genome.fa.s56.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold56
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1793205

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1274 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166012--166102	27	3.2	27	77	17	103	28	14	35	21	1.93
166106--166225	31	3.9	31	83	6	163	26	19	30	24	1.98
166077--166230	62	2.4	63	86	6	197	28	17	30	23	1.97
170792--170912	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
170792--170932	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
170921--170945	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171011--171035	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
170989--171055	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
177907--178976	535	2.0	535	99	0	2104	26	23	20	29	1.99
180064--180113	19	2.6	19	83	3	55	30	16	20	34	1.94
179979--180199	102	2.2	102	100	0	442	32	17	18	31	1.94
182155--182179	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
182136--182197	32	1.9	33	90	3	99	29	16	16	38	1.90
182675--182718	23	1.9	23	81	9	54	29	6	25	38	1.81
188350--188385	13	2.8	13	86	0	54	33	22	13	30	1.93
188495--188546	20	2.6	20	79	14	54	34	21	0	44	1.52
189901--189935	12	2.9	12	86	0	52	28	8	31	31	1.87
190953--190977	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
195178--195339	76	2.1	77	82	5	193	33	12	25	27	1.92
195299--195406	50	2.2	49	85	6	137	34	13	23	28	1.93
195348--195701	79	4.5	79	80	7	384	34	11	23	29	1.90
197865--197920	20	2.8	19	84	7	76	48	8	14	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199205--199263	28	2.1	27	81	9	66	67	5	0	27	1.11
200454--200497	22	2.0	21	86	4	61	56	4	4	34	1.40
203263--203408	73	2.0	73	97	0	274	33	10	17	38	1.84
208369--208409	17	2.5	17	84	4	57	17	7	26	48	1.73
208430--208470	16	2.6	16	88	0	64	19	7	24	48	1.74
209309--209362	16	3.4	16	84	0	72	20	16	20	42	1.89
209302--209401	32	3.1	32	79	1	110	21	14	24	41	1.89
209337--209379	16	2.7	16	81	0	50	25	16	18	39	1.91
210442--210468	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
213564--213630	37	1.9	34	85	11	91	29	23	11	34	1.91
214102--214126	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
214115--214215	33	3.0	32	79	12	121	37	9	22	29	1.87
214137--214206	36	1.9	37	85	2	97	37	10	21	31	1.86
215747--215820	16	4.7	16	81	1	87	50	17	2	29	1.60
215745--215817	32	2.3	31	90	2	110	49	17	1	31	1.56
221381--221413	14	2.4	14	100	0	66	51	12	30	6	1.63
228633--228772	33	4.4	31	85	1	163	30	30	16	22	1.96
228633--228785	31	4.8	31	83	2	164	29	29	16	24	1.97
229654--229705	20	2.6	20	81	0	59	36	17	15	30	1.91
229714--229793	32	2.5	32	95	0	142	25	16	18	40	1.91
235082--235543	157	3.0	155	80	3	466	40	16	18	24	1.91
244559--244619	9	6.8	9	83	3	70	32	27	0	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244559--244619	6	10.2	6	84	7	70	32	27	0	39	1.57
252011--252237	78	2.9	79	75	4	237	31	14	27	25	1.95
252170--252286	51	2.3	51	77	1	137	32	9	26	31	1.88
252276--252342	28	2.4	28	100	0	134	35	14	22	26	1.93
252304--252693	109	3.6	106	84	7	461	34	18	22	24	1.96
252345--252693	109	3.2	106	86	4	464	35	18	22	24	1.96
252629--252693	28	2.3	28	84	12	89	30	21	24	23	1.99
252680--252807	51	2.5	49	82	6	159	37	12	21	28	1.90
252344--252744	217	1.8	219	84	5	535	35	17	22	24	1.95
255098--255122	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
255397--255494	41	2.4	40	83	9	119	47	11	24	16	1.79
255520--255866	88	3.9	87	79	10	384	40	12	27	19	1.88
255520--255866	43	7.9	45	79	11	330	40	12	27	19	1.88
255519--255869	131	2.6	134	84	7	457	40	12	27	19	1.88
