genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold73
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1308442

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161720--161749	13	2.4	13	94	5	53	36	0	0	63	0.95
161712--161777	31	2.2	29	84	13	80	34	0	0	65	0.93
163103--163168	33	2.0	33	90	0	105	31	15	22	30	1.95
168210--168248	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
168751--168827	38	2.0	38	97	0	145	23	18	19	38	1.93
168982--169021	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
175618--175645	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
176060--176088	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
176335--176382	22	2.3	21	80	13	55	43	2	4	50	1.33
177251--177318	18	3.6	18	73	21	50	52	0	0	47	1.00
178444--178483	17	2.3	18	86	4	55	57	0	0	42	0.98
179077--179121	24	1.9	24	86	4	65	26	2	2	68	1.12
179828--179885	26	2.3	26	82	5	75	50	0	1	48	1.11
180049--180095	20	2.3	20	88	3	67	55	0	0	44	0.99
182460--182704	50	4.9	50	88	0	355	29	22	18	29	1.97
187109--187353	50	4.9	50	91	0	373	30	21	18	30	1.97
189771--189802	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
190531--190689	50	3.2	50	92	3	266	28	18	22	30	1.98
195050--195206	50	3.2	49	89	3	235	28	19	21	31	1.97
197745--197778	3	11.3	3	93	0	50	61	0	0	38	0.96
199745--199775	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
200368--200397	15	2.0	15	93	0	51	40	0	3	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200762--201370	225	2.8	224	88	4	877	33	14	13	38	1.85
201360--201400	21	1.9	22	85	5	57	58	2	2	36	1.24
201783--201807	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
202136--202181	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
204310--204362	27	1.9	28	85	11	74	47	0	0	52	1.00
205638--205678	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
208899--208949	25	2.1	24	82	10	59	60	5	0	33	1.21
209225--209256	14	2.4	14	94	5	57	31	0	0	68	0.90
210699--210740	14	2.9	14	82	6	57	42	2	0	54	1.13
210901--210930	15	2.0	15	100	0	60	66	6	0	26	1.16
213207--213265	19	3.3	19	71	20	56	61	0	0	38	0.96
213210--213269	15	3.6	16	75	20	61	60	0	0	40	0.97
213202--213289	34	2.7	32	76	13	99	59	0	0	40	0.98
214066--214101	18	1.9	20	88	11	58	27	2	0	69	1.02
215679--215721	22	2.0	22	90	0	68	46	0	0	53	1.00
216477--216539	28	2.4	26	77	17	67	42	0	0	57	0.99
217617--217666	20	2.5	20	79	20	59	62	0	0	38	0.96
217626--217667	21	1.9	23	90	9	70	64	0	0	35	0.94
218038--218083	22	2.1	22	88	8	67	43	4	0	52	1.21
218010--218075	29	2.3	29	76	5	73	43	3	0	53	1.16
218098--218188	34	2.6	34	82	1	92	35	12	5	47	1.64
221930--221972	22	2.0	22	90	9	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222286--222319	16	2.1	16	88	0	50	29	0	0	70	0.87
222279--222342	21	3.0	21	78	13	60	37	1	0	60	1.06
222545--222581	18	2.1	18	89	0	56	29	5	0	64	1.15
223813--223853	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
223843--223946	16	6.0	16	72	19	75	52	0	0	46	1.07
223854--223921	19	3.5	19	73	16	59	55	1	0	42	1.08
223798--223905	49	2.2	51	77	12	118	51	0	0	47	1.07
224018--224063	24	1.9	24	90	0	74	47	0	0	52	1.00
224646--224720	15	5.3	14	73	13	64	40	1	1	57	1.16
224664--224718	29	2.0	29	85	7	78	40	0	0	60	0.97
224644--224761	21	5.7	20	71	21	73	40	2	0	55	1.19
224953--224992	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
225268--225302	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
229016--229073	22	2.9	20	73	14	57	51	0	0	48	1.00
