genome.fa.s58.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold58
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1582273

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1168 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170861--172289	85	16.9	85	77	7	1037	16	27	16	39	1.89
172681--172707	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
172688--172745	19	3.0	19	87	2	89	34	13	15	36	1.87
172798--172822	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
173981--174370	51	7.4	51	70	13	200	32	11	25	31	1.91
173980--174203	54	4.3	53	78	11	196	32	11	25	29	1.91
173980--174203	105	2.1	103	81	4	252	32	11	25	29	1.91
174186--174262	27	2.8	27	86	2	100	23	20	29	25	1.99
176172--176203	12	2.7	12	95	0	55	0	0	12	87	0.54
176735--176760	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
176871--176930	31	1.9	31	90	6	95	36	13	15	35	1.86
177654--178535	55	15.2	60	85	7	1061	24	20	28	25	1.99
177658--178535	295	3.0	291	89	4	1275	24	20	29	25	1.99
179506--179562	1	57.0	1	75	0	51	0	5	7	87	0.66
179515--179563	8	6.0	8	86	11	64	0	4	10	85	0.71
179514--179562	17	2.9	17	84	9	73	0	4	8	87	0.65
192075--192204	52	2.5	52	79	6	129	35	10	23	30	1.88
192150--192259	55	2.0	55	87	3	159	40	10	21	28	1.86
192166--192296	55	2.5	53	82	5	149	38	11	22	27	1.89
192281--192356	27	2.8	28	85	2	100	22	21	32	23	1.98
194256--194285	10	2.9	10	95	5	51	0	0	10	90	0.47
194254--194286	12	2.8	12	95	4	59	0	0	12	87	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194820--194845	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
194956--195012	21	2.7	21	94	0	96	35	17	10	36	1.84
201223--201343	27	4.5	27	96	0	215	38	19	17	24	1.93
203240--203320	32	2.4	36	85	8	116	37	3	27	32	1.74
203879--203942	19	3.3	19	93	2	101	34	12	15	37	1.85
203888--203942	20	2.8	19	91	2	83	34	12	16	36	1.87
203988--204018	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
205575--205633	28	2.1	28	87	0	82	42	18	25	13	1.87
207131--207164	13	2.7	12	86	13	50	73	0	2	23	0.97
211190--211268	20	3.9	19	79	9	77	39	10	15	35	1.81
214015--214066	22	2.5	20	79	11	68	67	0	3	28	1.08
216903--216980	16	4.8	16	72	21	56	56	12	7	23	1.62
216903--216976	32	2.3	33	83	6	89	55	13	8	22	1.64
217691--217726	12	3.1	12	92	4	56	63	8	11	16	1.49
217695--217729	12	2.9	12	95	0	61	60	8	14	17	1.58
219996--220069	29	2.5	31	74	20	79	40	0	0	59	0.97
220080--220127	11	4.2	11	79	15	53	37	0	2	60	1.09
224412--224495	38	2.2	38	84	0	105	46	14	13	26	1.81
232353--232390	20	1.9	20	88	0	58	36	7	7	47	1.62
232428--232481	21	2.7	20	77	8	65	37	14	11	37	1.82
238724--239088	92	4.0	92	86	3	492	33	18	23	24	1.97
238724--239088	43	8.1	43	74	12	320	33	18	23	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238782--239088	135	2.3	133	80	8	336	31	18	24	24	1.98
239097--239353	29	8.8	30	84	5	219	20	19	30	29	1.97
239110--239353	57	4.2	58	80	6	257	20	18	31	30	1.96
239112--239356	86	2.8	85	78	8	253	20	18	31	29	1.96
240795--240932	14	9.6	14	80	14	131	1	1	13	83	0.79
240784--240900	42	2.8	42	88	5	175	0	0	16	83	0.64
240795--240921	37	3.4	37	86	9	170	1	0	14	83	0.72
240791--240919	42	3.2	40	80	17	153	1	0	14	83	0.71
240794--240919	1	126.0	1	68	0	72	1	0	14	84	0.71
246203--246331	52	2.5	52	92	0	222	29	17	16	36	1.92
246340--246364	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
246419--246481	19	3.6	19	74	24	75	39	17	11	31	1.85
246409--246479	32	2.2	32	94	0	124	38	18	11	32	1.86
247095--247374	49	5.7	49	76	13	213	31	16	27	25	1.96
247188--247361	42	3.6	48	84	11	198	28	18	28	24	1.98
247281--247372	42	2.2	43	94	2	159	29	17	28	25	1.97
