genome.fa.s56.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold56
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1793205

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651120--651156	2	19.0	2	88	5	58	48	0	2	48	1.15
654009--654049	15	2.7	16	81	14	59	41	0	0	58	0.98
660527--660561	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
662281--662483	100	2.0	100	91	3	329	33	12	7	45	1.70
662934--662968	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
665784--665844	32	1.9	32	93	6	106	32	36	3	27	1.73
667267--667300	18	1.9	18	88	5	52	35	5	17	41	1.74
668482--668556	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
668479--668556	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
669084--669638	32	16.8	32	91	6	824	14	18	35	31	1.91
669084--669638	170	3.4	162	89	6	814	14	18	35	31	1.91
669621--670360	27	27.0	27	90	3	1140	27	14	34	23	1.93
669623--670360	110	6.7	109	90	3	1151	27	14	34	23	1.93
669621--670360	137	5.4	135	90	3	1142	27	14	34	23	1.93
677825--677880	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
678791--678865	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
678788--678865	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
680339--680949	79	7.8	77	80	9	578	28	21	10	39	1.86
680339--680949	158	3.9	158	82	5	666	28	21	10	39	1.86
680339--680951	237	2.6	234	83	6	747	28	21	10	39	1.87
683145--683197	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
683322--683394	36	1.9	36	84	13	94	46	1	2	49	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683307--683411	31	3.2	32	71	19	92	48	0	2	47	1.23
683813--683854	18	2.4	18	84	4	50	61	2	7	28	1.35
687617--687678	14	4.0	16	70	21	51	37	0	1	61	1.06
693179--693213	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
693829--693861	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
694945--695148	101	2.0	100	92	2	338	34	12	7	45	1.70
695599--695631	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
698455--698515	32	1.9	32	93	6	106	32	36	3	27	1.73
702120--702180	30	2.0	30	96	0	113	31	18	0	50	1.47
702500--702526	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
702526--702556	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
703608--703634	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
704682--704715	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
708103--708127	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
708115--708166	20	2.6	20	84	6	70	38	15	15	30	1.88
708197--708260	33	2.0	32	84	3	83	39	20	14	26	1.90
717138--717208	20	3.6	19	77	7	70	40	12	11	35	1.79
718005--718899	59	15.2	59	91	3	1244	26	20	27	25	1.99
732386--732612	52	4.4	50	79	7	213	33	11	25	30	1.90
735091--735116	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
735070--735136	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
735156--735223	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735178--735202	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
735159--735221	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
740037--740111	20	3.8	20	76	3	71	41	10	13	34	1.79
740034--740111	40	2.0	39	87	2	111	41	11	12	34	1.80
740802--740826	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
741261--741312	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
742689--742733	22	2.0	22	83	8	56	33	4	31	31	1.78
743289--743313	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
743301--743353	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
748247--748299	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
748287--748311	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
753514--753543	11	2.9	10	90	9	51	86	3	0	10	0.67
754559--755041	137	3.5	136	89	3	718	22	33	14	28	1.94
754559--755041	27	17.6	27	89	4	698	22	33	14	28	1.94
754771--755269	28	17.8	28	85	6	241	25	30	16	27	1.97
755142--755614	32	15.2	32	87	4	539	30	30	18	20	1.96
760181--760210	12	2.5	12	94	0	51	46	16	13	23	1.82
760371--760409	20	2.0	20	84	0	51	28	0	0	71	0.86
761285--761327	18	2.4	18	81	14	54	53	4	0	41	1.21
761416--761449	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
761516--761546	15	2.1	15	94	5	55	22	0	0	77	0.77
761514--761548	14	2.5	13	86	13	52	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761572--761600	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
761697--761741	20	2.3	20	85	11	58	37	2	4	55	1.32
761854--761913	22	2.8	22	80	5	70	58	0	1	40	1.08
761944--761996	20	2.9	17	71	15	52	54	1	1	41	1.22
761944--761998	18	3.0	18	76	21	60	54	1	1	41	1.21
762950--762978	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
764339--764550	101	2.1	101	89	1	327	30	22	18	28	1.98
764340--764550	50	4.2	51	95	0	327	29	22	18	28	1.98
768966--769198	50	4.6	50	93	1	369	30	20	20	29	1.97
772867--772902	18	2.0	18	100	0	72	44	11	5	38	1.63
776585--776643	4	14.8	4	96	0	109	25	27	0	47	1.52
779088--779178	44	2.1	44	95	0	164	42	14	18	24	1.87
782055--782079	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
782351--782385	17	2.1	17	100	0	70	54	11	11	22	1.68
783775--783808	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
784331--784440	54	2.1	49	80	14	116	46	2	3	47	1.34
784408--784464	29	1.9	30	92	7	98	50	3	0	45	1.18
784515--784569	19	2.7	21	83	8	69	49	1	3	45	1.30
784559--784588	15	2.1	14	93	6	51	40	0	0	60	0.97
784969--785008	20	2.0	20	85	14	55	75	2	2	20	1.04
790571--790604	2	17.0	2	93	0	59	0	0	47	52	1.00
797370--797408	19	2.1	18	86	13	53	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797431--797468	20	1.9	19	89	5	58	68	0	7	23	1.16
798303--798431	63	2.0	64	87	1	188	36	15	0	47	1.51
799946--799977	14	2.3	14	94	0	55	40	3	46	9	1.52
801007--801077	31	2.2	33	80	11	78	33	8	1	56	1.38
806391--806491	12	8.3	12	73	20	86	3	17	0	78	0.91
806390--806491	23	4.2	25	77	18	92	3	17	0	78	0.90
806394--806462	23	3.0	23	87	8	95	4	17	0	78	0.91
806390--806491	9	11.4	9	72	18	72	3	17	0	78	0.90
806390--806490	25	4.4	22	71	27	68	3	17	0	78	0.91
806411--806497	20	4.2	21	76	15	60	6	16	0	77	0.98
808408--808471	33	2.0	32	84	9	85	42	17	12	28	1.85
808505--808548	20	2.1	22	87	8	65	43	20	6	29	1.78
814639--814677	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
817178--817229	20	2.7	20	85	11	72	40	17	13	28	1.87
817263--817306	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
819878--819919	21	2.0	21	90	0	66	38	14	9	38	1.78
821581--821665	20	4.3	19	65	21	50	24	9	11	54	1.66
821593--821692	29	3.4	29	70	22	75	25	6	13	56	1.59
821450--821734	58	4.9	58	77	6	220	28	9	12	50	1.71
821794--821912	57	2.1	57	81	6	134	31	7	12	48	1.69
822731--823647	461	2.0	458	94	1	1604	29	16	11	41	1.84
828948--829142	32	6.5	31	79	9	144	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828948--829068	63	1.9	63	85	6	165	24	19	25	29	1.99
828959--829511	28	19.2	29	82	8	485	24	18	27	29	1.98
829062--829534	141	3.4	137	80	6	522	24	17	28	28	1.98
829068--829531	113	4.1	114	82	2	519	25	18	28	28	1.98
829896--829949	28	1.9	28	85	7	74	22	12	27	37	1.91
830819--830864	15	3.0	15	80	3	56	0	2	15	82	0.76
830819--830864	16	2.9	16	81	15	60	0	2	15	82	0.76
837974--838001	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
837954--838019	33	2.0	33	85	5	89	30	15	13	40	1.85
852108--852141	12	2.9	11	91	8	50	88	5	5	0	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11