genome.fa.s56.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold56
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1793205

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1597934--1597959	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1597916--1597979	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
1599968--1599992	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1599945--1600013	33	2.1	33	86	7	97	33	14	15	36	1.89
1602884--1602918	18	2.0	17	88	5	52	0	5	11	82	0.82
1604057--1604088	13	2.5	13	94	0	55	43	12	18	25	1.85
1605293--1605388	44	2.2	44	86	3	140	29	16	10	43	1.81
1606345--1606376	15	2.3	15	89	10	50	59	0	0	40	0.97
1606564--1606673	55	2.0	55	91	3	177	21	21	37	19	1.95
1608875--1608922	24	2.0	24	95	0	87	35	8	31	25	1.85
1610142--1610186	4	11.2	4	95	0	81	48	24	2	24	1.62
1611827--1611881	29	1.9	28	89	10	85	34	7	7	50	1.58
1612004--1612073	21	3.3	20	82	13	79	44	1	2	51	1.25
1612024--1612096	22	3.4	21	71	23	55	42	1	4	52	1.29
1612014--1612079	22	3.1	22	79	18	77	43	1	3	51	1.26
1612228--1612296	31	2.4	27	76	17	75	49	14	5	30	1.67
1612242--1612300	31	1.9	31	96	0	109	52	16	5	25	1.64
1612447--1612478	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1612478--1612519	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
1612943--1613000	28	2.0	29	93	3	100	56	6	3	32	1.42
1612948--1613008	28	2.1	28	90	3	95	59	8	3	29	1.43
1613188--1613287	49	2.0	51	90	3	159	46	11	2	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1614115--1614156	21	2.0	21	90	0	66	35	0	19	45	1.50
1614118--1614164	21	2.2	21	84	0	58	40	0	14	44	1.46
1617130--1617177	20	2.4	20	85	0	69	60	0	0	39	0.97
1617145--1617208	17	3.8	17	72	12	51	56	3	1	39	1.25
1617144--1617208	35	1.9	33	84	12	87	56	3	1	38	1.24
1617975--1618050	5	15.0	5	73	17	52	42	1	1	55	1.16
1620260--1620284	10	2.5	10	100	0	50	20	32	20	28	1.97
1620304--1620329	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1620284--1620349	31	2.1	32	88	8	100	34	13	16	34	1.88
1621055--1621086	16	2.0	16	93	0	55	40	18	6	34	1.76
1622438--1622480	20	2.1	20	82	4	50	4	27	46	20	1.71
1622968--1623007	20	2.0	21	95	5	73	35	15	15	35	1.88
1623132--1623170	8	4.8	8	90	3	60	64	23	0	12	1.28
1627487--1627517	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
1629093--1629161	33	2.1	33	86	5	95	31	13	21	33	1.92
1630665--1630697	16	2.0	17	88	5	50	33	18	6	42	1.75
1630731--1630757	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1631749--1631778	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1633562--1633609	15	3.1	15	82	8	53	62	0	0	37	0.95
1633564--1633608	23	2.0	23	81	0	54	62	0	0	37	0.96
1635550--1635684	2	77.5	2	72	26	112	45	0	0	54	1.05
1635545--1635691	36	4.0	37	81	14	171	44	0	0	55	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1635547--1635698	7	21.7	7	73	20	106	44	0	0	54	1.09
1635547--1635698	12	12.4	12	77	18	122	44	0	0	54	1.09
1635699--1635732	18	1.9	17	88	5	50	5	5	11	76	1.14
1639078--1639147	20	3.5	20	78	1	79	32	11	12	42	1.79
1647081--1647201	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1647081--1647221	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1647210--1647234	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1647310--1647334	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1647288--1647354	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1648254--1648387	43	2.9	45	86	8	191	31	18	23	26	1.98
1648211--1648397	49	3.9	49	82	10	233	33	17	23	26	1.96
1648210--1648387	92	1.9	94	93	3	306	32	17	23	25	1.97
1648449--1648819	52	7.0	52	71	16	199	35	15	24	24	1.94
1648073--1648825	266	2.8	266	98	0	1434	35	15	24	24	1.94
1648520--1648653	43	2.9	45	83	8	182	31	18	24	25	1.98
