genome.fa.s58.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold58
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1582273

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1168 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753799--754138	185	1.8	184	86	6	492	28	26	12	32	1.92
754095--754166	28	2.6	28	84	0	81	22	34	19	23	1.96
757704--757901	105	1.9	103	86	3	281	44	16	5	33	1.70
759267--759323	28	2.0	28	86	6	80	31	22	10	35	1.88
759507--759568	27	2.2	28	83	8	74	29	29	9	32	1.89
763481--763602	60	2.0	62	88	3	185	22	9	4	63	1.44
765409--765495	43	2.0	44	84	10	117	60	0	2	36	1.09
765407--765511	39	2.5	43	80	11	112	60	0	1	37	1.07
765851--765904	15	3.4	15	73	14	54	38	1	1	57	1.20
765832--765915	33	2.5	33	82	3	98	45	2	1	51	1.22
765975--766022	19	2.5	19	93	0	78	56	0	0	43	0.99
765986--766028	14	3.2	13	87	12	61	53	0	0	46	1.00
767431--767479	24	2.0	24	92	0	80	59	2	6	32	1.34
768652--768877	50	4.5	50	83	8	253	31	19	18	31	1.95
773172--773336	50	3.3	50	86	0	204	34	18	16	30	1.93
773468--773506	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
774197--774237	21	2.0	21	95	0	73	48	7	21	21	1.74
774655--774692	17	2.3	16	86	8	58	52	0	0	47	1.00
775437--775477	2	20.0	2	85	14	57	48	4	0	46	1.23
783384--783435	20	2.5	21	74	20	56	40	0	1	57	1.10
787689--788078	98	4.0	98	95	0	703	39	22	9	28	1.86
790273--790352	41	1.9	42	87	2	117	32	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798779--798819	21	2.0	21	90	4	66	56	12	9	21	1.65
799992--800025	18	1.9	17	88	5	50	52	0	29	17	1.45
800002--800131	61	2.1	61	84	2	172	38	13	26	21	1.90
800081--800359	49	5.9	49	79	8	215	31	16	26	26	1.97
800366--800554	32	5.9	32	76	12	181	21	19	31	27	1.98
800358--800556	64	3.1	61	80	10	222	22	18	30	28	1.97
800356--800556	96	2.1	95	81	6	226	23	18	30	27	1.98
800711--801133	67	6.5	67	78	9	310	37	11	28	22	1.88
800843--801133	99	3.0	97	77	10	308	37	12	29	21	1.89
800915--800974	27	2.2	27	93	0	102	35	11	31	21	1.90
800782--801095	161	2.0	157	85	6	418	37	10	29	21	1.88
800950--801095	66	2.2	65	86	3	195	36	12	30	20	1.90
800697--801198	32	15.4	33	73	15	280	36	11	29	22	1.89
801048--801238	35	5.8	34	77	10	139	32	14	29	23	1.94
801136--801231	33	2.8	34	85	3	122	34	14	28	22	1.94
806359--806399	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
806562--806587	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
806543--806607	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
816839--816871	17	1.9	17	93	0	57	15	12	21	51	1.75
818260--818305	22	2.1	22	84	11	60	43	0	4	52	1.21
821563--821743	38	4.8	38	81	6	163	36	19	14	29	1.92
821563--821744	76	2.4	76	80	7	201	36	20	14	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823507--823540	12	2.7	13	86	9	52	26	0	2	70	1.01
823587--823668	43	1.9	41	83	11	103	24	1	7	67	1.24
823754--823795	21	1.9	21	90	9	66	23	0	2	73	0.94
823750--823831	26	3.1	27	75	8	71	20	2	6	70	1.20
918128--918183	28	2.0	28	86	6	78	33	10	12	42	1.77
919276--919342	34	1.9	36	90	6	111	56	0	0	43	0.99
920051--920120	23	2.8	24	74	12	61	55	0	0	44	0.99
922834--922876	22	2.0	20	82	8	50	58	0	4	37	1.19
923203--923250	22	2.3	22	89	7	73	35	2	10	52	1.48
924250--924306	23	2.5	23	88	5	80	33	3	0	63	1.12
926373--926447	17	4.3	18	75	6	75	50	0	1	48	1.09
926376--926449	35	2.2	32	90	7	112	51	0	1	47	1.09
926376--926463	16	5.2	17	74	17	76	50	1	2	46	1.21
926960--927001	15	2.6	16	81	11	50	33	0	7	59	1.25
928271--928321	2	25.5	2	91	0	84	49	0	0	50	1.00
928523--928557	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
