15	16	35	1.90
135218--135314	33	2.9	33	87	6	108	29	14	18	37	1.91
136809--136882	34	2.1	35	82	7	89	52	12	17	17	1.74
137132--137186	20	2.8	20	88	0	74	32	21	10	34	1.89
137486--137587	50	2.0	50	94	0	177	29	13	10	46	1.77
140968--141023	21	2.7	21	85	0	76	33	25	8	32	1.87
143884--144189	165	1.8	166	81	4	377	29	7	16	46	1.75
144770--144832	30	2.1	30	81	0	72	15	6	25	52	1.66
145256--145778	156	3.4	155	80	5	490	25	16	19	38	1.92
145290--146056	153	5.0	152	79	5	623	25	16	18	38	1.92
148051--148087	3	12.0	3	94	5	65	32	0	0	67	0.91
151219--151284	31	2.1	31	88	0	96	37	0	1	60	1.06
152160--152206	14	3.1	15	81	9	60	53	0	0	46	1.00
152159--152193	18	1.9	18	88	11	54	54	0	0	45	0.99
152874--152924	6	7.4	7	77	20	54	31	0	0	68	0.90
152868--152917	22	2.2	23	89	3	75	32	0	0	68	0.90
152864--152924	28	2.1	29	84	6	79	32	0	0	67	0.91
153572--153604	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
155390--155424	15	2.3	15	90	5	52	85	5	5	2	0.81
156085--156116	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
158581--158605	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
163309--163333	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163399--163423	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163377--163443	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
164315--164636	55	5.8	55	72	14	232	36	14	23	25	1.93
164242--164636	171	2.3	171	93	1	673	36	14	24	24	1.92
164550--165371	49	16.7	49	85	7	1094	32	17	26	24	1.97
164550--165371	101	8.3	101	94	2	1292	32	17	26	24	1.97
165371--165468	33	3.0	33	92	7	164	17	18	36	27	1.93
165364--165472	32	3.4	32	87	9	161	17	17	37	27	1.92
165482--166100	34	18.7	33	88	8	870	29	12	36	21	1.90
165474--166097	66	9.5	66	93	3	921	30	12	36	21	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11