genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold73
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1308442

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731619--731810	62	3.0	62	78	10	190	44	22	3	28	1.70
731616--731828	68	3.2	67	77	11	224	46	23	3	27	1.67
734818--734867	17	2.8	18	77	20	59	60	0	2	38	1.09
735001--735073	21	3.4	22	74	9	71	49	0	0	50	1.00
737458--737496	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
739119--739216	51	1.9	51	85	0	133	33	13	18	34	1.89
741244--741280	14	2.6	15	83	8	51	59	2	0	37	1.12
741302--741344	17	2.6	16	89	7	68	55	6	0	37	1.27
741610--741656	18	2.5	19	79	6	51	44	0	0	55	0.99
741618--741702	32	3.0	28	79	18	95	49	0	1	49	1.08
741638--741720	32	2.6	32	98	0	157	49	0	1	49	1.08
741639--741720	17	5.1	17	69	21	77	48	0	1	50	1.08
741676--741738	15	4.1	14	74	13	54	44	0	0	55	0.99
741638--741733	32	3.0	31	82	11	113	48	0	1	50	1.07
743318--743342	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
745592--745641	24	2.1	24	81	7	57	26	2	2	70	1.09
746335--746372	18	2.1	19	90	5	60	39	0	0	60	0.97
746626--746678	2	26.5	2	84	7	72	47	3	1	47	1.31
747232--747312	22	3.6	22	77	12	76	55	8	0	35	1.31
748538--748570	14	2.4	14	94	0	57	48	0	0	51	1.00
748541--748615	38	2.0	38	86	5	107	57	0	0	42	0.98
748547--748604	24	2.5	24	77	5	75	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748698--748779	42	2.0	42	83	13	107	51	4	0	43	1.23
748792--748854	18	3.5	17	79	14	65	49	0	0	50	1.00
749081--749126	18	2.6	18	86	6	58	36	0	0	63	0.95
749098--749176	35	2.4	31	80	16	86	43	0	1	55	1.07
749104--749219	33	3.2	37	70	16	98	44	1	1	51	1.21
749164--749224	12	5.2	12	71	9	54	45	3	1	49	1.28
749233--749321	31	2.9	30	78	17	85	56	1	0	42	1.06
749423--749474	21	2.5	21	72	9	54	69	3	1	25	1.16
753478--753502	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
753701--753742	22	2.1	19	86	13	57	54	0	4	40	1.21
753678--753951	143	1.9	146	79	11	314	50	7	8	32	1.62
756297--756341	22	2.0	23	86	4	65	62	2	4	31	1.27
756335--756475	8	16.2	8	67	25	58	56	0	0	43	0.99
756356--756407	15	3.3	15	75	20	52	51	0	0	48	1.00
756384--756475	26	3.4	27	76	18	91	58	0	0	41	0.98
756929--757023	36	2.6	36	78	15	99	44	1	4	50	1.28
757036--757083	16	2.9	17	80	17	57	50	0	0	50	1.00
757161--757196	4	8.8	4	93	6	63	22	0	0	77	0.76
757417--757471	27	2.0	29	82	13	71	27	7	1	63	1.31
757572--757632	29	2.2	28	85	11	81	29	3	4	62	1.32
757774--757822	21	2.1	21	85	14	62	65	0	2	32	1.04
757782--757821	19	2.1	19	86	9	55	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758452--758514	27	2.4	25	80	15	74	33	0	12	53	1.39
758606--758666	31	2.0	32	83	6	81	42	0	4	52	1.23
758815--758869	21	2.7	20	77	8	65	47	0	0	52	1.00
764748--764873	60	2.2	60	82	10	156	44	0	0	55	0.99
764748--764857	21	5.4	21	68	20	65	45	0	0	54	0.99
764769--764868	30	3.4	29	73	12	96	42	0	0	58	0.98
765031--765092	32	1.9	32	87	6	90	53	1	0	45	1.10
768825--768877	26	2.1	26	85	3	72	43	0	5	50	1.25
770521--770640	16	7.0	17	68	26	76	37	0	1	60	1.07
770531--770639	15	6.8	15	69	23	62	37	0	1	60	1.07
770546--770676	28	4.7	27	70	16	81	38	0	0	60	1.02
770515--770665	41	3.7	40	73	16	130	37	0	1	61	1.04
770506--770663	28	5.5	28	68	18	76	35	0	1	62	1.06
770591--770666	23	3.2	24	83	10	93	35	0	0	64	0.94
770952--770984	16	2.1	16	94	0	57	69	0	0	30	0.88
770923--770976	28	2.0	28	81	3	65	62	0	0	37	0.95