247188--247369	94	1.9	97	85	7	253	29	18	28	24	1.98
247291--247358	21	3.2	22	62	29	56	29	17	25	27	1.97
247376--247453	33	2.4	33	82	2	95	34	14	30	20	1.92
247426--247574	57	2.6	57	86	3	219	22	16	31	28	1.96
249012--249068	1	57.0	1	75	0	51	0	5	7	87	0.66
248999--249046	6	7.8	6	84	13	62	0	0	14	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248999--249068	9	7.6	9	80	15	72	0	4	10	85	0.72
248999--249046	24	2.0	24	91	4	78	0	0	14	85	0.60
257550--257616	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
257570--257594	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
257659--257683	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257672--257811	51	2.7	52	91	4	230	32	17	17	31	1.94
266573--266703	52	2.5	52	93	0	235	29	17	18	34	1.94
266712--266736	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
266791--266853	19	3.6	19	74	24	75	39	17	11	31	1.85
266781--266851	32	2.2	32	94	0	124	38	18	11	32	1.86
275819--275878	29	2.1	29	96	0	111	36	13	13	36	1.84
275919--275944	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
275899--275965	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
278310--278647	52	6.4	53	69	18	134	29	25	11	33	1.92
278427--278495	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
278482--278651	52	3.3	53	78	11	181	29	25	12	32	1.92
278635--278711	28	2.8	28	87	0	100	22	33	19	24	1.97
278313--278718	212	1.9	212	88	3	620	28	27	13	31	1.93
278665--278867	79	2.6	79	80	3	212	23	30	16	29	1.96
282923--282998	38	2.0	38	82	5	91	38	11	14	35	1.83
288817--288915	19	5.1	19	81	4	117	30	1	5	63	1.22
288817--288915	39	2.5	39	85	3	128	30	1	5	63	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289036--289102	29	2.4	28	79	18	77	53	7	0	38	1.29
289177--289290	20	6.3	20	66	20	72	64	4	0	30	1.19
289176--289258	31	2.7	31	81	3	87	65	3	1	30	1.17
289477--289540	29	2.2	29	85	0	92	51	1	0	46	1.10
290833--291038	78	2.6	79	83	2	245	27	17	31	23	1.97
290990--291066	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
291052--291276	52	4.3	52	85	5	233	34	12	24	29	1.91
291090--291277	52	3.6	52	89	2	261	36	12	23	27	1.91
291091--291323	52	4.5	52	86	2	150	36	12	23	27	1.91
291307--291378	27	2.6	28	85	12	96	20	20	34	23	1.96
291369--291483	51	2.2	52	86	6	153	33	13	22	30	1.92
294573--294626	20	2.7	20	91	0	90	35	11	12	40	1.79
294666--294690	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
294755--294779	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
294733--294799	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
295582--295966	49	7.8	52	78	10	320	31	17	25	25	1.97
295712--295780	22	3.2	22	63	19	54	30	17	26	26	1.97
295646--295966	49	6.7	49	80	9	387	30	18	25	25	1.98
295641--295971	92	3.5	97	84	9	405	30	17	26	25	1.97
295641--295966	141	2.3	143	90	1	512	30	17	25	26	1.98
295966--296035	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
296040--296736	34	21.6	32	77	15	481	31	13	34	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296149--296202	27	2.0	27	92	0	90	22	14	40	22	1.90
296045--296588	131	4.2	134	81	12	436	31	13	34	20	1.91
296072--296743	192	3.5	189	79	13	673	31	13	33	20	1.92
296204--296713	61	8.0	61	81	11	484	30	13	34	20	1.92
296435--296554	60	2.0	61	96	1	224	26	15	35	22	1.93
296628--296682	28	2.0	27	89	3	83	29	14	32	23	1.94
296657--296774	30	3.8	31	82	4	121	32	16	27	22	1.96
296040--296774	61	11.5	62	75	15	465	32	13	33	20	1.92
298073--298105	15	2.2	15	89	10	50	0	0	12	87	0.53
298073--298111	18	2.1	18	85	9	51	2	2	10	84	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10