1648477--1648663	49	3.9	49	81	10	224	33	17	24	25	1.96
1648476--1648653	92	1.9	94	91	3	297	32	17	24	25	1.97
1648678--1648819	55	2.6	55	80	3	164	33	16	23	26	1.95
1648892--1649685	34	22.9	35	86	8	1015	34	11	33	20	1.89
1648897--1649685	245	3.3	242	92	4	1217	33	11	33	21	1.89
1650700--1650735	16	2.2	17	90	9	58	0	5	8	86	0.72
1650975--1651056	1	82.0	1	75	0	74	4	0	7	87	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1650976--1651056	20	4.0	20	85	10	94	4	0	7	87	0.66
1650975--1651056	31	2.7	30	85	10	105	4	0	7	87	0.65
1656033--1656163	51	2.5	53	80	8	160	31	25	9	33	1.88
1656178--1656349	51	3.3	53	79	10	183	30	24	13	31	1.93
1656036--1656424	186	2.1	185	90	4	615	29	25	12	32	1.92
1656278--1656457	80	2.2	82	87	3	274	29	27	13	28	1.95
1656418--1656489	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
1656333--1656571	107	2.2	108	84	2	302	26	29	15	28	1.96
1656444--1656598	79	2.0	80	83	6	199	27	29	14	29	1.95
1656763--1656825	28	2.2	28	94	0	108	42	17	11	28	1.83
1662726--1665055	55	40.9	55	83	9	2656	27	29	20	23	1.99
1662700--1665055	170	13.8	168	82	10	2566	27	29	20	23	1.99
1663534--1663676	27	5.1	29	59	19	70	27	30	20	22	1.98
1663902--1663987	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
1662726--1665055	565	4.1	563	90	4	3155	27	29	20	23	1.99
1664099--1664241	27	5.1	29	59	19	70	27	30	20	22	1.98
1664467--1664552	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
1665823--1665890	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1665844--1665868	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1665825--1665887	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1665930--1665955	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1665910--1665976	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668305--1668435	51	2.5	53	80	8	160	31	25	9	33	1.88
1668450--1668621	51	3.3	53	78	10	174	30	23	13	32	1.93
1668308--1668696	186	2.1	185	89	4	597	29	24	12	32	1.92
1668550--1668729	80	2.2	82	88	3	283	29	27	13	29	1.95
1668690--1668761	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
1668605--1668843	108	2.2	108	84	3	295	26	28	15	28	1.96
1668716--1668870	79	2.0	80	83	6	199	27	28	14	29	1.95
1669035--1669097	28	2.2	28	97	0	117	42	17	12	26	1.85
1675188--1675517	30	10.8	30	82	5	322	22	29	14	32	1.94
1675188--1675517	93	3.6	89	80	8	333	22	29	14	32	1.94
1675188--1675591	61	6.6	61	78	8	342	22	29	14	33	1.93
1675192--1675565	123	3.0	123	82	7	420	22	29	14	33	1.94
1675539--1675591	27	2.0	27	96	3	99	22	30	15	32	1.94
1675505--1675851	34	10.8	33	75	12	276	20	31	12	35	1.90
1675505--1675619	61	1.9	61	87	0	167	24	30	12	33	1.92
1675504--1675858	95	3.7	94	80	8	326	21	31	12	34	1.90
1675628--1675752	33	4.2	27	80	12	72	20	31	12	36	1.89
1675559--1675851	34	9.0	33	77	8	287	19	31	12	36	1.89
1675559--1675780	65	3.5	62	81	9	189	21	31	11	36	1.89
1675559--1675851	66	4.5	65	79	9	285	19	31	12	36	1.89
1675868--1676113	87	2.8	87	86	0	321	26	24	19	29	1.99
1676030--1676505	49	9.6	49	76	5	384	26	23	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1676030--1676398	147	2.5	147	81	4	427	26	23	16	33	1.96
1676040--1676383	98	3.5	98	87	2	447	26	23	16	33	1.96
1675938--1676461	248	2.2	235	80	6	575	26	23	16	32	1.96
1677270--1677295	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1683095--1683149	28	1.9	29	88	3	85	36	20	23	20	1.95
1683046--1683228	79	2.3	79	81	1	197	32	16	27	23	1.96
1683183--1683254	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
1683243--1683578	52	6.4	51	69	15	202	31	13	25	29	1.93
1683237--1683578	104	3.2	100	69	14	260	31	13	26	28	1.93
1683134--1683578	212	2.1	210	86	2	615	31	13	26	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11