928861--928898	21	1.9	20	84	10	51	68	2	2	26	1.16
930113--930174	24	2.7	21	76	23	63	38	1	1	58	1.18
930256--930311	22	2.5	22	100	0	112	64	0	0	35	0.94
931404--931459	20	2.5	22	72	16	53	53	0	0	46	1.00
932229--932377	30	5.0	30	90	0	208	42	31	12	13	1.81
932229--932396	60	2.8	60	85	2	207	43	29	12	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932229--932397	90	1.9	87	85	3	230	43	29	12	14	1.82
934029--934085	28	2.0	29	83	10	73	50	3	10	35	1.54
935219--935265	16	2.9	16	74	0	58	53	6	10	29	1.60
935511--935590	39	2.1	38	84	9	101	53	0	0	46	1.00
935496--935592	40	2.5	40	81	10	110	52	2	0	45	1.12
941621--941675	16	3.4	16	75	9	67	25	12	18	43	1.85
941735--941778	22	2.0	21	82	4	52	29	6	20	43	1.78
945324--945368	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
945766--945804	14	2.9	13	85	7	51	0	46	15	38	1.46
945764--945805	13	3.2	13	83	6	57	0	45	14	40	1.45
952840--952891	18	2.9	18	75	11	52	32	0	1	65	1.04
952840--952889	17	2.8	18	82	11	59	34	0	2	64	1.05
952856--952892	16	2.2	17	90	4	58	35	0	2	62	1.10
954685--954709	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
955637--955664	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
959647--959671	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
960325--960364	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
960672--960718	25	1.9	24	86	4	67	46	2	0	51	1.13
963861--963894	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
963844--963905	26	2.3	27	73	13	65	38	0	0	61	0.96
965772--965848	33	2.3	34	81	16	90	44	3	1	50	1.28
967031--967097	32	2.1	32	83	5	82	40	4	22	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968467--968521	26	2.1	26	83	10	67	54	3	0	41	1.18
968761--968874	56	2.0	56	100	0	228	32	17	15	34	1.92
971026--971065	21	2.0	21	90	5	64	32	7	2	57	1.40
971059--971096	20	1.9	20	94	0	67	42	7	0	50	1.31
971654--971698	17	2.9	15	84	12	63	57	0	2	40	1.11
972485--972540	29	2.0	28	82	10	69	60	0	5	33	1.19
973055--973117	25	2.4	26	81	5	74	39	6	1	52	1.37
973262--973297	16	2.2	16	100	0	72	25	11	27	36	1.90
973861--974129	87	3.1	86	81	4	328	25	10	13	50	1.74
974135--974173	3	13.3	3	94	5	71	33	0	0	66	0.92
979519--979574	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
979644--979669	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
979626--979690	32	2.0	34	90	6	107	44	15	12	27	1.82
980717--980790	37	2.0	37	100	0	148	21	24	24	29	1.99
981928--981977	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
983775--983805	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
985820--985897	20	3.7	20	73	18	68	28	12	15	43	1.83
985886--985923	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
987727--987782	28	2.0	29	92	3	96	32	3	30	33	1.75
987729--987789	29	2.1	28	84	3	77	36	4	26	32	1.78
988333--988388	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
988458--988483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988440--988504	32	2.0	34	90	6	107	44	15	12	27	1.82
993552--993576	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
993659--993722	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
999847--999882	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
1002435--1002498	33	2.0	32	87	3	92	40	20	12	26	1.88
1012163--1012205	22	1.9	23	95	4	79	51	6	4	37	1.50
1015470--1015521	20	2.5	21	90	3	79	42	9	17	30	1.81
1018943--1019000	20	2.9	20	89	0	80	41	8	15	34	1.78
1021479--1021557	5	17.2	5	71	19	57	64	0	0	35	0.94
1021478--1021502	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10