genome.fa.s58.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold58
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1582273

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1168 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5003--5173	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
5156--5231	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
7694--7719	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
7673--7739	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
7759--7826	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
7781--7805	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7762--7824	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
7882--7938	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
7943--7978	1	36.0	1	100	0	72	0	0	0	100	0.00
11929--12013	1	85.0	1	76	0	80	88	10	1	0	0.58
11929--12011	14	5.9	14	87	7	114	87	10	1	0	0.59
13002--13791	55	14.0	55	82	10	909	27	27	20	24	1.99
14521--14574	21	2.6	21	93	0	90	31	12	16	38	1.87
14515--14593	21	3.8	20	77	8	77	35	15	15	34	1.89
14650--14725	32	2.4	32	93	0	125	32	14	15	36	1.88
14746--14812	34	2.0	33	88	2	98	23	16	14	44	1.85
17144--17278	53	2.6	51	87	9	193	31	25	11	31	1.90
17151--17382	51	4.5	51	83	7	218	29	25	12	33	1.92
17365--17419	28	1.9	29	88	3	85	20	27	20	32	1.97
24434--24492	20	3.0	20	82	5	66	5	22	0	72	1.03
26400--26460	1	61.0	1	75	0	50	86	8	3	1	0.73
26400--26460	25	2.5	24	81	2	68	86	8	3	1	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398--26449	11	4.5	11	86	9	77	86	9	1	1	0.72
26400--26474	27	2.8	27	78	11	73	84	6	8	1	0.85
27545--27790	116	2.1	116	87	2	341	26	24	19	29	1.99
27547--27790	61	4.2	55	78	9	254	26	24	20	28	1.99
27449--28077	266	2.3	266	87	2	882	26	25	18	29	1.98
27838--28260	61	7.0	60	80	8	434	25	25	19	30	1.98
28567--28632	28	2.4	28	92	0	105	39	28	19	12	1.88
31753--32080	79	4.1	78	79	8	304	28	25	14	31	1.94
33260--33293	18	1.9	18	88	5	52	17	11	5	64	1.45
34738--34809	35	2.1	35	97	0	135	45	15	16	22	1.84
37709--37746	20	1.9	20	94	0	67	26	13	18	42	1.87
37815--37841	11	2.5	11	100	0	54	48	25	0	25	1.52
46928--47004	20	3.8	20	86	6	111	40	12	15	31	1.85
46950--47086	71	1.9	71	92	0	229	42	14	13	29	1.84
46880--47075	91	2.2	91	85	3	252	40	14	14	30	1.86
48986--49053	28	2.4	28	83	7	84	27	23	17	30	1.97
49014--49214	79	2.5	79	80	4	217	31	23	12	32	1.92
49561--49608	22	2.2	22	85	7	62	16	2	14	66	1.34
52109--52184	20	3.4	20	75	25	80	43	22	9	25	1.82
52257--52309	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
53102--53177	20	3.4	20	75	25	80	43	22	9	25	1.82
57363--57393	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59472--59509	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
61128--61170	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
62056--62118	19	3.6	19	76	24	84	39	15	15	28	1.89
62074--62131	13	4.0	13	74	23	53	37	15	15	31	1.89
62056--62151	32	3.0	32	93	1	156	40	15	14	29	1.87
66443--66493	10	4.9	10	85	7	66	86	11	1	0	0.66
66448--66494	12	3.8	12	88	8	67	85	12	2	0	0.70
66447--66495	13	3.8	13	84	15	66	85	12	2	0	0.68
66732--66789	14	4.2	13	82	10	62	86	6	6	0	0.72
67828--68003	31	5.7	30	84	11	196	25	28	18	27	1.98
68011--68204	34	5.7	34	90	5	302	21	35	12	30	1.90
68118--68290	87	2.0	88	93	3	296	20	32	13	32	1.92
68231--68759	34	16.0	33	79	15	517	20	32	12	34	1.90
68072--68686	158	3.8	156	75	15	571	21	33	12	33	1.91
68266--68616	62	5.5	62	88	7	433	21	32	12	33	1.91
68433--68717	108	3.0	89	81	12	250	21	32	12	32	1.91
