genome.fa.s62.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold62
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1452230

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1167304--1167379	20	3.8	20	69	10	64	25	15	14	44	1.84
1171439--1171494	20	2.8	20	83	2	67	26	16	17	39	1.91
1172311--1173038	49	15.1	49	79	10	779	32	17	25	24	1.97
1172583--1173038	92	5.0	92	91	1	655	31	18	25	25	1.98
1173045--1173316	32	8.5	32	83	7	311	16	18	36	28	1.93
1173045--1173298	97	2.6	96	91	2	393	17	18	35	29	1.93
1173300--1173598	34	8.8	34	83	9	351	32	11	35	20	1.89
1173300--1173687	31	11.7	31	80	11	219	32	12	33	21	1.91
1173575--1173717	61	2.3	61	88	4	200	29	16	27	26	1.97
1173568--1173718	31	5.0	30	80	7	144	31	15	28	25	1.95
1175014--1175049	10	3.6	10	96	0	63	2	0	5	91	0.49
1175014--1175060	20	2.3	20	85	0	58	6	2	4	87	0.74
1181571--1181699	52	2.5	52	96	0	240	28	18	17	34	1.94
1181708--1181732	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1181785--1181836	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
1182710--1182758	25	2.0	25	91	0	80	59	16	10	14	1.61
1184149--1184205	20	2.8	20	78	2	60	28	15	15	40	1.88
1187476--1188094	166	3.7	164	84	5	748	28	11	7	52	1.66
1187448--1188103	332	2.0	332	84	4	876	28	12	8	51	1.68
1187450--1188184	166	4.4	165	81	6	745	28	12	8	50	1.69
1187460--1188184	332	2.2	333	82	6	850	28	12	8	50	1.68
1191928--1192770	28	29.8	28	77	8	669	25	16	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1191970--1192780	85	9.6	83	78	8	673	25	16	27	30	1.97
1191983--1192727	254	2.9	252	82	5	817	25	16	27	30	1.97
1192255--1193089	28	29.9	28	80	8	461	27	15	29	28	1.96
1201118--1201232	51	2.3	50	93	1	194	46	9	16	27	1.78
1203249--1203829	155	3.7	155	80	4	625	23	18	20	38	1.94
1207306--1207353	22	2.1	24	77	14	57	70	8	12	8	1.32
1209322--1210505	79	14.9	79	76	8	939	35	11	24	28	1.91
1209322--1210505	159	7.5	160	78	6	981	35	11	24	28	1.91
1213659--1213776	44	2.7	44	87	0	164	44	11	26	17	1.82
1213778--1214232	125	3.7	125	86	4	616	31	19	23	24	1.98
1213778--1214232	62	7.3	62	87	3	612	31	19	23	24	1.98
1215274--1215319	11	3.7	13	78	18	53	0	2	15	82	0.76
1215274--1215317	19	2.4	18	85	7	61	0	2	13	84	0.73
1220430--1220761	79	4.2	79	80	1	326	36	14	23	26	1.93
1220580--1220962	209	1.8	211	81	2	484	38	12	21	27	1.89
1220771--1221668	79	11.3	79	76	8	650	35	13	23	27	1.92
1220800--1221668	157	5.5	159	77	7	724	35	13	23	27	1.92
1220789--1221668	236	3.7	233	78	8	745	35	13	23	27	1.92
1224212--1224268	29	2.0	29	85	0	78	24	21	26	28	1.99
1225044--1225490	163	2.7	162	80	6	425	26	13	6	52	1.66
1226147--1226185	11	3.5	11	86	13	53	71	0	25	2	0.98
1228094--1228143	19	2.6	19	90	0	82	34	12	16	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1228175--1228237	33	1.9	33	87	12	94	30	12	14	42	1.82
1238805--1238842	13	3.1	13	85	7	53	86	7	5	0	0.69
1238793--1238883	31	2.9	30	80	4	92	81	12	4	2	0.93
1238828--1238884	8	6.8	8	74	18	53	82	14	1	1	0.83
1238829--1238884	15	3.4	17	83	13	64	82	14	1	1	0.84
1238796--1238882	39	2.2	39	81	8	95	81	12	3	2	0.91
1238795--1238884	10	8.5	11	74	16	57	82	12	3	2	0.89
1240132--1240608	28	17.1	28	82	7	569	29	31	17	21	1.96
1241479--1241533	20	2.8	20	83	5	67	36	14	10	38	1.81
1244767--1245054	150	1.9	149	81	8	343	35	10	12	41	1.77
1248325--1249132	154	5.2	154	78	5	700	36	20	17	25	1.94
1248388--1249132	308	2.4	308	83	3	888	36	20	17	25	1.94
1248394--1249245	308	2.8	309	81	3	795	37	19	17	25	1.94
1250350--1250404	21	2.6	21	85	8	67	36	5	14	43	1.69
1250631--1250666	13	2.8	13	100	0	72	38	22	8	30	1.83
1252269--1252306	3	12.7	3	88	0	58	39	0	31	28	1.57