771489--771532	24	1.9	23	86	9	63	61	0	4	34	1.16
771619--771667	21	2.4	22	80	13	59	38	2	0	59	1.09
775358--775601	126	1.9	126	86	0	344	38	8	1	51	1.42
776040--776094	23	2.3	24	78	12	60	43	5	1	49	1.36
776191--776242	21	2.5	20	81	3	59	55	0	1	42	1.10
779284--779335	27	2.0	26	88	3	77	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779284--779385	27	3.9	27	70	21	74	58	0	0	40	1.04
779317--779407	18	4.7	20	71	12	73	61	1	0	37	1.03
779346--779420	19	3.9	19	72	19	57	62	1	1	34	1.12
779345--779427	40	2.0	40	80	15	91	63	1	1	33	1.10
779346--779426	34	2.4	32	78	15	85	62	1	1	34	1.11
780938--780994	26	2.2	26	81	9	64	52	1	0	45	1.11
781494--781536	15	3.1	14	80	12	54	41	0	4	53	1.21
781721--781759	15	2.6	15	83	0	51	53	0	0	46	1.00
781750--781793	17	2.6	17	79	10	54	68	9	0	22	1.18
781798--781868	19	3.9	18	68	27	53	67	5	1	25	1.20
781866--781909	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
786879--786970	46	2.0	46	87	6	134	34	2	11	51	1.51
788009--788035	14	1.9	14	100	0	54	14	7	3	74	1.18
788406--788473	16	4.1	16	76	14	66	38	2	0	58	1.13
790035--790093	31	1.9	31	86	6	84	62	1	0	35	1.05
790983--791042	26	2.4	26	75	8	72	60	0	0	40	0.97
793031--793059	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
793946--793974	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
798317--798357	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
805232--805257	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
806155--806193	17	2.2	18	86	4	53	51	2	0	46	1.14
806153--806194	18	2.3	18	80	8	50	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806820--806867	16	3.0	16	75	6	53	39	2	0	58	1.10
806783--806854	11	7.0	11	70	22	50	38	0	1	59	1.06
806811--806876	32	2.0	33	85	11	91	39	4	0	56	1.20
809058--809090	16	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
809834--809878	21	2.2	20	84	11	56	66	0	0	33	0.92
809925--809958	12	3.0	11	87	8	50	2	20	0	76	0.92
810061--810105	11	4.1	11	81	18	58	71	0	2	26	0.98
810204--810245	14	2.9	15	79	10	52	57	4	2	35	1.33
810388--810459	4	18.8	4	74	16	55	1	23	0	75	0.89
810383--810465	21	4.2	19	76	15	71	1	20	0	78	0.82
810389--810465	28	2.7	26	77	20	75	1	22	0	76	0.86
810401--810463	25	2.4	27	82	15	78	0	20	0	79	0.73
810383--810451	23	3.1	21	78	17	77	1	21	0	76	0.86
810401--810466	27	2.4	27	83	14	82	0	21	0	78	0.75
810507--810536	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
812083--812134	17	2.6	20	74	25	56	46	0	0	53	1.00
821226--821291	29	2.4	28	83	11	84	71	3	0	25	1.01
821234--821285	14	3.6	15	76	7	54	73	3	0	23	1.00
824266--824423	81	2.0	81	92	0	262	38	10	8	41	1.71
826039--826091	24	2.1	27	86	10	76	43	0	1	54	1.11
826668--826718	25	2.0	26	88	3	77	50	0	0	49	1.00
826697--826730	11	3.1	11	86	0	50	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826776--826820	22	2.1	22	88	12	67	37	0	0	62	0.96
827551--827616	23	2.9	23	81	2	71	50	13	3	33	1.57
827572--827627	23	2.5	22	80	11	69	55	12	3	28	1.54
828041--828075	18	1.9	18	88	0	52	31	0	2	65	1.07
828259--828304	20	2.2	21	88	11	69	39	10	0	50	1.38
828298--828337	21	1.9	21	84	0	53	35	2	0	62	1.09
828592--828645	27	2.1	27	90	10	87	42	0	0	57	0.98
828602--828645	13	3.3	14	78	9	56	38	0	0	61	0.96
828586--828642	26	2.2	25	84	12	71	43	0	0	56	0.99
830370--830411	12	3.1	13	83	16	50	61	0	2	35	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9