genome.fa.s62.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold62
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1452230

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
665485--665509	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
665518--665698	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
671838--671878	8	5.0	8	86	13	57	12	0	2	85	0.70
671838--671878	17	2.5	17	88	11	59	12	0	2	85	0.70
672241--673164	44	21.0	43	67	12	218	39	14	23	21	1.91
672210--672615	221	1.8	220	86	2	564	40	17	22	20	1.92
672507--672962	132	3.5	129	77	7	409	38	14	24	22	1.92
672585--673156	132	4.3	130	77	6	510	39	13	24	22	1.90
672770--673168	88	4.5	87	72	8	279	40	13	23	22	1.89
674473--674694	88	2.5	86	82	6	257	45	12	18	23	1.83
679693--680087	154	2.6	152	80	6	406	40	18	15	24	1.90
680710--680739	13	2.3	13	94	0	51	26	0	0	73	0.84
682634--682658	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
686395--686444	24	2.1	24	82	10	59	60	8	6	26	1.48
686498--686559	24	2.5	24	80	10	63	54	9	4	30	1.54
686408--686621	115	1.9	115	86	3	308	44	9	8	37	1.68
691342--691381	6	6.7	6	97	0	71	20	15	12	52	1.74
693265--693308	14	3.0	14	83	6	52	34	0	0	65	0.93
694349--694381	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
695951--697604	155	10.7	154	79	6	1429	37	21	18	22	1.94
696113--697510	773	1.8	773	83	5	1901	38	21	17	22	1.94
698231--698284	20	2.7	20	88	5	74	35	16	12	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698315--698389	13	5.8	13	80	0	87	30	9	18	41	1.82
698315--698389	26	2.9	26	91	0	105	30	9	18	41	1.82
698314--698388	39	1.9	39	88	0	114	30	9	18	41	1.82
698985--699026	22	1.9	22	90	0	66	23	33	4	38	1.76
700886--701256	40	9.2	40	69	7	167	42	13	25	18	1.87
700886--701256	81	4.6	81	80	2	379	42	13	25	18	1.87
700886--703078	162	13.7	162	73	8	434	41	14	24	19	1.88
701279--703081	81	22.3	79	75	7	568	41	14	24	19	1.88
701351--702922	121	13.0	121	69	8	361	41	14	24	19	1.89
701279--701766	202	2.4	201	80	5	518	41	15	23	19	1.89
701409--701970	122	4.6	122	75	8	342	40	14	24	19	1.89
701773--702009	122	1.9	122	80	6	275	42	11	24	21	1.86
701860--703101	162	7.7	162	78	5	1107	42	13	24	19	1.88
701345--703086	40	43.1	40	68	10	269	41	14	24	19	1.88
701860--703101	323	3.8	324	82	4	1430	42	13	24	19	1.88
703107--703450	40	8.5	39	69	12	178	43	15	21	19	1.87
703108--703450	81	4.2	81	78	6	331	44	15	20	19	1.87
702895--703300	214	1.9	214	82	3	503	42	15	23	19	1.88
703111--703450	161	2.1	161	78	7	359	43	15	21	19	1.87
702733--703450	375	1.9	376	81	5	873	43	14	22	19	1.87
703614--703657	22	2.0	22	86	4	63	15	20	0	63	1.31
703992--704123	66	2.0	66	85	2	176	31	9	29	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704811--704855	24	2.0	22	86	8	63	62	8	8	20	1.51
708411--708518	20	5.8	19	79	18	120	27	15	13	42	1.85
708429--708498	33	2.1	33	92	5	115	27	17	14	41	1.87
708411--708518	53	2.0	53	94	0	189	27	15	13	42	1.85
708449--708479	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
709045--709102	24	2.4	24	100	0	116	50	41	3	5	1.42
710830--711001	51	3.4	50	79	4	177	27	26	13	32	1.94
711159--711272	51	2.2	51	80	0	129	32	21	9	36	1.86
716009--716061	28	2.0	28	88	7	83	30	22	0	47	1.52
716011--716067	26	2.2	25	84	12	71	35	22	0	42	1.54
717901--717967	33	2.0	33	86	11	93	35	20	16	26	1.94
725292--725345	19	2.8	19	88	8	74	40	16	12	29	1.86
725294--725345	20	2.7	19	88	8	70	42	15	13	28	1.85
727086--727489	201	2.0	199	98	0	772	34	14	19	31	1.92