255849--256954	61	17.8	61	79	11	902	28	19	27	24	1.99
255856--256958	122	8.9	122	80	7	1091	29	19	27	24	1.98
255975--257005	505	2.0	503	92	0	1722	29	19	26	24	1.98
257064--257390	61	5.5	60	83	7	382	27	19	26	25	1.99
257071--257390	121	2.7	120	86	6	438	27	20	26	26	1.99
260671--260721	19	2.7	19	93	0	84	37	15	9	37	1.81
261573--261773	49	4.1	48	83	6	215	28	17	29	24	1.97
261573--261773	98	2.0	99	83	5	255	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261784--261928	34	4.2	34	85	3	184	37	11	31	20	1.88
261919--262287	30	12.4	30	77	7	358	22	16	32	28	1.96
261919--262287	121	3.1	121	84	5	450	22	16	32	28	1.96
261919--262287	58	6.2	59	77	8	313	22	16	32	28	1.96
262000--262293	58	5.0	58	82	4	340	21	16	32	29	1.95
263723--263834	8	12.9	9	75	18	80	0	8	8	82	0.86
263732--263821	34	2.6	34	86	13	123	0	8	6	84	0.78
263746--263835	9	9.9	9	80	8	94	0	7	7	84	0.78
263744--263824	1	81.0	1	76	0	63	0	7	6	86	0.71
277788--277855	19	3.9	19	69	21	67	39	14	10	35	1.80
284182--284410	79	2.9	79	80	5	266	31	15	27	25	1.96
284346--284443	51	1.9	51	85	0	133	35	11	22	30	1.89
284344--284461	51	2.3	50	78	4	128	33	12	24	29	1.92
284427--284843	109	3.8	109	87	2	561	34	15	23	25	1.95
284427--284836	217	1.9	217	87	3	610	35	14	24	25	1.94
284771--284842	28	2.6	27	88	4	108	23	16	33	26	1.96
284397--284905	217	2.3	214	77	8	569	35	14	23	26	1.93
284851--284947	51	1.9	51	87	4	142	36	7	24	31	1.83
287252--287326	20	3.8	20	74	13	73	45	13	14	26	1.82
287341--287370	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
290739--290853	40	2.8	41	80	9	126	41	14	24	19	1.89
290858--291506	42	15.4	42	77	8	545	42	12	24	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290901--291507	167	3.6	165	80	7	627	41	12	25	21	1.87
290870--291506	128	5.0	127	77	8	566	42	11	25	20	1.86
290870--291506	86	7.5	86	77	8	551	42	11	25	20	1.86
291729--291777	23	2.1	23	85	7	64	44	12	14	28	1.81
299093--299144	21	2.4	21	81	12	61	48	0	0	51	1.00
299457--299516	25	2.3	26	85	2	77	65	0	0	35	0.93
301363--301417	7	8.1	7	94	6	96	56	0	0	43	0.99
301363--301417	20	2.7	20	97	2	101	56	0	0	43	0.99
307038--307063	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
308225--308311	9	8.7	9	70	24	50	25	2	3	68	1.16
308344--308380	6	6.5	6	84	12	51	45	0	0	54	1.00
308351--308418	32	2.1	32	84	10	86	44	0	0	55	0.99
308444--308468	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
308461--308502	17	2.5	17	76	11	50	54	4	2	38	1.34
314308--314361	18	2.9	18	77	2	54	55	0	0	44	0.99
314756--314797	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99
314767--314840	16	4.6	16	81	1	85	56	2	0	40	1.13
320878--320903	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
323282--323328	21	2.3	21	76	23	55	44	4	17	34	1.68
325540--325570	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
327373--327417	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
329894--329934	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329968--330026	20	2.9	21	82	10	77	40	15	15	28	1.87
330014--330148	52	2.6	53	95	3	238	36	18	17	27	1.94
330113--330148	18	2.0	18	94	0	63	41	16	11	30	1.83
330172--330232	10	6.0	10	73	16	54	24	27	9	37	1.87
330300--330325	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
335398--335435	17	2.3	17	86	4	51	60	0	2	36	1.11
336543--336581	2	19.5	2	94	0	69	51	2	46	0	1.14
338313--338670	76	4.7	75	85	3	450	37	13	21	27	1.90
341080--341131	22	2.5	22	87	6	72	44	15	11	28	1.81
341076--341131	20	2.7	20	86	5	76	44	14	12	28	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11