genome.fa.s62.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold62
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1452230

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  7  of  7  ( 839 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1340307--1340650	79	4.4	79	82	5	374	34	13	25	26	1.93
1340358--1340650	158	1.9	158	86	2	428	34	13	25	26	1.94
1341082--1341147	29	2.3	29	89	5	98	48	19	9	22	1.77
1342231--1342269	1	39.0	1	92	0	51	92	0	2	5	0.46
1342228--1342269	22	1.9	22	100	0	84	85	0	4	9	0.72
1342233--1342271	20	2.0	20	100	0	78	87	0	2	10	0.65
1342274--1342372	21	4.7	21	98	0	189	33	10	19	37	1.85
1342274--1342392	42	2.8	42	92	2	159	34	12	17	35	1.88
1342274--1342392	63	1.9	63	89	3	186	34	12	17	35	1.88
1342428--1342495	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1342449--1342473	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1342430--1342492	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1342535--1342560	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1342515--1342581	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1345040--1345112	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1345095--1345265	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1345248--1345329	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
1357721--1357780	8	7.5	8	77	7	50	81	6	11	0	0.86
1357730--1357763	13	2.5	13	95	4	59	85	11	2	0	0.71
1357720--1357764	18	2.5	17	83	16	56	84	11	4	0	0.76
1358746--1359114	55	6.6	55	88	4	535	28	28	19	22	1.98
1358992--1359080	28	3.2	28	61	20	69	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1359079--1359150	36	2.0	36	91	5	119	29	37	16	16	1.91
1359024--1359205	91	2.0	91	91	4	296	29	32	18	19	1.96
1359117--1359575	55	8.3	56	88	5	661	28	30	20	20	1.98
1359136--1359224	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
1359165--1359254	26	3.3	26	68	14	74	28	33	17	20	1.95
1360095--1360135	1	41.0	1	92	0	55	92	0	2	4	0.44
1360092--1360127	18	2.0	18	100	0	72	83	0	5	11	0.80
1360140--1360217	21	3.7	21	98	0	147	32	10	20	37	1.86
1360139--1360237	42	2.4	42	86	3	137	34	13	18	34	1.89
1360273--1360340	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1360294--1360318	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1360275--1360337	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1360380--1360405	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1360360--1360426	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1362887--1362959	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1362942--1363112	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1363095--1363176	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
1365175--1365219	20	2.2	20	92	0	72	51	6	6	35	1.55
1365217--1365257	20	2.0	20	95	0	73	24	21	9	43	1.83
1369647--1369831	97	1.9	97	83	4	239	28	20	12	38	1.88
1369605--1369844	97	2.5	94	76	9	234	27	22	12	37	1.91
1372390--1372721	31	11.0	31	69	11	161	26	10	18	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1372639--1372710	28	2.5	29	82	11	85	23	9	23	43	1.83
1376742--1376804	19	3.6	19	72	24	75	34	12	17	34	1.88
1376742--1376811	32	2.2	32	97	0	131	34	12	17	35	1.88
1376856--1376881	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1379072--1379120	27	1.9	25	84	12	64	24	36	18	20	1.94
1384091--1384118	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1384150--1384209	19	3.5	18	72	25	58	31	18	15	35	1.91
1384144--1384214	32	2.2	32	94	0	124	33	18	12	35	1.89
1385294--1385320	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1387331--1387403	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1387349--1387424	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1387331--1387424	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1387463--1387488	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1391551--1391581	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1393598--1393676	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
1393663--1393701	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1395490--1395531	21	2.0	21	95	0	75	21	4	19	54	1.62
1396166--1396238	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1396184--1396259	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1396166--1396259	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1396298--1396323	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1398736--1398767	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1399620--1399659	19	2.0	20	85	4	55	42	2	0	55	1.13
1401261--1401340	16	5.0	16	80	3	90	15	16	28	40	1.88
1401311--1401434	53	2.3	53	79	8	126	24	13	24	37	1.91
1405035--1405078	2	22.5	2	81	4	54	40	0	6	52	1.28
1408629--1408669	21	2.0	20	90	4	64	46	19	12	21	1.82
1409593--1409620	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1409575--1409640	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
1412790--1412847	31	1.9	31	85	3	82	48	5	10	36	1.60
1413292--1413322	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
1414371--1414413	22	2.0	22	90	0	68	30	13	16	39	1.87
1414721--1414762	21	2.0	21	100	0	84	33	0	33	33	1.58
1415883--1415956	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
1415901--1415976	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
1415883--1415976	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
1416015--1416040	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1416499--1416565	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1419652--1419676	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1419964--1419990	12	2.2	12	100	0	54	0	7	37	55	1.28
1421449--1421522	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
1421467--1421542	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
1421449--1421542	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
1421581--1421606	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422065--1422131	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1426030--1426365	128	2.7	126	82	13	407	42	1	2	54	1.21
1426117--1426227	52	2.1	55	80	11	124	38	0	1	58	1.15
1426505--1426575	23	3.0	23	73	8	63	56	1	2	39	1.23
1426538--1426617	23	3.7	22	69	17	69	57	0	1	41	1.07
1427147--1427193	14	3.3	14	75	24	53	55	4	0	40	1.19
1427138--1427193	28	2.0	29	82	10	71	53	5	0	41	1.24
1428209--1428241	9	3.7	9	100	0	66	72	0	0	27	0.85
1428198--1428241	18	2.4	18	88	3	61	70	4	0	25	1.06
1428321--1428347	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
1429232--1429294	25	2.6	24	85	9	83	31	0	1	66	1.01
1431413--1431492	31	2.6	32	84	4	92	40	10	6	43	1.63
1431677--1431723	23	2.0	25	83	8	62	51	0	6	42	1.27
1431944--1431987	20	2.2	20	84	8	54	52	2	0	45	1.13
1432746--1432815	31	2.3	31	87	2	97	38	8	1	51	1.41
1433221--1433374	54	2.8	54	78	3	137	45	13	11	29	1.78
1435202--1435249	20	2.4	20	96	0	87	18	27	16	37	1.92
1440308--1440354	24	2.0	23	84	12	60	59	2	2	36	1.21
1440655--1440710	28	2.0	27	83	10	69	50	7	3	39	1.47
1442795--1443138	95	3.6	94	73	8	209	47	14	18	19	1.82
1443206--1443284	31	2.5	32	75	8	81	44	11	18	25	1.83
1447433--1447533	19	6.0	18	70	26	87	37	11	14	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1447436--1447530	32	3.0	32	96	0	172	36	12	15	34	1.86
1447455--1447511	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
1447549--1447615	34	2.0	33	88	2	98	25	14	13	46	1.82
1447797--1447837	10	4.1	10	90	0	64	26	14	9	48	1.75
1447843--1448034	52	3.6	52	84	3	249	24	24	16	34	1.95
1447843--1448034	107	1.8	104	85	3	267	24	24	16	34	1.95
1451962--1452109	51	2.9	51	88	2	224	30	17	18	33	1.94
1452098--1452122	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1452187--1452211	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7

The End!