731287--731314	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
731367--731419	21	2.6	21	82	5	65	33	16	13	35	1.88
735564--735641	35	2.3	35	90	2	131	21	25	15	37	1.93
735569--735738	77	2.2	76	83	9	211	19	23	14	42	1.87
735871--735943	35	2.1	34	85	7	94	19	27	16	36	1.93
736143--736235	33	2.8	32	77	9	96	20	22	17	39	1.92
735871--736231	153	2.3	154	79	7	394	19	24	14	40	1.89
736329--736371	7	6.1	7	97	0	77	0	27	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736399--736476	34	2.2	35	84	4	95	20	25	14	39	1.90
736609--736760	62	2.5	62	82	0	187	31	26	23	17	1.97
736820--736960	68	2.1	68	82	5	169	30	29	23	17	1.97
736854--736960	37	3.1	37	72	18	111	32	28	22	15	1.95
741225--741322	28	3.5	27	72	10	81	25	29	9	35	1.87
741455--741523	33	2.2	32	86	5	95	26	28	18	26	1.98
741455--741602	74	2.0	74	82	6	183	25	24	16	33	1.96
741486--741566	41	2.0	42	83	11	105	23	24	13	38	1.91
741494--742427	36	24.5	38	69	14	354	23	26	14	35	1.93
741576--741810	73	3.2	73	77	7	210	21	25	17	35	1.95
741628--741823	37	5.4	35	71	8	131	19	25	15	39	1.91
741773--741893	45	2.9	43	76	10	126	21	23	12	42	1.86
741825--742121	75	3.8	74	77	12	258	23	26	12	37	1.90
741972--742184	44	5.0	43	74	14	162	20	26	13	39	1.89
741788--742207	194	2.1	197	80	7	476	23	25	13	37	1.92
742021--742215	79	2.5	80	86	3	277	22	26	15	36	1.93
742179--742282	32	3.2	32	78	4	100	29	27	16	25	1.97
742337--742443	36	3.0	36	87	0	133	21	28	14	34	1.93
742566--742627	30	2.1	30	90	0	97	24	29	17	29	1.97
742533--742665	71	1.9	70	85	4	187	24	27	15	33	1.95
743384--743434	20	2.5	20	90	3	84	41	9	17	31	1.82
745860--746296	81	5.5	79	77	8	361	30	24	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745860--746278	160	2.6	159	80	9	399	30	24	10	34	1.89
748141--748437	92	3.2	90	80	6	335	31	27	11	30	1.91
748756--748786	15	2.1	15	100	0	62	32	29	19	19	1.96
749043--749449	43	9.3	44	76	4	263	18	21	16	42	1.89
749043--749450	174	2.3	173	79	3	424	18	21	16	42	1.89
750582--750925	150	2.3	154	85	4	457	34	8	9	47	1.66
751201--751238	20	1.9	20	94	0	67	31	0	0	68	0.90
751182--751228	16	2.9	16	72	15	51	29	2	2	65	1.15
751501--751575	20	3.8	20	80	7	98	26	14	16	42	1.86
753864--754037	51	3.4	51	81	3	201	29	24	10	34	1.90
753979--754387	79	5.2	79	82	5	481	27	25	14	32	1.94
755209--755364	77	2.0	77	100	0	312	26	21	14	37	1.92
756693--757116	165	2.6	164	82	4	469	33	12	14	39	1.83
757618--757968	149	2.3	149	84	1	443	28	19	17	34	1.94
760220--760269	25	1.9	27	88	8	77	56	2	0	42	1.11
760222--760279	26	2.2	26	81	9	64	62	1	0	36	1.06
763969--764016	17	2.8	18	76	17	50	31	10	4	54	1.53
771241--771265	7	3.6	7	100	0	50	0	24	0	76	0.80
773384--773416	16	2.1	16	94	0	57	36	9	12	42	1.74
775404--775446	4	10.5	4	80	5	50	72	4	0	23	1.04
775721--775754	13	2.7	13	90	4	52	8	0	8	82	0.85
775768--775823	29	1.9	29	92	7	96	42	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775916--776060	26	5.6	26	70	18	81	64	1	0	33	1.07
775946--776071	21	5.9	21	71	14	64	61	2	0	35	1.15
775920--776109	99	1.9	104	80	10	232	61	2	1	35	1.15
775919--776067	9	16.4	9	68	22	64	63	2	0	33	1.10
778102--778153	19	2.7	20	82	8	63	42	7	9	40	1.66
779584--779636	10	5.2	10	77	8	54	64	0	0	35	0.94
779604--779659	24	2.3	24	84	9	78	64	1	0	33	1.04
783217--783282	23	2.6	25	82	15	75	57	0	1	40	1.08
783219--783278	28	2.1	29	84	9	79	58	0	1	40	1.08
783806--783857	20	2.5	21	81	6	70	46	3	0	50	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7