68433--68609	92	2.0	88	86	6	248	22	33	14	29	1.93
68213--68776	104	5.6	104	76	16	468	20	32	12	33	1.90
67950--68776	158	6.1	139	75	17	344	21	33	12	33	1.91
68864--68928	21	3.1	21	64	27	57	26	29	16	27	1.97
68792--69074	89	3.1	90	89	5	415	25	26	17	30	1.97
68792--69021	43	5.1	43	83	11	266	25	27	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68975--69128	52	2.9	52	81	8	177	24	24	16	35	1.95
69078--69204	67	1.9	68	85	1	175	23	25	13	37	1.91
69999--70065	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
70019--70043	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70106--70130	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70139--70268	52	2.5	52	91	3	201	33	19	16	31	1.94
70870--70895	8	3.2	8	100	0	52	50	26	11	11	1.73
73527--73951	212	2.0	212	97	0	796	26	19	20	33	1.97
76547--76624	21	3.7	21	89	3	113	33	12	17	35	1.88
76660--76727	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
76681--76705	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
76662--76724	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
76749--76813	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
79257--79332	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
79315--79537	52	4.3	52	82	2	234	29	25	12	32	1.92
79317--79537	105	2.1	103	81	3	246	29	25	11	33	1.91
79520--79600	28	2.9	27	85	9	101	23	32	18	25	1.97
79553--79624	28	2.6	28	88	0	99	25	30	18	26	1.98
82635--82707	27	2.6	28	89	2	103	23	34	21	20	1.97
82690--82912	52	4.3	52	82	2	243	29	24	12	33	1.92
82692--82912	105	2.1	103	82	3	255	29	24	11	33	1.91
82900--82999	28	3.6	29	85	8	109	24	31	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87187--87232	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
89631--89656	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
89612--89676	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
97499--97527	14	2.1	14	100	0	58	24	20	20	34	1.97
99660--99700	20	2.0	21	90	4	66	36	17	14	31	1.90
99688--99757	20	3.6	19	76	19	65	32	14	14	38	1.86
99687--99771	39	2.2	40	87	6	120	34	12	12	40	1.82
100320--100409	32	2.7	32	81	13	110	33	14	23	28	1.94
104600--104717	20	5.3	20	66	20	74	41	11	16	30	1.83
105518--106315	28	28.5	28	82	5	941	23	16	29	30	1.96
107536--107565	11	2.6	12	94	5	53	3	0	10	86	0.67
145183--145234	20	2.7	20	91	8	81	28	15	17	38	1.90
145315--145339	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
145298--145360	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
148540--148577	17	2.2	18	85	4	51	36	2	0	60	1.11
149300--149363	15	4.5	15	71	16	55	37	0	0	62	0.95
149299--149354	26	2.2	26	90	3	87	37	0	0	62	0.95
149318--149403	36	2.4	36	83	11	97	41	1	0	56	1.06
152882--152935	22	2.5	20	77	16	63	72	1	0	25	0.95
153277--153344	28	2.4	28	90	0	109	44	22	22	11	1.85
154186--154228	3	14.7	3	95	4	79	69	0	0	30	0.88
154180--154229	12	4.3	11	92	7	73	72	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154910--154938	13	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
166307--166365	14	4.3	14	78	4	66	30	25	22	22	1.99
166308--166363	27	2.1	27	89	0	85	28	26	21	23	1.99
166554--166589	17	2.1	17	89	5	54	77	0	2	19	0.88
166903--166953	14	3.6	14	94	0	93	27	13	15	43	1.85
167708--167818	14	8.1	14	66	16	63	29	26	18	26	1.98
167718--167824	54	2.0	54	96	0	196	29	23	19	27	1.98
167698--167806	27	4.0	27	80	3	130	33	25	15	25	1.95
168089--168211	42	2.9	42	87	0	183	37	14	6	41	1.72
170861--172289	42	33.9	42	77	6	1005	16	27	16	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10