genome.fa.s62.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold62
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1452230

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783999--784042	23	2.0	22	90	4	70	54	2	0	43	1.12
784320--784361	2	21.5	2	80	4	50	45	0	4	50	1.23
784610--784683	22	3.4	21	66	5	58	44	2	2	50	1.30
786180--786232	27	2.0	27	92	0	88	49	3	7	39	1.49
788048--788112	18	3.5	18	73	12	60	66	0	0	33	0.92
788081--788145	11	5.9	11	80	7	60	70	0	1	27	0.96
788084--788145	16	3.8	16	77	14	56	70	0	1	27	0.96
788107--788146	3	14.0	3	84	10	57	67	0	2	30	1.04
788745--788779	16	2.2	16	89	0	52	42	0	2	54	1.15
789003--789067	20	3.3	19	75	10	60	41	0	1	56	1.08
793716--793815	35	2.9	35	73	18	84	41	1	0	58	1.05
793791--793824	18	1.9	18	88	5	52	44	0	0	55	0.99
794005--794048	20	2.3	19	85	14	56	56	0	4	38	1.20
794078--794151	17	4.1	17	68	14	51	60	0	1	37	1.05
794071--794151	18	4.3	19	69	17	62	59	0	1	39	1.05
794124--794205	18	4.8	17	74	12	78	48	0	3	47	1.19
794124--794204	35	2.3	36	80	4	94	49	0	3	46	1.19
794127--794205	34	2.3	34	80	8	88	48	0	3	48	1.19
795446--795489	3	14.3	3	80	4	52	25	6	0	68	1.14
796447--796502	19	3.2	19	61	23	50	50	0	0	50	1.00
797715--797751	13	2.8	13	91	0	56	24	2	0	72	0.97
798107--798388	119	2.4	112	83	6	334	51	2	3	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798108--798388	112	2.4	114	84	7	336	51	2	3	42	1.31
798338--798438	48	2.1	49	81	9	118	57	4	3	33	1.39
798710--799072	125	2.9	125	83	8	447	41	3	1	53	1.27
798713--799075	126	2.9	121	83	10	412	41	3	1	53	1.27
799037--799089	23	2.3	24	78	15	58	49	0	1	49	1.12
801418--801483	33	2.0	33	93	0	114	39	12	9	39	1.74
804657--804784	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
804858--804924	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
804880--804904	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
805790--806279	49	9.8	53	80	10	472	31	16	25	25	1.97
805854--806279	49	8.7	49	84	6	555	30	17	26	25	1.97
805790--806279	97	4.9	99	85	8	615	31	16	25	25	1.97
805854--806279	192	2.2	192	89	4	640	30	17	26	25	1.97
806095--806284	43	4.1	44	82	12	238	29	17	27	25	1.97
806279--806418	33	4.2	34	90	3	225	19	17	35	28	1.94
806279--806418	67	2.1	67	92	5	232	19	17	35	28	1.94
806400--806623	71	3.2	70	89	3	326	35	12	30	22	1.90
806420--806623	35	5.9	34	83	5	239	36	12	28	21	1.90
806627--806683	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
814845--814972	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
814981--815005	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
817774--817805	10	3.0	11	90	9	57	37	15	18	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818522--818548	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
820098--820325	92	2.5	92	80	0	258	42	6	15	35	1.73
820299--820354	28	2.0	29	92	3	96	48	3	12	35	1.58
820206--820446	121	2.0	120	90	0	374	44	7	14	33	1.72
820328--820988	92	7.3	88	77	13	511	42	7	16	33	1.76
820333--820985	184	3.6	181	83	8	757	43	7	16	33	1.75
820328--820983	270	2.4	268	84	6	821	43	7	16	33	1.75
824953--825097	53	2.7	53	92	0	236	51	6	5	36	1.52
825070--825111	15	2.6	17	77	14	52	69	4	2	23	1.20
825071--825117	15	2.9	16	78	12	51	65	8	2	23	1.31
825297--825322	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
825478--825548	29	2.6	27	79	14	76	46	0	1	52	1.09
825961--826025	9	6.9	9	75	16	51	32	1	1	64	1.12
826355--826409	14	3.8	14	80	15	58	12	14	0	72	1.12