229429--229453	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
229537--229603	22	2.8	23	78	17	66	50	1	0	47	1.10
229801--229838	19	2.0	19	90	10	60	36	0	0	63	0.95
229774--229841	31	2.2	30	82	12	84	38	1	0	60	1.06
230876--230929	23	2.3	23	78	18	58	38	0	0	61	0.96
230913--230997	41	2.1	41	82	8	102	47	1	1	50	1.16
230940--231001	30	2.1	30	85	11	83	50	1	0	48	1.10
234773--234894	61	2.0	61	98	0	235	43	8	15	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237195--237248	22	2.4	24	81	12	69	46	0	0	53	1.00
237633--237711	28	2.8	28	78	12	90	43	0	0	56	0.99
237639--237725	29	3.1	28	75	15	81	45	0	0	54	1.00
245153--245187	3	11.7	3	90	0	52	62	2	34	0	1.10
246457--246532	19	3.9	19	74	17	75	60	0	0	39	0.97
246467--246532	10	6.7	10	75	17	59	59	0	0	40	0.98
246457--246532	10	7.7	11	75	19	55	60	0	0	39	0.97
246463--246532	31	2.4	28	90	9	113	58	0	0	41	0.98
246464--246576	20	5.4	20	71	22	67	58	0	0	39	1.10
246504--246568	25	2.5	26	80	12	71	58	1	1	38	1.17
249593--249736	28	5.4	25	69	27	75	60	0	1	37	1.11
249610--249736	33	3.7	35	71	14	86	59	0	1	37	1.12
249598--249711	15	7.1	15	71	28	60	61	0	1	36	1.07
249679--249738	18	3.2	18	75	13	59	65	1	0	33	1.03
249602--249735	42	3.2	41	72	13	114	59	0	1	38	1.12
250643--250692	14	3.6	14	84	7	59	58	0	4	38	1.17
250619--250694	28	2.7	28	71	20	68	53	1	6	38	1.35
250748--250790	14	3.1	14	83	6	52	55	0	4	39	1.20
251049--251135	36	2.5	35	75	10	88	55	0	0	44	0.99
251888--251956	2	38.0	2	74	18	53	47	0	0	52	1.00
258228--258269	2	22.0	2	85	9	61	45	0	0	54	0.99
258401--258429	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258717--258755	19	2.0	20	90	5	62	53	0	2	43	1.14
258719--258777	14	4.6	13	72	17	52	49	0	3	47	1.18
259923--259965	21	2.0	21	82	8	52	51	0	2	46	1.13
260806--260840	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
265871--265909	11	3.0	14	78	21	57	69	0	0	30	0.89
265942--265987	20	2.3	20	78	14	51	56	2	0	41	1.11
266432--266464	3	11.0	3	93	0	57	30	3	0	66	1.06
266990--267038	16	3.2	15	80	11	55	46	2	2	48	1.25
267197--267224	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
268170--268203	7	4.9	7	92	0	50	50	14	8	26	1.72
270398--270425	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
272759--272797	20	2.0	20	84	0	51	38	0	2	58	1.12
283060--283129	27	2.5	28	84	13	92	44	24	7	24	1.78
284116--284165	19	2.5	21	81	12	61	50	2	2	46	1.24
284560--284604	20	2.3	19	84	7	54	57	6	0	35	1.25
284636--284683	21	2.5	19	81	18	64	64	2	0	33	1.05
284890--284984	16	6.4	15	67	23	51	46	0	0	53	1.00
284890--284983	13	7.4	13	68	19	56	45	0	0	54	0.99
284890--284973	33	2.8	28	78	12	78	46	0	0	53	1.00
284920--284983	33	1.9	33	84	6	85	46	0	0	53	1.00
284968--285022	21	2.7	20	82	2	65	56	3	0	40	1.17
285910--286053	31	5.1	29	72	17	115	40	0	2	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285919--286058	16	9.8	15	73	20	97	40	0	0	58	1.03
285948--286031	22	3.7	22	73	9	71	38	0	1	60	1.04
288680--288718	19	2.0	19	85	5	51	28	12	7	51	1.67
291762--291816	24	2.4	24	87	6	78	52	1	0	45	1.11
291762--291795	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
297053--297114	20	3.0	21	73	7	63	56	3	0	40	1.15
297631--297667	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
303259--303332	28	2.6	29	75	12	71	29	4	1	64	1.20
305450--305490	11	3.7	11	83	9	57	43	0	0	56	0.99
305453--305497	21	2.1	21	88	8	65	42	0	0	57	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9