1256806--1256830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1259183--1259237	21	2.6	21	85	8	67	36	5	14	43	1.69
1260788--1260821	12	2.8	12	90	4	50	0	20	0	79	0.73
1261340--1261902	167	3.4	166	80	4	458	50	11	9	28	1.69
1261439--1261902	167	2.8	166	81	3	486	50	12	8	29	1.68
1262789--1262814	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1264011--1264051	20	2.0	22	90	9	68	34	9	14	41	1.79
1264107--1264164	10	5.0	12	78	21	70	31	13	17	37	1.89
1264107--1264164	23	2.5	23	100	0	116	31	13	17	37	1.89
1266695--1266732	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1268811--1268841	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1272909--1272933	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1274748--1274822	21	3.5	21	75	19	59	56	5	14	24	1.59
1276550--1276580	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1278435--1278468	8	4.2	8	100	0	68	14	0	23	61	1.33
1278603--1278679	20	3.6	20	71	19	57	28	15	14	41	1.86
1278817--1278862	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1281274--1281299	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1281256--1281320	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
1282397--1282609	86	2.5	85	86	4	313	45	18	20	16	1.86
1282682--1282813	41	3.2	39	73	10	120	47	14	20	17	1.82
1282698--1282813	42	2.8	41	74	7	119	48	15	21	14	1.81
1282916--1283127	42	5.1	42	69	7	135	34	14	31	19	1.92
1282916--1283153	84	2.8	84	75	3	230	35	14	30	20	1.92
1283199--1283629	84	5.1	83	80	3	407	36	14	28	21	1.92
1283199--1283623	167	2.5	167	80	3	451	36	14	28	21	1.92
1283714--1283930	42	5.1	42	70	5	123	40	16	24	18	1.90
1284283--1284567	78	3.7	79	80	5	321	28	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1286329--1286374	7	6.4	7	84	2	56	4	17	2	76	1.06
1286329--1286374	14	3.2	14	87	3	65	4	17	2	76	1.06
1286400--1286442	18	2.4	18	88	0	59	4	13	2	79	1.00
1289054--1289090	18	2.1	18	100	0	74	27	35	5	32	1.79
1290009--1290370	154	2.4	153	84	4	471	35	20	19	24	1.96
1294097--1294137	21	2.0	21	85	0	55	26	17	14	41	1.88
1301104--1301221	51	2.3	52	86	1	166	45	10	14	29	1.77
1310906--1311098	80	2.4	80	74	8	189	39	9	21	29	1.85
1311267--1311535	63	4.3	63	81	3	308	27	12	17	42	1.85
1311267--1311553	125	2.3	126	83	3	337	28	11	18	41	1.86
1314994--1315132	51	2.7	50	77	8	120	37	9	23	29	1.86
1315066--1315997	79	11.8	79	77	7	795	35	13	23	27	1.92
1315985--1316010	13	2.0	13	100	0	52	15	15	38	30	1.88
1315999--1316168	79	2.2	79	84	5	218	35	15	22	25	1.94
1315827--1316168	171	2.0	171	82	2	409	33	13	25	27	1.93
1316157--1316458	78	3.8	78	76	9	290	31	11	24	32	1.92
1316391--1316491	51	2.0	51	84	0	130	36	9	24	28	1.88
1318858--1318896	20	2.0	20	89	0	60	43	12	15	28	1.83
1318897--1318938	20	2.1	20	86	0	57	26	14	11	47	1.78
1319504--1320448	61	15.4	60	78	8	764	31	17	24	26	1.97
1319504--1320437	306	3.0	306	84	4	1125	31	17	23	26	1.97
1322453--1322481	12	2.5	12	94	5	51	58	6	20	13	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1322393--1323687	156	8.3	156	78	5	953	37	20	17	24	1.93
1322398--1323687	157	8.3	153	77	6	929	37	20	17	24	1.94
1325456--1325544	25	3.6	25	73	18	78	13	28	14	43	1.83
1325511--1325549	21	1.9	20	89	5	60	7	33	17	41	1.79
1327365--1327398	18	1.9	18	88	5	52	5	14	2	76	1.09
1327375--1327419	19	2.4	19	85	7	56	2	6	11	80	0.99
1338422--1338446	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1338496--1338570	19	3.9	19	91	1	114	36	13	20	30	1.91
1338496--1338570	39	1.9	38	89	2	114	36	13	20	30	1.91
1340255--1340369	51	2.3	51	84	3	151	33	8	28	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7