826424--826459	10	3.7	10	88	3	56	80	2	0	16	0.83
827274--827303	5	5.8	5	96	4	51	83	0	0	16	0.65
827509--827550	20	2.1	20	82	8	50	42	0	0	57	0.99
827692--827782	45	2.0	45	95	0	164	45	16	16	21	1.86
829002--829037	16	2.3	15	86	9	54	77	0	2	19	0.88
829435--829514	30	2.7	30	78	5	90	31	2	7	58	1.39
836977--837032	28	2.0	28	85	0	76	32	16	10	41	1.82
837045--837114	28	2.5	27	82	13	79	27	12	11	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836962--837158	83	2.3	83	80	5	209	32	14	10	42	1.79
838079--838104	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
838082--838126	21	2.1	21	91	0	72	28	20	13	37	1.90
838059--838125	34	2.0	33	88	2	98	25	16	14	43	1.86
840480--840580	28	3.6	28	92	4	152	22	32	21	22	1.98
840535--840790	79	3.2	78	78	5	257	27	26	14	30	1.95
842645--842696	27	1.9	27	92	0	86	26	21	34	17	1.95
845198--845236	20	2.0	20	90	10	62	30	15	10	43	1.80
846456--846793	57	5.9	57	74	7	204	46	11	13	28	1.78
846540--846793	116	2.2	114	78	4	258	47	11	12	27	1.76
849692--849946	95	2.7	96	82	8	263	36	10	22	29	1.88
851082--851118	12	3.1	12	88	0	56	45	8	18	27	1.77
852121--852173	20	2.7	20	91	5	81	33	20	11	33	1.88
852202--852257	19	2.9	19	86	2	76	33	12	21	32	1.91
852242--852268	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
857045--857088	16	2.8	16	80	20	56	68	11	15	4	1.36
858417--858814	28	13.9	28	83	5	431	29	28	16	26	1.97
858417--858814	85	4.6	84	84	4	469	29	28	16	26	1.97
858781--858847	32	2.1	32	83	5	82	28	37	16	17	1.92
859672--859724	20	2.7	20	79	2	63	33	0	5	60	1.20
859879--859911	8	4.2	8	84	7	50	21	9	0	69	1.15
859884--859932	15	3.1	16	85	8	64	22	4	0	73	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859879--859926	22	2.1	22	81	11	53	22	6	0	70	1.09
860253--860294	11	3.8	11	84	6	50	78	0	21	0	0.75
861987--862328	97	3.5	96	90	3	528	29	30	12	27	1.93
868832--869022	99	1.9	99	93	0	328	39	14	17	28	1.88
870944--870981	19	2.0	19	89	0	58	28	13	21	36	1.91
872359--872400	20	2.1	20	90	0	66	26	16	7	50	1.71
875088--875217	58	2.2	58	81	5	147	46	13	14	25	1.80
876289--876334	21	2.2	21	92	0	74	4	15	4	76	1.11
876289--876354	21	3.0	23	80	8	68	4	13	4	77	1.08
877835--878297	56	8.4	56	74	7	315	25	17	15	41	1.89
880135--880165	13	2.3	14	94	5	55	3	12	0	83	0.75
887986--888138	75	2.0	75	97	0	288	37	11	13	37	1.81
888235--888290	19	2.9	19	81	2	76	28	17	16	37	1.91
888319--888371	20	2.7	20	88	5	72	32	13	22	32	1.92
896978--897030	19	2.7	20	82	2	72	28	18	15	37	1.91
900201--900403	110	1.8	110	78	4	230	32	20	14	32	1.93
901174--901203	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
901496--901553	11	5.5	11	76	10	50	3	17	0	79	0.87
901496--901583	42	2.1	42	85	10	119	3	20	0	76	0.93
901496--901583	43	2.1	43	85	6	119	3	20	0	76	0.93
902634--902702	28	2.5	28	83	4	86	21	21	24	31	1.98
902772--902891	28	4.3	28	71	8	91	24	15	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902886--902923	19	2.1	18	85	9	51	23	21	28	26	1.99
913350--913379	13	2.3	13	94	0	51	20	0	0	80	0.72
913739--914263	108	4.8	107	77	8	449	33	16	15	34	1.91
913739--914276	109	4.9	109	79	6	516	32	17	15	34	1.91
913729--914268	219	2.5	216	81	6	588	33	17	15	33	1.91
915936--915964	13	2.2	13	100	0	58	6	24	0	68	1.13
916745--916796	20	2.5	20	84	6	68	65	0	17	17	1.28
916818--916856	12	3.2	12	100	0	78	58	0	7	33	1.26
916951--916990	21	1.9	21	85	10	55	65	12	2	20	1.38
919888--919914	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7